依預算法等相關規定，預算編列以每一會計年度辦理一次為原則，然發生法定事項或特殊緊急事項等情事，於年度總預算外，仍訂有特別預算等彈性因應措施。惟特別預算案之提出有其特殊性與嚴謹性，理應務求審慎，俾國家財政運作具合理性、穩健性及可預測。但近年密集提出特別預算案，恐有扭曲年度預算原貌，不利國家財政紀律之維護，謹說明如次：
(一)特別預算之提出有其特殊性與嚴謹性，務求審慎為之，以維財政健全運作
1.預算法第1條第2項規定：「預算以提供政府於一定期間完成作業所需經費為目的。」同法第11條規定：「政府預算，每一會計年度辦理一次。」另第39條規定：「繼續經費預算之編製，應列明全部計畫之內容、經費總額、執行期間及各年度之分配額，依各年度之分配額，編列各該年度預算。」按前揭條文立法意旨，政府施政計畫，預算編列以每一會計年度辦理一次為原則，若屬繼續性經費，應按各年度分配額分年編列各該年度預算，俾國家財政運作之合理性、穩健性及可預測性。
2.政府於上開原則下，倘各機關於執行既定計畫時，如因增加業務、所辦事業因重大事故、經費超過法定預算、因應政事臨時需要、依法律增設新機關等情形，致原列經費不敷支應時，依法並得動支第一預備金、第二預備金或提出追加預算案等方式，以提供彈性處理機制。
3.另為因應事先難以預料之突發性且必須緊急處理的重大事故，預算法第83條爰規定，於國防緊急設施或戰爭、國家經濟重大變故、重大災變及不定期或數年一次之重大政事時，行政院得於年度總預算外提出特別預算，亦即特別預算案之提出有其特殊性與嚴謹性，除非國家為因應特殊緊急之重大事故，始得於年度總預算外另提出特別預算，務求非常態性特別預算提出之審慎嚴謹。
(二)近年來特別預算案幾成經常性辦理事項，111年度預計將同時存在4個特別預算
1.自76年度起中央政府每年度均編有特別預算（詳表1），90年度以後辦理者包括921震災災後重建特別預算、中央政府基隆河整體治理計畫（前期計畫）特別預算、嚴重急性呼吸道症候群防治及紓困特別預算、擴大公共建設投資計畫特別預算、易淹水地區水患治理計畫特別預算、石門水庫及其集水區整治計畫特別預算、振興經濟消費券發放特別預算、振興經濟擴大公共建設特別預算、莫拉克颱風災後重建特別預算、流域綜合治理計畫特別預算、前瞻基礎建設計畫特別預算、新式戰機採購特別預算、嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算、海空戰力提升計畫採購特別預算案等。
2.部分年度甚且同時存在多個特別預算，如93年度(表1之第26、29、30及31項)、99年度及100年度(二者均為表1之第32、33、35及36項)同時有4個特別預算，98年度同時存在高達5個特別預算(表1之第32至36項)等，而在行政院提出海空戰力提升計畫採購特別預算案後，111年度預計亦將同時存在4個特別預算(表1之第38至41項)，非常態性特別預算案幾成經常性辦理事項。
3.提出特別預算本屬「特例」，有其特殊性與嚴謹性，理應務求審慎，惟近年來屢屢制定特別條例排除年度舉債額度限制或放寬預算流用之執行彈性等規定，導致例外性及突發性特別預算案幾成經常性辦理事項，恐有常態化之虞。
綜上，特別預算案之提出有其特殊性與嚴謹性，務求審慎為之，惟近年來特別預算幾成經常性辦理事項，恐有常態化之虞，除可能扭曲年度預算原貌，亦不利國家財政紀律之維護。
表1 歷年中央政府特別預算【含追加(減)預算】一覽表
單位：新台幣億元
項目
特 別 預 算
預算年度
預算數
1
中華民國37年下半年度中央政府歲入歲出特別預算
37
5,962,430
2
中華民國40年度中央政府特別預算
40
1.44
3
中華民國42年度中央政府特別預算
42
3.89
4
中華民國43年上半年國防部承製軍援訂貨預算
43
0.90
5
石門水庫建設計畫繼續經費特別預算
43-52
33.28
6
中華民國45年度國防部承製軍援訂貨預算
45
1.14
7
中央政府特別預算
51
23.70
8
中央政府償還國家行局借墊款特別預算
61
20.82
9
中央政府興建台灣區南北高速公路第一期工程特別預算(含追加預算)
60-66
87.32
10
中央政府國防整備特別預算
62
20.00
11
中央政府加速農村建設重要措施特別預算
63-64
20.0012
64年度中央政府糧食平準基金特別預算
64
30.00
13
中央政府興建臺灣區南北高速公路第二期工程特別預算（含第一、二次追加預算）
63-68
230.02
14
中央政府興建臺灣區南北高速公路第三期工程特別預算
65-67
94.72
15
中央政府興建臺灣區南北高速公路第四期工程特別預算
65-68
76.85
16
69年度加強國防整備特別預算
69
250.00
17
中央政府興建臺灣北部區域第二高速公路第一期工程特別預算
76-78
320.82
18
79年度中央政府將第一銀行、華南銀行、彰化銀行三家商業銀行部分股權劃分移轉省有特別預算
79
44.56
19
中央政府興建台灣北部區域第二高速公路第二期工程特別預算(含追加預算)
79-81
1,446.72
20
中央政府戰士授田憑據處理補償金及其發放作業費特別預算
80-81
882.00
21
中央政府興建重大交通建設計畫第一期工程特別預算（含追加預算）
81-82
1,732.84
22
中央政府採購高性能戰機特別預算
82-90
3,007.10
23
中央政府興建重大交通建設計畫第二期工程特別預算（含追加(減)預算）
83-84
1,703.96
24
中央政府興建重大交通建設計畫第三期工程特別預算
85-86
1,664.49
25
中央政府口蹄疫危機處理特別預算
86-88
104.87
26
中央政府國軍老舊眷村改建特別預算
86-94
5,167.39
27
中央政府立法院新院址興建計畫工程特別預算
87-89
241.48
28
中央政府九二一震災災後重建特別預算（含第二期）
90
1,000.00
29
中央政府基隆河整體治理計畫（前期計畫）特別預算
91-94
316.16
30
中央政府嚴重急性呼吸道症候群防治及紓困特別預算
92-93
500.00
31
中央政府擴大公共建設投資計畫特別預算
93-97
4,299.00
32
中央政府易淹水地區水患治理計畫特別預算
95-102
1,159.20
33
中央政府石門水庫及其集水區整治計畫特別預算
95-100
250.00
34
中央政府振興經濟消費券發放特別預算
98
856.53
35
中央政府振興經濟擴大公共建設特別預算
98-100
4,992.00
36
中央政府莫拉克颱風災後重建特別預算
98-101
1,165.08
37
中央政府流域綜合治理計畫特別預算
103-108
659.50
38
中央政府前瞻基礎建設計畫特別預算
106-111
5,598.55
39
中央政府新式戰機採購特別預算
109-115
2,472.29
40
中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算原預算、第1至第3次追加預算
109-111
6,794.46
中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算第4次追加預算案
1,600.00
41
中央政府海空戰力提升計畫採購特別預算案
111-115
2,372.70
說 明：1.中華民國37年下半年度中央政府歲入歲出特別預算，單位為「法幣」(係1935年於大陸發行之國幣)。
2.本表除第40項之「中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算第4次追加預算案」、第41項「中央政府海空戰力提升計畫採購特別預算案」為預算案數外，餘為法定預算數。
資料來源：總統府公報、立法院公報及行政院主計總處網站；本報告整理。