我國目前已成立之軌道營運機構包括：國營之臺鐵局、公營之臺北捷運公司與桃園捷運公司、(公有)民營之高鐵公司及高雄捷運公司(其組織概況詳附錄四之附表4)。由各軌道營運機構近5年度(101至105年度)財務收支情形顯示(詳附表2-9；各軌道營運機構近5年度之簡明損益表詳附錄四之附表5至附表9)：
(一)鐵路部分
高鐵公司營業收入尚呈逐年增加，於104年度推動財務解決方案後，財務結構已獲改善；臺鐵局因營運未見成長加以人事負擔沉重，成立以來多呈虧損，近5年度虧損雖呈逐年縮減情形，惟迄105年底，累積虧損仍高達1,150.13億元。
(二)捷運部分
臺北捷運公司近5年度本期淨利約4.5億元至12.52億元間，惟平均純益率僅約5%，仍待提升；高雄捷運公司自97年度營運以來本業多呈虧損，預計105年度首度不需平準基金挹注而呈獲利；桃園捷運公司(尚在創業期間)自100年設立迄今雖已6年，因機場捷運通車時間延宕，迄105年度止累績虧損高達18.05億元。
附表2-9：101至105年度各軌道營運機構之簡明財務收支情形表
單位：新臺幣億元
機構
科目
101年度
102年度
103年度
104年度
105年度
臺鐵局
營業收入
216.02
227.39
242.01
249.08
252.28
本期淨利(損)
-51.76
-41.80
-35.66
-27.49
-10.14
保留盈餘(累積虧損)
-968.35
-1,004.13
-1,064.47
-1,142.64
-1,150.13
高鐵
公司
營業收入
339.85
361.01
385.09
519.01
406.11
本期淨利(損)
15.04
32.89
55.34
208.73
41.49
保留盈餘(累積虧損)
-554.62
-521.16
-466.59
41.49
46.07
臺北捷運公司
營業收入
149.38
157.97
168.45
180.51
185.98
本期淨利(損)
7.09
7.18
7.09
4.50
12.52
保留盈餘(累積虧損)
31.77
32.57
33.21
31.33
25.41
高雄捷運公司
營業收入
19.34
17.77
16.96
18.45
-
本期淨利(損)
-11.11
0.06
-2.04
0.91
-
保留盈餘(累積虧損)
-87.14
0.06
-1.61
-0.85
-
桃園捷運公司
營業收入
0
0
0
0.01
0.02
本期淨利(損)
-2.07
-2.02
-2.06
-4.14
-7.08
保留盈餘(累積虧損)
-2.75
-4.77
-6.83
-10.97
-18.05
※註：1.資料來源，各機構年報、財務報表及決算書(同附錄四之附表5至附表9)。
2.截至106年6月底止，高雄捷運公司尚未公布105年報，經洽交通部、高雄市政府捷運工程局及該公司表示，其為民間非公開發行公司，毋須公開相關財務報表，爰尚無法取得相關資料。