現行軌道建設計畫中臺鐵及高鐵建設計畫因具全國一致性，原則由中央負責辦理外，鐵路地下化或高架化、大眾捷運系統及輕軌系統等得由地方政府因應地區發展需求向中央提出申請，並由中央編列預算補助地方辦理。交通部雖訂有「鐵路立體化建設及周邊土地開發計畫申請與審查作業要點」及「大眾捷運系統及周邊土地開發計畫申請與審查作業要點」等審查規範，並採「可行性研究」、「綜合規劃」及「施工前置作業」三階段審議。惟查：
(一)計畫尚未經行政院完成審查程序即編列預算幾呈常態
依預算法第34條及第39條規定，各機關辦理重大公共工程及施政計畫，應先完成成本效益分析、財源規劃及資金運用等前置作業，始得編列預算，屬繼續經費預算並應列明全部計畫內容，以維政府資源之有效運用並利本院預算之審議。惟：
1.交通部於105年8月底依法送交本院106年度單位預算案時，計有高達10項軌道建設計畫尚未經行政院完成審查程序(其中9項計畫已列入前瞻軌道建設計畫)。
2.另行政院106年4月提出38項前瞻軌道建設計畫，依交通部同年5月13日新聞稿表示，9項計畫經核定、3項辦理綜合規劃中、14項辦理可行性研究中、6項僅編列規劃費用、6項屬硬體設施升級無須辦理可行性研究等。是以，前瞻軌道建設計畫於特別條例送交本院審議時，尚有17項子計畫仍在可行性評估或綜合規劃中，並未完成審查程序，占計畫總項數高達44.73%（計畫明細詳附錄三）。
3.近年行政院未完成軌道建設計畫審查程序即編列預算幾成常態；於計畫內容、經費規模及預計成效等未定即匡列預算，與預算法第34條及第39條規定尚有未符，除肇致後續預算無法有效執行，並影響政府資源配置之合理性與運用效益性；如「桃園都會區大眾捷運系統航空城捷運線(綠線)暨土地整合發展計畫」104年度開始編列預算，截至105年度累計編列6億元，惟因綜合規劃報告於105年4月始經核定，致105年底之預算累計執行率僅9.7%。
(二)審查程序、經濟與財務效益等評估原則亟待檢討
茲以大眾所關心之捷運建設計畫為例，大眾捷運法第11條明定：「大眾捷運系統之規劃，應考慮下列因素：一、地理條件。二、人口分布。三、生態環境。四、土地之利用計畫及其發展。五、社會及經濟活動。六、都市運輸發展趨勢。七、運輸系統之整合發展。…。」同法第12條並將新建路網之運量分析及預測、經濟效益及財務評估、路網及場、站規劃、財務計畫、土地取得方式及可行性評估等明列為規劃報告書內容之必載事項，並為行政院審查之重點。惟現行審查程序尚有下列未臻周延之處：
1.運量預估過於樂觀
「運量」為政府評估軌道建設計畫可行性之關鍵，亦為未來能否達成財務自償率之要件；惟以高鐵、高捷完工營運後因運量未達預期導致營運困難，並引發後續財務危機等前車之鑑，及近年我國軌道運量成長趨緩，故新興軌道建設計畫運量預估是否過於樂觀之疑義，亟待政府於審議程序中審慎評估，並應對外適當說明；又面對我國人口邁向負成長及高齡化等趨勢，對於新興軌道建設計畫運量之影響性，亟待政府於審議程序中檢討強化評估，以杜爭議。
2.當地民眾公共運輸使用之培養不足
軌道運輸雖具高速、便捷、準點及環保等優勢，但建造成本過高，後續維護及營運不易等限制，世界各國多倡導應預先培養當地民眾使用公共運輸之習慣，於達成一定標準後，始進一步推動軌道建設，以收成效；交通部雖於地方政府所提「可行性研究」及「綜合規劃」報告中要求說明新興軌道建設之運量培養或提升之規劃等。惟以近年我國公共運輸使用率未見有效提升，凸顯各地方政府對於公共運輸使用推廣成效仍待精進，交通部之審查程序亦欠缺積極落實。
3.自償率之達成性、中央與地方財務分擔之合理性亦待檢討
(1)為將公共建設之外部效益內部化，以提高計畫自償性，俾有效降低政府財政負擔，行政院於101年間推動「跨域加值公共建設財務規劃方案」，對於捷運建設計畫自償率之計算，明定周邊土地開發淨效益及租稅增額收入等外部效益金額等均應納入，另自償率愈高之計畫，中央就非自償部分之補助比例亦隨之增高(詳附表3-1)。
(2)現行軌道建設計畫納入周邊土地開發淨效益及租稅增額收入等外部效益後，自償率多逾中央所要求之最高標準，進能取得中央補助經費之最上限。惟捷運工程之建設期多長達10年以上，用以估算財務效益之營運目標年期更長逾20年之久，計畫所涉之效益不確定性甚高；有關地方政府是否高估自償率，藉以爭取中央較高之補助，係政府於大力推動軌道建設之際，允應正視並研謀有效之審查或追蹤考核機制，以資周延。
準此，近年軌道建設計畫尚未經行政院完成審查程序即編列預算幾呈常態，與預算法所定先有計畫始得編列預算之精神尚有未符，另有關運量、自償率預估過於樂觀及民眾抗爭等現象屢見，並引發後續工程延宕或營運困難等問題發生，行政院對於軌道建設計畫之審查機制、經濟與財務效益之評估原則等允宜配合社會期待、環境變遷全面檢討精進。
附表3-1：捷運建設計畫自償率與非自償中央補助比例情形彙整
政府補助上下限
政府財力級次（第一級）
臺北市
政府財力級次（第二級）
新北市、桃園市、臺中市、
政府財力級次（第三級）
臺南市、高雄市、新竹縣、基隆市、新竹市、嘉義市、金門縣
政府財力級次（第四級）
宜蘭縣、彰化縣、南投縣、雲林縣
政府財力級次
（第五級）
苗栗縣、嘉義縣、屏東縣、臺東縣、花蓮縣、澎湖縣、連江縣
計畫自償率
非自償
中央補助比例
計畫自償率
中央補助比例
計畫自償率
非自償
中央補助比例
計畫自償率
非自償
中央補助比例
計畫自償率
中央補助比例
最高
≧45%
50.0%
≧35%
78.0%
≧25%
84.0%
≧20%
86.0%
≧15%
90.0%
最低
35%
32.0%
25%
50.0%
15%
53.8%
10%
55.0%
10%
57.6%
※註：1.資料來源，參據大眾捷運系統建設及周邊土地開發計畫申請與審查作業要點第7點第4項規定、行政院主計總處106年9月14日主預補字第1050102106號函「各直轄市及縣(市)政府財力分級表」(自106年度適用)、淡海輕軌運輸系統綜合規劃書、交通部106年度單位預算。
2.中央政府之補助係扣除用地費及自償率後僅就非自償部分予以補助。