(一)多數軌道營運機構之財務狀況欠佳
1.臺鐵局累積虧損龐鉅
隨交通市場結構改變、組織結構限制、經營缺乏效率及政治力介入等，各國國營鐵路之經營陸續出現財務危機。我國臺鐵局亦面臨沈重之人事費(包含承擔舊制退撫金)及政策負擔支出等問題，至105年底累積虧損已高達1,150.13億元。此外，臺鐵局擁有鉅額之軌道資產，105年度相對須提列之折舊(耗)、減損及攤銷費用約75億元，占該局營業收入252億元之3成，相當可觀，故目前鐵路各項重大建設、增設車站或車輛添置等計畫，主要雖由中央政府公務預算撥款補助，然其後續所需人事、維運與折舊等相關經費龐鉅，實為臺鐵局後續營運之隱憂。
2.高雄捷運公司與高鐵公司甫經財務改革
高雄捷運公司與高鐵公司原以民間興建營運後移轉(BOT)模式辦理，嗣因須承擔長期貸款之利息負擔，及逐月攤提折舊與權利金等，致虧損嚴重，陸續面臨淨值歸零及資金短缺等財務問題，爰先後於102年間與104年間進行財務改革。該二公司於財改後，雖已適度改善財務結構，惟由其資產負債結構觀之(詳附表3-9)，高雄捷運公司之流動比率僅29%，流動性遠小於1，短期償債能力不足；高鐵公司之負債占資產比率為86.8%，負債為權益之6.6倍，財務槓桿比率仍高，利息費用即占營業收入之2成，以其現有資金狀況，倘無重大營運突破，未來償債能力仍有疑慮。
附表3-9：最近1年高雄捷運公司及高鐵公司之簡明資產負債表
單位：新臺幣億元；%
科目
高雄捷運公司
(104年底)
高鐵公司
(105年底)
金額
比率
金額
比率
流動資產
5.10
8.0
287.28
6.2
非流動資產
58.62
92.0
4,324.79
93.8
資產合計
63.72
100
4,612.07
100
流動負債
17.58
27.6
198.15
4.3
非流動負債
17.08
26.8
3,803.28
82.5
負債合計
34.66
54.4
4,001.43
86.8
資本
27.86
43.7
562.83
12.2
其他權益
1.20
1.9
47.81
1.0
權益合計
29.06
45.6
610.64
13.2
流動比率(=流動資產/流動負債)
29.0
145.0
※註：1.資料來源，各該公司年報，其中高雄捷運公司迄106年6月底尚未公布105年年報。
2.本表「比率」欄位係該項目占資產合計之比率，並係依千元金額計算。
3.臺北捷運公司營運優勢逐漸消退
臺北捷運系統初期路網係由中央及地方政府分擔興建，並由臺北市政府依公營大眾捷運股份有限公司設置管理條例第15條規定，出租臺北捷運公司經營，該公司自85年正式營運起5年內向臺北市政府繳納每條路線1元之租金，自第6年起重新簽訂租賃契約(租約期間90年3月28日至99年12月31日)，由該公司負責維護與設備重置，租金為提撥之重置費用加營業收入4%，並得視營運狀況每2年協議調整，106年度租金預算數為42.42億元(固定37.5億元加計營業收入2%及營業利益50%)。隨該公司提撥之重置經費與負擔之政策性支出增加、須配合負擔後續路網建設經費及後續路網投資效益遞減等，該公司之營運優勢已逐漸消退。
(二)允待全面檢討軌道經營之組織營運與財務負擔方式
1.部分軌道系統規劃建設者與營運者不同，興建規劃與營運管理之理念恐未盡相符，且業者眾多，資源有重複投資之虞
觀諸日本及香港之軌道建設，其開發者與營運者均屬於同一企業，並能依市場機制調整業務結構，惟我國部分軌道系統之規劃建設者與營運者隸屬不同組織，如未能於規劃階段即確認計畫之營運單位，由其進行深入評估計畫之營運可行性及財務永續性，或有產生興建規劃與管理經營理念不符之情形。此外，各地方政府紛紛設置捷運局與捷運公司辦理捷運之興建與營運事宜，在各縣市政府各自為政下，目前六都規劃之捷運機電、車廂系統，就多達十幾種，營運機構型態殊異，除產生技術、人力與資源無法累積及重複投資之問題外，各階段性工程完成後，相關組織與人力之去留等亦將成為新課題。
2.政府尚未就軌道營運產生之財務結構性問題提出有效對策
目前我國軌道營運面臨之財務結構性問題，就支出面部分，為固定成本甚高，包括折舊、攤銷費用或重置成本甚鉅、利息負擔龐大及政策性支出沈重等(惟隨營運機構組織型態不同，各機構所負擔之權利義務迥異，詳附表3-10)；另就收入面部分，主要係運量不足及票價與成本嚴重脫鉤問題，惟政府於大力推展軌道建設之際，卻尚未就各類型營運機構面臨之財務結構性問題提出有效對策，允待務實檢討改善。
附表3-10：我國軌道營運機構之權利義務概況表
營運機構
參與
模式
負擔建設成本、債務或利息
軌道建設之資產所有權
須提列軌道建設資產折舊費用
須提列
特許權
攤銷費用
須繳納租金/提列資產重置成本
鐵路局
自辦
自營
V
V
V
X
X
高鐵公司
BOT
V
V
V
V
X
臺北捷運公司
初期路網
租賃
X
X
X
X
V
後續路網
V
X
X
X
高雄捷運公司
移轉機電資產前
BOT
V
V
V
V
X
移轉機電資產後
X
X
V
桃園捷運公司
租賃
X
X
X
X
X
※註：1.資料來源，本中心整理。
2.高雄捷運公司於102年間將主要機電資產移轉高雄市政府後，即毋須提列相關資產折舊費用，惟須配合建立營運資產重增置準備金(彌補累積虧損後，依整體預期內部報酬率4.91%之財務計畫檢視，超過之盈餘應以現金給付高雄市政府作為營運資產重增置準備金)。