前開各項中長程補助計畫，除客委會及原民會所辦理客家文化生活環境營造計畫(97至102年度)、經濟發展3年計畫於首次計畫核定後即未再辦理修正外，餘均經提報修正計畫，其中內政部辦理四年專案計畫原訂每年編列4億元補助地方興建與修繕村里集會活動中心各75處及358處，4年總計擬以16億元補助完成興建300處、修繕1,432處，執行不到1年即分別於98年11月及99年11月辦理兩次修正計畫，除修正計畫名稱外亦縮減計畫總經費。102年度開辦之均衡基礎建設計畫，原規劃每年編列5億元補助地方興建、修繕村里集會活動中心，及改善基礎公共設施，各15處、80處與100處，並視地方實際需求補助興建鄉(鎮、市)公所辦公廳舍，總計4年編列20億元擬補助完成興建60處、修繕320處及改善礎公共設施400處，惟因預算執行未如預期，爰於104年5月間修正計畫，將執行期程再延長2年至107年，惟迄至105年底其補助地方興建村里集會活動中心已達146處，遠逾原計畫之60處，顯示原中長程計畫於規劃之初即未臻嚴謹。

客委會所辦客家文化生活環境營造計畫第一期(97至102年度)雖執行期間未辦理修正計畫，然其原規劃6年編列36.743億元補助293案，實際執行結果耗資31.11億元補助732案，與原計畫差異甚大；而第二期計畫(103至108年度)於102年5月間首次核定後，於106年3月間配合新政府客家政策修正部分文字內容及分年經費表，嗣後為配合將前瞻基礎建設計畫中之客家浪漫台三線計畫納入，爰於同年5月再次報請修正本計畫，將計畫期程與總額由原核定103至108年度及35.73億元，延長1年至109年度，計畫總額調增至60億元(增加經費24.27億元)，其中20億元由特別預算支應，擬增加桃園市、新竹縣、苗栗縣及臺中市等4縣市臺三線相關環境整備計畫，藉由硬體工程建設，恢復客庄環境歷史文化特色，並配合相關產業輔導及人才培力計畫等軟體資源投入，帶動在地創(就)業，應屬跨域合作領域，惟其於「中長程個案計畫自評檢核表」中對是否依據跨域加值公共建設財務規劃方案之精神提具相關財務策略規劃檢核表、是否研提完整經濟及財務效益評估、是否對計畫內容進行風險評估，及涉及跨部會或地方權責及財務分攤是否進行跨機關協商等事項，均填列「未相關」故未檢視，恐不利計畫目標之達成。

另原民會所辦理經濟發展3年計畫雖未辦理計畫修正，惟同樣有實際補助案件高於原規劃3.41倍情況；而經濟發展4年計畫於104年10月核定後，105年8月間辦理修正計畫，在總經費及目標不變下，減列辦理部落溫泉產業示範區預算5,942萬8千元，並調移至辦理特色農業、文化創意產業及生態旅遊產業示範區，原民會允宜持續追蹤所訂計畫總目標如消費人次、維持及創造就業人次、增加原住民有酬就業平均收入、創造產值及人口回流率等之達成率與維持度。

中長程計畫於執行期間雖可因施政目標、組織、任務、執行方式或內容變更、進度嚴重落後或無具體成效、不可抗力因素等而修正計畫，然如修正頻率過高或實際補助用途及案件數與原計畫所訂差異過大，除反映原計畫規劃設計欠嚴謹周妥外，亦將扭曲原計畫之原始目標。