(一)部分特別預算公共建設計畫修正次數3次以上，又多數修正計畫為變動計畫經費，允宜加強計畫先期規劃作業
依據國發會及各辦理特別預算公共建設計畫機關提供之資料，96年度至105年度特別預算公共建設計畫辦理修正件數共有55件(詳附表3-3-1)，修正次數共85次。其中衛武營藝術文化中心修正5次，國道6號南投段建設計畫及國立故宮博物院南部院區籌建計畫修正4次，原住民族基礎建設方案－優先搶通原鄉動脈計畫及環境營造計畫、石門水庫及其集水區整治計畫第2階段及高雄港洲際貨櫃中心一期工程計畫則修正3次。
前項計畫修正情形主要原因包含計畫經費增減、展延期程及計畫適用範圍或執行方式改變等，有8件計畫未變動經費，僅變更計畫期程或修正計畫適用範圍或執行方式，其餘47件計畫均有更改計畫經費，除農委會及教育部計畫均為減少經費外，其餘機關計畫多為增加經費。經查47件變動經費之計畫中，國立故宮博物院南部院區籌建計畫及衛武營藝術文化中心興建計畫即修正計畫經費3次，國立故宮博物院南部院區籌建計畫前2次係增加經費，最後1次則為減少經費，至衛武營藝術文化中心興建計畫3次修正計畫經費均為增加。
(二)部分增加經費計畫似因前期規劃未能全盤考量致後續執行年度須變更計畫內容，允宜改善先期作業
上開47件變動經費計畫增加經費者，多數除配合物價調整外，尚有計畫內容變更、用地費用增加等原因，如高雄都會捷運網(高雄都會區大眾捷運系統紅、橘線路網建設計畫)及臺中都會區大眾捷運系統烏日文心北屯線建設計畫均有增加車站設置、國道6號南投段建設計畫增設交流道等，惟該等計畫變更情形似應可於先期規劃時納入考量，顯示特別預算公共建設計畫規劃未能全盤考量。
至減少經費者有11件計畫(共15件係經費降低)則係為支應曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水特別條例所需而挪移經費，如加速高中職老舊校舍及相關設備補強整建計畫及加速辦理臺北地區漏水改善及穩定供水計畫等計畫，雖有部分計畫係與水庫治理等相關而有所調整，然有部分計畫與該計畫無關仍配合縮減經費預算，顯示先期規劃作業未盡周延。
(三)部分計畫變動經費超過60%，惟變更原因似可前於計畫規劃時納入考量，允宜積極改善，以避免類次情事再發生
另有部分計畫修正後經費金額與原核定金額差異達60%以上，分別為臺鐵高雄-屏東潮州捷運化建設計畫(73.96%)、花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化計畫(69.53%)、臺中都會區大眾捷運系統烏日文心北屯線建設計畫(78.84%)、加速辦理中央管河川急要段治理與環境營造計畫(229.40%)、加速辦理臺北地區漏水改善及穩定供水計畫(-60.42%)及加速山坡地治山防災及清疏計畫(-67.20%)等6件。其中加速辦理中央管河川急要段治理與環境營造計畫主要係將莫拉克颱風水患災害影響納入檢討而大幅度增加計畫經費，至臺鐵高雄-屏東潮州捷運化建設計畫及花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化計畫則分別因環評要求全線(含車站)高架，及因用地、電氣化營運安全、設計規範變更等調整經費，惟其修正原因似可於評估時納入考量，顯示相關計畫先期規劃作業恐有未盡完善之處。
綜上，特別預算公共建設計畫修正次數似有較多，疑於計畫先期規劃期間未能妥善考量所致，為避免未來類此情形發生，允宜積極改善。
附表3-3-1：96年度至105年度中央政府特別預算修正公共建設計畫
單位:新臺幣億元
項數
修正年度
計畫名稱
第1次核定計畫總經費
最新修正並核定計畫總經費
修改次數
主要修正原因
1
97
高雄都會區輕軌運輸系統高雄臨港輕軌建設
133.34
165.37
2
路網服務範圍往北擴展。
101
經2次BOT公告招商不成，改以政府自辦興建。
2
96
臺鐵高雄-屏東潮州捷運化建設計畫
87.59
152.37
1
因環評要求相關車站及全線高架。
3
101
花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化計畫
150
254.29
2
因用地、電氣化營運安全、期程縮短、設計規範變更等，修正總經費並期程展延至104年底。
103
因颱風等天災影響施工進度，展延期程至107年6月，總經費不變。
4
98
臺鐵臺南沙崙支線計畫
48.31
58.43
2
因二仁溪治理線調整等因素，展延期程至100年2月並調整總經費。100
因臺鐵整體購置及汰換車輛計畫不可抗力因素至購車延誤，期程展延至102年12月，總經費不變。
5
98
臺鐵新竹內灣支線改善計畫
63.15
82.59
2
因設施需求調整等，展延期程至100年4月，總經費為84.520億元。
100
因受統包商解約及臺鐵整體購置及汰換車輛計畫不可抗力因素至購車延誤所致，期程展延至102年12月，總經費調減為82.590億元。
6
98
臺中都會區大眾捷運系統烏日文心北屯線建設計畫
287.35
513.9
1
因新增3站、調整機電系統並變更路線長度、維修機廠配置變動等因素，修正計畫期程，調整總經費。
7
97
國道4號豐原大坑段及臺中生活圈4號道路建設計畫
239.834
317.764
2
因物價飆漲與增修工作項目致原核定工程費不足，爰計畫總經費並調整建設期程。
101
元堤路南向匝道因民眾陳情抗爭停工等影響完工期程。
8
97
國道6號南投段建設計畫
331.44
375.58
4
增設舊正、北山交流道工程，調整計畫總經費366.49億元。
98
施工期間物價大幅波動，修正計畫總經費為375.58億元。
100
北山交流道工程發生意外事故，展延計畫期程。(100年1月)
100
北山交流道工程提出復工申請，申請及審查時程冗長，展延計畫期程。(100年11月)
9
96
國立故宮博物院南部院區籌建計畫
60
79.29
4
追加聯外道路及輸電線路地下化經費11億元並展期至100年6月。
98
增列軟體建置費8.340億元。
99
請營建署專業代辦，並展期至104年底開館試營運。
104
預算遭刪除3.214億元，行政院同意105年度回編預算3.169億元。
10
98
阿里山林業村及檜意森活村
27.453
24.778
2
依機關互相撥用部動產劃分原則調減土地款1億元。
99
配合特別預算調減計畫期程至100年，並刪減預算1.675億元。
11
96
衛武營藝術文化中心
83.6
105.8
5
配合預算分配及未來營運模式等調整，展延期程至101年12月。
98
配合物價上漲及廳院內容調整等因素，展延期程至102年並增列總經費至新臺幣99.65億元。
101
配合管線施作及營運設備購置等因素，增列總經費至101.71億元。
103
再次展延期程，全案計畫於105年10月底前完成結案。
105
因承商因素等致全部工程竣工時程需延長至105年6月底。另辦理防火性能變更設計等及工程發包費不足等，經費再增加4.09億元。
12
102
流行音樂中心（北部流行音樂中心計畫及海洋文化及流行音樂中心計畫）
100
100
2
考量土地取得規劃及預定開發期程等因素，展延期程至105年。
103
考量都市設計審議、工程招標、施工工期、工程標驗收及勞務標驗收等因素，展延期程至108年。
13
96
國立臺中圖書館遷建計畫
20
經費未調整
2
修正期程至101年度，並調整分年經費需求與工作項目。
98
因物價飆漲追加3.510億元，嗣因物價下跌，再次修正經費總額度。
14
97
臺灣歷史文化風貌保存-六堆客家文化園區
12
17.5
1
97年因應物價上漲及實際需求修正總經費。
15
98
就學安全網計畫
351.8
348.228
3
考量99年度總預算收支差短，原年度預算與就學安全網計畫特別預算相關項目及金額，移列至振興經濟擴大公共建設特別預算編列，增列30.179億元。
99
因特別預算總經費上限金額調整，減列經費10.491億元。
101
考量100年度及101年度之年度預算數已有調整，爰減列24.26億元。
16
98
原住民族基礎建設方案－優先搶通原鄉動脈計畫及環境營造計畫
34.8
24.57
3
調整執行內容及擴大補助對象。
99
配合特別預算審議結果調整計畫目標、執行內容、期程及經費。
99
配合前次行政院核示調整計畫目標、計畫期程及經費需求。
17
98
加速辦理中央管河川急要段治理與環境營造計畫
92
303.05
2
將莫拉克颱風水患災害影響納入檢討，俾使達成整體性，故修正總經費329.850億元。
99
因應振興經濟特別預算101年度不再編列，併考量計畫整體性及莫拉克水患災害之影響，計畫內容所需修正總經費303.050億元。
18
99
加速辦理降低自來水漏水率及穩定供水計畫
200
154
2
為支應曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水計畫所需移撥部分經費，修正計畫總經費。
101
因利用工程節餘款增辦工項及臺水公司自籌款增加，爰修正計畫。
19
99
加速辦理臺北地區漏水改善及穩定供水計畫
24
9.5
1
為支應曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水計畫所需移撥部分經費。
20
98
水利會事業區外農田水利設施更新改善計畫
14
12.151
2
因將99至101年度公務預算灌區外水利設施維護更新計畫移列該計畫，爰修正總經費。
99
為支應曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水計畫所需移撥部分經費。
21
99
石門水庫及其集水區整治計畫第2階段
110.3
經費未調整
3
中庄調整池工程環評審查要求延長工期，申請展期。
101
板新水源南調桃園計畫發包不順及中庄調整池工程採分期開發，申請展期。
105
中庄調整池受降雨及法定工時調降等因素影響施工，申請展期。
22
102
曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水計畫
540
416.35
2
調整高屏大湖優先開發區位、增辦新烏山嶺引水隧道等修正計畫。
104
減列高屏大湖一期工程興建經費、調整工項期程，爰修正計畫。
23
95
高雄港洲際貨櫃中心一期工程計畫
239.1
216.237
3
因高雄市政府表示紅毛港遷村計畫在預算核撥後2年內方可完成，同時因時空環境已有變遷，以致基礎設施須配合實際調整，為求計畫內容與實際情況相符，期程調整至99年12月止，基礎工程經費由23.3億元調至31.9億元，故計畫總經費調整為368.02億元(政府投資部分共247.7億元)。
97
進行洲際貨櫃中心第一期工程計畫第二次之計畫修正檢討，將執行紅毛港遷村工作後之節餘款9.3億元，應用於洲際貨櫃中心後續發展相關之軟硬體建設。
99
考量洲際貨櫃中心第一期工程計畫因物價上漲、增加地質改良費用等，以及外海圍堤工程重新辦理發包等因素，計畫經費需求、來源額度、計畫期程均需調整，故第3次修正計畫。
※註：1.資料來源，辦理特別預算公共建設計畫機關提供。
2.本表僅列示修正次數2次以上或修正經費達40%以上之計畫。