特別預算期間長達3-8年，預算審議通過後即授權行政機關執行，且賦予不受預算法限制等諸多彈性，若計畫規劃時因考量欠周詳或評估未翔實，執行或完工後又未能確實監督考核，恐造成國家財政及經濟重大損傷，故各層級管考機制之設計及執行應較年度預算更為縝密嚴格，除應辦理定期或不定期查核、期中再評估機制外，並應確實辦理各計畫完工後考核及營運期間實地查核，俾利即時發現問題儘速協助改善或修正。