(一)水患治理計畫經費需求龐鉅，如未有長期穩定財務規劃與財源支應，將不利籌應適足財源
1.治水缺乏整體長遠規劃：依行政院核定之「修正『流域綜合治理計畫』(103-108年)」，水利署擬採短中長程策略協助地方政府改善淹水，「短程策略」由中央政府編列易淹水地區水患治理計畫特別預算1,160億元，代地方政府執行；「中程策略」由中央編列流域綜合治理計畫特別預算660億元並執行(亦得委(辦)託或補助相關單位執行)；「長程策略」因易淹水地區經中央代行及補助辦理後，僅剩約292平方公里，應回歸由地方政府自籌經費接續辦理(詳附錄之附表7)，顯示易淹水地區水患治理經費龐鉅，長期以特別預算之辦理方式較不合宜，故中央已朝回歸地方權責方向修正；惟縣市管河川、排水整治率較低，社會民情普遍以防洪安全為訴求，殷切期盼中央能持續補助經費辦理後續治水工作，爰中央再編列縣市管河川及區域排水整體改善計畫720億元，補助地方政府執行，顯示前置作業未能以宏觀流域整體治理規劃，政策大幅變更，對於業經核定計畫之財務規劃、回歸地方權責時程及財源籌措等，均產生重大影響。
2.治水缺乏長期穩健財務規劃：中央管河川依規劃已完成治理比率約80.44%，尚有786.59公里堤防護岸待改善，而地方管河川已完成治理比率約46.98%，尚有5,455公里堤防、護岸待改善，後續經費需求約3,104億元(詳附錄之附表8)，顯示水患治理經費需求龐鉅，治理期程亦長，如能與地方政府研議可行之財務策略，當有助於減輕國庫預算籌編負擔；惟該計畫經費現仍多由特別預算籌應，地方僅需負擔部分治理經費(約3-5成用地費)，加以本案僅作興建期之財務規劃，欠缺計畫完成後土地價值上漲部分歸公等可能財源收入規劃，致仍需仰賴中央以編列特別預算方式辦理，造成國庫沉重負擔。
(二)部分計畫未妥善規劃，導致預算遽增或進度延宕
查近年來已核定但施工受阻之水資源開發計畫，有美濃水庫、曾文水庫越域引水、高屏大湖及大安大甲水源聯合運用；而已完成規劃及環評，無法立即提報工程計畫者，有天花湖水庫、隘寮溪下游集水暨輸水工程等(詳附表4)，顯示部分計畫之事前規劃、協調過程未臻周妥，導致計畫推動數年仍處於停滯狀態(詳附表5)，無法達到原規劃效益。其中大安大甲溪水源聯合運用輸水及天花湖水庫已移列至前瞻計畫辦理，尚值斟酌討論如下：
1.預算大幅增加：為解決臺中地區缺水問題，水利署研擬大安大甲溪水源聯合運用輸水工程計畫(101-107年度)，原規劃總經費為41億元，中央負擔25億元，分7年辦理，101至106年度僅編列1億70萬元，占中央負擔經費之4.03%，進度嚴重落後；嗣本案移列前瞻計畫辦理，期程延長至112年，總經費大幅追加至89.65億元，達原預算2倍以上，主要係本計畫自始即爭議不斷，環境影響評估審查結果又遭臺北高等行政法院撤銷，需重新辦理相關環評作業，致原規劃供水期程延宕，工程經費大幅追加。
2.協調過程未臻周妥：為因應氣候環境變遷，水利署研擬推動天花湖水庫工程計畫(105-112年)，原規劃總經費為230億元，分8年辦理，105至106年度皆未編列預算，進度嚴重落後；嗣本案移列前瞻計畫辦理，期程延長至116年，總經費追加至241億元。本案歷經初步規劃(83-87年)、可行性規劃(87-93年)及可行性規劃檢討與推動階段(94-迄今)，並已於99年12月1日有條件通過環境影響評估(102年1月2日公告)，卻遲遲無法順利推動，主要係未積極溝通協調，導致地方民眾強烈反對興建天花湖水庫(反對理由詳附表4)，允宜加強與地方溝通宣導，以避免本案無法依所定計畫期程開發利用。
(三)部分計畫未能於特別條例屆期前完成，尚無法達成全面彰顯整體計畫之實質效益
依據前瞻基礎建設特別條例(草案)第6條、第11條規定：「中央執行機關應依前條行政院核定事項辦理具體規劃，並按計畫期程提出經費需求；…。」、「本條例自公布日施行至113年12月31日止。」惟查經濟部研提「水與發展」17項計畫中，僅烏溪鳥嘴潭人工湖工程等14項計畫可於特別條例施行期間內建置完成，其餘諸如白河水庫後續更新改善工程(108-116年)、雙溪生態水庫工程(108-116年)、天花湖生態水庫工程(109-116年)等(詳附錄之附表9)，期程均迄116年底止，尚無法於本條例屆期前完成，以達成全面彰顯整體計畫之實質效益。
附表4：近年推動受阻之水資源開發計畫一覽表 單位：新台幣億元
計畫
名稱
總經費(期程)
計畫
效益
目前辦
理情形
推動受
阻原因
高屏地區美濃水庫工程計畫
600(15年)
增供110萬噸/日
●行政院81年核定。
●預算未獲同意編列。地方政府、民眾及團體對水庫安全(斷層疑慮)、環境生態、文化保存等議題持反對意見，而無法順利推動。
曾文越域引水工程計畫
212.92(92-101)
增供60萬噸/日
●92年4月核定。
●除西隧道貫通外，其餘工程多未施作。
因莫拉克風災造成計畫工區附近洪水、山崩、土石流、堰塞湖等複合型災害，工區所在之荖濃溪及旗山溪河道淤積嚴重而全面停工。
高屏大湖一期(E湖區)
86(104-113)
增供10萬噸及備援1,500萬噸
●行政院93年核定。
●102年3月13日環評大會未通過環差報告。
因地方政府、民眾及團體認為本案將破壞農田、影響毛豆產業、故建議應優先改善自來水漏水率、開發再生水或海淡水等方案。
大安大甲溪水源聯合運用輸水工程計畫
41(101-107)
增供28萬噸及高濁度期間備援用水80萬噸
●100年9月核定。
●已進入二階環評。106年3月27日將新路線送環保署辦理二階環評。
環保團體及部分民眾認本案應依環境影響評估法第8條規定進行第二階段環境影響評估，乃提起訴願及行政訴訟，台北高等行政法院102年7月31日判決撤銷本計畫有條件通過環評處分。
天花湖水庫
230(105-112)
增供26萬噸/日
●99年通過環評，並完成可行性規劃。
●持續溝通取得地方共識後推動。
目前地方仍強烈反對，主要理由如下：
●一鄉兩水庫，頭屋鄉已有明德水庫。
●苗栗已有5座水庫，水庫保護區之土地利用受限。
●水庫自後龍溪築堰引水，影響下游灌溉給水。
隘寮溪下游集水暨輸水工程
19.01(98-102)
取水每日最大5萬噸
已奉示緩辦。
因鄉公所、民眾及團體對第2階段抽取地下水有疑慮，認為將造成其抽水成本增加、抽不到水或施工揚塵影響作物生長等問題持反對意見，致無法順利推動。
※註：1.資料來源，水利署提供。
附表5：近年推動受阻水資源開發計畫已投入經費簡表 單位：新台幣億元
計畫
名稱
計畫
期程
原規劃
總經費
已編列預算數
決算數
目標達成情形
(含成效檢討)
高屏地區美濃水庫工程計畫
約15年
600
2.50
2.33
行政院雖早於81年核定；惟預算迄未獲同意編列。
曾文越域引水工程計畫
92-101
212.92
62.31
62
因莫拉克風災造成計畫工區附近洪水、山崩、土石流、堰塞湖等複合型災害，工區所在之荖濃溪及旗山溪河道淤積嚴重而全面停工。
高屏大湖一期(E湖區)
104-113
86
0
0
因地方政府、民眾及團體認為本案將破壞農田、影響毛豆產業，致工程推動受阻。
大安大甲溪水源聯合運用輸水工程計畫
101-107
41
0.46
0.40
環保團體及部分民眾認本案應進行第二階段環境影響評估，乃提起訴願及行政訴訟，台北高等行政法院判決撤銷本計畫有條件通過環評處分，致工程推動受阻。
天花湖水庫
105-112
230
0
0
目前地方仍強烈反對，致工程推動受阻。
隘寮溪下游集水暨輸水工程
98-102
19.01
0.24
0
因鄉公所、民眾及團體對第2階段抽取地下水仍有疑慮，致工程推動受阻。
小計
-
1,188.93
65.51
64.73
-
※註：1.資料來源，經濟部水利署提供。本表已編列預算數及決算數為截至105年底之資料；其中已編列預算數含流用數。