縣市管河川整治計畫工作內容主要包括：治理工程係由中央執行為原則；應急工程則係以補助方式交由地方執行；土地取得費用除中央依所定比率補助外，其餘由各地方政府自行籌編；相關工程完成後由縣市政府辦理後續維護管理(詳附錄之附表17)，茲就中央對地方之補助項目及方式，評析如下：
(一)未合理規劃補助項目與經費分擔比率，導致中央與地方權責無法明確劃分
依地方制度法第70條及財政收支劃分法第37條之1規定，地方之河川整治、集水區保育、防洪排水設施及維護管理等屬地方政府應行辦理之自治事項，應由地方政府就其自有財源優先編列預算支應；惟因現行中央各部會對於前述地方自治事項多給予高額補助或全額負擔工程經費，導致中央與地方之權責無法明確劃分，如易淹水地區水患治理計畫之治理工程、應急工程經費由中央全額負擔，流域綜合治理計畫之治理工程經費由中央全額負擔等。
(二)用地費補助易增難減，宜嚴謹規劃
依據「水患治理特別條例」第2條及「中央對直轄市及縣(市)政府補助辦法」第10條規定，中央對地方政府之計畫型補助款原則不含土地取得及維護費用；惟由於部分縣市政府財政困難，無法編足所需負擔用地經費，致影響計畫推動，中央乃依各地方政府財力級次給予不同補助比率。
易淹水地區水患治理計畫第1階段原核定用地費補助比率為第1級30%、第2級40%、第3-5級50%；考量地方財政困難，經濟部前於96年9月3日報請行政院調高補助比率3成；行政院於96年11月15日函復，僅同意調高補助比率2成，並請經濟部視政府財政狀況，滾動檢討研究調高地方負擔比率之機制，於流域綜合治理計畫第2、3階段實施，而目前用地費補助比率則調整為第1級不補助、第2級55%、第3級63%、第4級67%、第5級70%(詳附表10)，除第1級外，餘僅略為調降3-7個百分點，顯示用地費補助項目及補助比率易增難減，允宜更嚴謹規劃。
附表10：各階段治水計畫用地費中央補助比例 單位：%
計畫別
財力分級
易淹水計畫
第1階段
(95-96)
易淹水計畫
第2、3階段
(97-102)
流域綜合治理計畫第1階段
(103-104)
流域綜合治理計畫第2、3階段
(105-108)
第1級
30
50
50
0
第2級
40
60
60
55
第3級
50
70
70
63
第4級
50
70
70
67
第5級
50
70
70
70
※註：1.資料來源，經濟部水利署提供。
(三)隨著補助項目增加，中央財政負擔加重
中央為減輕地方政府財政負擔，爰於一般性補助款中匡列一定數額經費，以擴大地方政府治水經費規模，包括：1.水利管理維護費：100至105年度各編列24億元，應專款專用於水道疏濬、水利管理及維護等治水工作。2.用地費配合款：土地取得費用除中央依所定比率予以補助外，其餘不足部分原應由各地方政府自行籌編，惟為順利推動各項水患治理計畫，將地方原應負擔之用地費配合款改由中央負擔並採另予外加補助方式辦理(詳附表11)，顯示隨著補助項目增加，中央政府財政負擔加重。
附表11：100~105年度行政院一般性基本設施水利經費補助情形表
單位：新台幣千元
年度
一般水利補助經費
（維護費）
用地費配合款
(特別預算)
總補助金額
100
2,400,000
865,263
3,265,263
101
2,400,000
970,327
3,370,327
102
2,400,000
558,113
2,958,113
103
2,400,000
-
2,400,000
104
2,400,000
413,095
2,813,095
105
2,400,000
721,922
3,121,922
※註：1.資料來源，經濟部水利署提供。
(四)宜將縣市政府維護經費預算編列情形及維護管理績效列為競爭型補助制度考量項目，以提升資源整體運用效益
流域綜合治理特別條例第11條規定，現有各項計畫及工程措施完成後，應由地方接管後續維護管理工作；而隨著水患治理計畫執行後，地方政府移交接管大量堤防護岸、水門、抽水站及滯洪池等防洪設施，維護管理經費亦隨之攀升(詳附錄之附表18、19)，允宜加強經費控管，以達預期目標；故建議宜參考已完工類似設施歷年運轉維護費用預算編列標準，合理估算地方政府應編列維護管理經費，並將其列為核列競爭型補助款評比項目之一，視地方努力績效調整各計畫型補助比率，以督促地方政府儘速建立責任維護管理制度，提升計畫整體效益。