我國營利事業所得稅申報可分為查帳申報、擴大書面審核申報及會計師簽證申報等3種，各國稅機關除以電腦選案、簽證調底稿案件及機關團體案件等方式，選查營利事業之稅額外，另集中人力辦理「運用營業稅資料庫查核營利事業所得稅作業」及「營利事業所得稅會計師簽證案件抽查作業」等2項專案查核，以促進誠實申報納稅，進而建立公平優良納稅環境。經查：
(一)部分國稅局運用營業稅資料庫辦理營利事業所得稅作業專案查核之補徵稅額呈逐年減少之趨勢，且減少金額及比率甚高
運用營業稅資料庫查核營利事業所得稅作業專案查核104及105年度資料庫案件數各為79萬4,832件及81萬7,761件，查核家數各為953家及965家(占比均為0.12%)，補徵稅額各為23億4,379萬8千元及11億372萬9千元(詳附表3)，平均每家245萬9千元及114萬4千元，105年度查核家數雖較104年度略多，惟補徵稅額減少12億4,006萬9千元(52.91%)，主要係中區國稅局104年度選案查核發現部分營利事業短(漏)報所得金額較大所致。此外，臺北、高雄、北區及南區國稅局105年度查核家數雖較104年度略增，惟105年度補徵稅額各為4億2,562萬8千元、6,206萬9千元、2億307萬1千元及7,441萬4千元，平均每家168萬2千元、52萬6千元、71萬5千元及66萬4千元，均較104年度補徵稅額各為5億378萬2千元、1億3,219萬1千元、2億8,931萬8千元及1億2,964萬9千元，平均每家200萬7千元、113萬元、103萬7千元及116萬8千元為低，主要係105年度選案查核對象之短(漏)報所得金額較低所致。
該項專案查核主要係運用營業稅資料庫系統與營利事業所得稅結算申報資料進行勾稽比對，挑選可能開立或取具非實際交易對象發票，或未取具合法憑證而虛列成本、費用之營利事業，予以加強查核。惟部分國稅局實際補徵金額逐年降低，如北區國稅局及南區國稅局103至105年度補徵金額分別為4億6,667萬6千元、2億8,931萬8千元及2億307萬1千元；1億8,169萬6千元、1億2,964萬9千元及7,441萬4千元(詳附表1)，分別減少2億6,360萬5千元(56.49%)及1億728萬2千元(59.04%)，減少金額及比率甚高，其選案查核之策略及技術尚有精進空間。
(二)104及105年度會計師簽證案件選查結果，連續3年度均有短(漏)報所得者之金額及家數比率均甚高，且有增加之情形
營利事業所得稅會計師簽證案件抽查作業專案查核104及105年度資料庫案件數各為7萬9,663件及8萬2,431件，查核家數各為1,593家及1,649家(占比均為2%)，補徵稅額各為69億1,499萬6千元及87億2,945萬9千元(詳附表4)，平均每家434萬1千元及529萬4千元，105年度查核家數及補稅金額均較104年度增加。另該項專案查核之選查對象以過去年度曾查核過者為主，104及105年度分別為1,238家(77.72%)及1,411家(85.57%)，與運用營業稅資料庫查核營利事業所得稅作業專案查核之選查對象以未經查核過者為主不同。
再者，104年度及105年度會計師簽證案件抽查作業選案查核結果，選查對象連續3年度均有短(漏)報所得者各為473家(38.21%)及584家(41.39%)，補徵金額合計數各為97億2,383萬9千元及127億7,592萬8千元(詳附表4)，平均每家2,055萬8千元及2,187萬7千元，金額及家數比率均甚高，且有增加之情形。惟另查104年度及105年度運用營業稅資料庫查核營利事業所得稅作業專案查核之結果，選查對象連續3年度均有短(漏)報所得者各為66家(25.68%)及10家(5.43%)，補徵金額合計數各為11億1,736萬元及1,415萬3千元(詳附表3)，平均每家1,693萬元及141萬5千元，金額及家數比率均有減少，其連續違規之改善情形較經會計師簽證案件為佳。以上專案查核結果顯示甚多企業並未因委託會計師簽證而減少其租稅逃漏，故會計師簽證申報功能仍有待落實。
(三)專案查核結果顯示部分企業短(漏)報所得情形嚴重，惟101年度以後會計師代理所得稅事務違失移送懲戒之案件僅3件，且處分結果尚屬輕微
依據財政部「會計師代理所得稅事務違失移付懲戒作業要點」規定，會計師代理所得稅事務涉有該規定第2點各款所列之違失情事時，由各地區國稅局成立之審查委員會，辦理會計師代理所得稅事務違失移付懲戒案件之審查，若經審查委員會議決後簽報機關首長核可移付懲戒者，應即依會計師法第41條規定函報金管會交付懲戒。
中區國稅局104年度運用營業稅資料庫查核營利事業所得稅作業專案查核，查核家數79家、補徵稅額8億2,125萬1千元，平均每家1,039萬6千元，其中選查對象連續3年度均有短(漏)報所得者41家，補徵金額合計數9億6,108萬4千元，平均每家2,344萬1千元(詳附表3)；臺北、高雄及南區國稅局105年度辦理營利事業所得稅會計師簽證案件抽查作業專案查核，平均每家補徵稅額648萬2千元、619萬9千元及657萬元，臺北及北區國稅局則發現選查對象連續3年度均有短(漏)報所得者，平均每家補徵金額合計數各為2,189萬7千元及2,889萬5千元，若以營所稅稅率17%推算短(漏)報所得額均遠逾該要點第2點第8款：「營利事業年度結算申報，經稽徵機關查獲短漏報所得額超過新臺幣2百萬元，且短(漏)報所得額占營業收入淨額之比例超過1%，核定確定，會計師查核簽證涉有違失者。」規定之金額，另上述連續多年違規情形亦符合同點第13款：「會計師於個別年度所涉違失雖未達上開各款所定移付懲戒標準，惟其於5個查核簽證申報年度內，經稽徵機關核定確定，其中3個年度以上涉有同一款違失情事者。」之規定，且短(漏)報所得之家數比率甚高、金額逐年增加。再者，近年來發生聚合發公司分建合售逃漏稅15億元及頂新公司負責人魏０充逃漏2億餘元等重大案件，均嚴重影響租稅公平，亦應依上述規定查明會計師之疏失責任。
惟依金管會提供之「財政部及所屬機關101至105年度函報有關會計師代理所得稅事務違失案件交付懲戒情形統計表」， 102及104年度分別移送1件及2件，除102年度移送案件獲不予懲戒外，其餘懲戒結果分別為申誡及停業2個月(詳附表5)，處分結果尚屬輕微，其他年度則無移送懲戒案件，似與各年度短(漏)報所得之違規情節不相稱，恐難以達成「建立優良會計師簽證申報制度，並促進誠實申報納稅，進而建立公平優良納稅環境」之專案查核目標。
附表3：104及105年度運用營業稅資料庫查核營利事業所得稅作業(專案查核)選案查核執行情形 單位：家、新臺幣千元
國稅局別
辦理年度
資料庫案件數
選案查核執行情形
以前年度有查核過者
未曾查核過
合計
查核家數
補徵稅額
近3年查核均有調整者
查核家數
補徵稅額
查核家數
補徵稅額
家數
補徵稅額(3年合計數)
臺北國稅局
104
158,891
63
189,836
14
100,831
188
313,946
251
503,782
105
163,104
60
134,277
7
5,562
193
291,351
253
425,628
高雄國稅局
104
86,437
38
72,140
5
12,880
79
60,051
117
132,191
105
88,621
35
21,654
2
6,638
83
40,415
118
62,069
北區國稅局
104
271,957
47
73,334
2
11,403
232
215,984
279
289,318
105
280,170
29
31,930
1
1,953
255
171,141
284
203,071
中區國稅局
104
190,891
79
821,251
41
961,084
116
467,607
195
1,288,858
105
196,516
45
88,788
0
0
153
249,759
198
338,547
南區國稅局
104
86,656
30
32,804
4
31,162
81
96,845
111
129,649
105
89,350
15
23,295
0
0
97
51,119
112
74,414
合計
104
794,832
2571,189,365
66
1,117,360
696
1,154,433
953
2,343,798
105
817,761
184
299,944
10
14,153
781
803,785
965
1,103,729
※註：1.資料來源，財政部賦稅署。
2.「近3年度查核均有調整者」，指課稅年度及課稅年度之前2個年度經查獲連續3個年度均有補徵稅額者。
3.本報告所稱104年度預定及實際辦理情形指各國稅機關於「104年度」期間內預計及實際辦理成果，並非對納稅義務人申報104年度所得稅資料之查核績效；其餘年度亦同。
附表4：104及105年度營利事業所得稅會計師簽證案件抽查作業(專案查核)選案查核執行情形 單位：家、新臺幣千元
國稅局別
辦理年度
會計師簽證案件總數
選案查核執行情形
以前年度有查核過者
未曾查核過
合計
查核家數
補徵稅額
近3年度查核均有調整者
查核家數
補徵稅額
查核家數
補徵稅額
家數
補徵稅額合計
臺北國稅局
104
32,644
545
2,627,709
167
3,609,666
108
113,437
653
2,741,146
105
33,651
580
3,759,759
202
4,423,114
93
97,467
673
3,857,226
高雄國稅局
104
4,065
68
317,254
36
373,637
13
34,218
81
351,472
105
4,201
76
471,096
37
514,768
8
26,679
84
497,775
北區國稅局
104
27,510
368
1,854,188
170
4,458,980
182
152,800
550
2,006,988
105
28,550
490
2,817,085
233
6,732,548
81
135,311
571
2,952,396
中區國稅局
104
11,382
186
764,719
75
955,687
42
685,212
228
1,449,931
105
11,731
194
840,797
85
857,489
41
83,234
235
924,031
南區國稅局
104
4,062
71
349,961
25
325,869
10
15,498
81
365,459
105
4,298
71
466,446
27
248,009
15
31,585
86
498,031
合計
104
79,663
1,238
5,913,831
473
9,723,839
355
1,001,165
1,593
6,914,996
105
82,431
1,411
8,355,183
584
12,775,928
238
374,276
1,649
8,729,459
※註：1.資料來源，財政部賦稅署。
附表5：財政部及所屬機關101至105年度函報有關會計師代理所得稅事務違失案件交付懲戒情形統計表
年度
函報件數
處理結果(件)
處理中
已處理完成
不予懲戒
警告
罰鍰
申誡停業
除名
101
0
0
0
0
0
0
0
0
102
1
0
1
0
0
0
0
0
103
0
0
0
0
0
0
0
0
104
2
0
0
0
0
1
1
0
105
0
0
0
0
0
0
0
0
合計
3
0
1
0
0
1
1
0
※註：1.資料來源，金管會。