我國HIV/AIDS之防治，欲竟其功須賴中央各部會(含各級學校)、地方政府及民間團體各級機關單位戮力合作辦理，茲整理前揭各機關單位配合防治之主要業務(詳附表6)，不論是教育、衛教、篩檢、通報、進行非本國籍者相關防治管理、依法規保障就業及維護不受歧視權益等，均有賴相關機關單位積極合作達成，倘其他機關無法有效重視與配合，則將出現重大防疫漏洞而難收防治成效。
附表6：各部會及地方政府配合防治愛滋主要業務說明表
部會別
主要配合辦理事項
1.內政部
1.役男徵兵體檢：會商指定體檢醫院進行愛滋血液檢測、進行宣導、並依規定通報個案；並加強替代役男相關防治宣導等。
2.對第1線消防救護人員辦理防治及感染者權益課程，相關情況並列入交接班事項。
3.配合縣市政府聯合稽查小組辦理8大行業稽查查獲性工作者或販賣施用毒品者，通知衛生單位辦理相關防治、衛教及提供篩檢諮詢等。
4.辦理警政單位宣導講習，以配合愛滋減害計畫並加強認知。
5.員警查訪治安顧慮（藥癮）人口等時，配合發放替代治療執行機構資訊並宣導之。
2.外交部
1.外派人員行前辦理相關防治講習，以加強認知。
2駐外館處於辦理「外籍配偶入國前輔導講習」時加入相關防治課程。
3.因應條例修正-外籍人士入境不篩檢，請加強外籍人士及配偶於母國篩檢愛滋宣導。
4.協助推動相關愛滋防治國際交流。
3.國防部
1.教育相關辦理感染個案停除役業管人員尊重保障事宜及協助強化防治。
2.加強軍人(含學生與軍醫等)之相關防治宣導。
3.辦理離退營官兵之防治宣導。
4.教育部
(含各級學校)
1.各校應建立諮詢窗口，善處個資並提供有關篩檢及防治資訊，並透過社團及民間團體合作，給予支持協助。
2.各級學校應實施防治課程及相關師資培訓並辦理成效評估。
3.鼓勵大專校院開設相關通識課程，並培訓種子教師。
4.鼓勵高中職以上學校，結合專家與民間社團辦理同志諮詢及相關防治宣導。
5.對各級學校師生加強相關防治講座宣導，並辦理競賽及活動，以提升認知。
6.核定師資培育大學辦理高中以下(含幼兒園)教師在職進修，相關防治教育增能學分班等。
7.各級學校對家長應利用各項活動加強宣導並呼籲共同協助及參與。
5.法務部
1.宣導提升所屬機關(含檢察及矯正機關)業務人員相關認知及有關法治權益，並能善處個資。
2.觀護人執行保護管束時，結合當地衛教單位加強辦理有關法治權益等宣導。
3.編列收容人篩檢愛滋費用，協同衛生單位進行篩檢、防治及宣導。
4.請辦理一般民眾反毒宣導及法治教育時，適時加入愛滋防治宣導。
6.經濟部
1.定期提供特定目的事業營業場所從業業者名冊予各縣市政府單位辦理講習，並加入防治愛滋及感染者就業權益維護宣導。
2.配合各產業同業公會召開大會時，進行相關防治及感染者就業權益維護宣導。
3.配合加工出口區保健所辦理活動，進行相關防治及感染者就業權益維護宣導。
7.交通部
1.加強領隊及導遊防治認知並請其等協助宣導。
2.各縣市旅館公會辦理研習時，請加強辦理相關宣導。
8.勞動部
1.就業服務人員與替代治療機構或愛滋指定醫院合作提供駐點服務，並適時提供相關職訓課程等。
2.職業安全(衛生)人員訓練課程中納入相關防治課程。
3.加強僱主或企業主有關愛滋防治及感染者權益保障知能。
4.請加強對外籍勞工來源國及仲介業者加強外籍勞工來台前母國篩檢愛滋宣導。
9.陸委會
1.辦理陸配生活輔導課程及相關刊物中，納入相關防治宣導。
2.運用兩岸交流體系，對台商進行相關防治宣導。
10.農委會
1.各項漁船船員訓練課程內納入相關防治及感染者權益保障課程。
2.辦理農漁會及家政班研習課程時，納入相關防治宣導。
11.原民會
1.辦理相關訓練演講或活動時，納入相關防治宣導。
2.於原住民保健服務計畫中，辦理相關感染者權益保障工作及關懷協助。
12.衛福部其他
1.對兒少安置、老人福利、身心障礙福利機構工作人員進行防治及感染者權益保障教育。
2.對上述3種機構，落實條例規範，不得歧視等。
13.地方政府
依人類免疫缺乏病毒傳染防治及感染者權益保障條例第2條規定，主管機關在中央為中央政府，在直轄市為直轄市政府，在縣(市)為縣(市)政府。應擔負地方主管機關之責任及義務。
14.公私立醫療院所及其他民間團體
1.補捐助公私立醫療院所、愛滋指定醫事機構辦理愛滋病患個案管理師計畫、指定醫院品質提升計畫、愛滋防治替代治療補捐助計畫、愛滋病毒篩檢及暴露愛滋病毒預防性投藥及前驅計畫等，並依相關作業規範進行醫療、照護及諮詢作業。
2.捐助民間團體辦理同志族群衛教活動、愛滋感染者現身說法、婦女族群、青少年族群衛教訓練、感染者行為諮詢服務、藥癮者多元服務、愛滋病國際會議、愛滋年長者照護及協助安置、性傳染病防治及高危險行為者衛教關懷服務等等。
※註：1.資料來源，整理疾管署提供之該計畫第6期計畫書、106年度法定預算書及該署提供資料。以上各部會及地方政府均含有”檢視權管法令與規定，是否存有污名之虞，並加以修正＂事項。