依各期計畫辦理之主要目標，相較聯合國所提出之104年度達成目標(詳附表5背景第5期第2點說明)及疾管署答復資料，整理未達成目標情形(詳附表9)，並檢視第6期設置目標等，尚有以下缺失：
1.依以往執行情形，顯示新增染患HIV年增率無法降為負數(即年度新增病例數仍提升，更遑論達到減少50%)、年輕人及不安全性行為(尤其男男間性行為)感染管控成效欠佳、民眾保險套使用率偏低，相關衛教待加強、清潔針具可近性執行成效下降等，均顯示我國相關防治之瓶頸及警訊。
2.第6期防治目標設定欠妥：查第3期及第4期之成果目標均列有新增個案年增率負成長目標，惟至第6期設定之總目標卻僅為「降低愛滋病毒傳播率達5%」，與世界衛生組織等設定死亡率、新發感染減少數(率)等分予管控之作法不同，不利課責。另查第6期防治計畫之目標雖有與UNAIDS規劃目標相合處(詳附表10，屬其中之檢測及治療目標)，惟我國屬集中感染型傳播，宜針對集中性問題：如男男不安全性行為、感染個案配偶追蹤情形、注射藥癮者之管控等，妥設分期管控目標因應，惟未見設定，容有欠妥。
附表9：以往各期主要目標未能達成狀況說明表
來源
目標(目標年度)
100年
105(104)年
第3期
第4期
第5期
降低新增愛滋感染年增率達0%以下(95年)
10%
3%
年通報感染個案數負成長(96-100年)
係正成長
新增個案成長率逐年遞減，使成長比率下降60%(100-105年)
持續正成長
第3期
民眾對保險套預防性病及愛滋病認知率達90%以上(95年)
76%
78%
第3期
18歲以下青少年發生性行為時，使用保險套比率達80%(95年)
63%
68%
第4期
增加清潔針具計畫可近性(執行點)
928
839
第4期
提高民眾(不含計畫生育者)之保險套使用率
37.2%
37.5%
第5期
年輕人之新增個案成長率下降92%
呈正成長
第5期
男男間性行為新感染者逐年遞減，成長率下降56%
呈大幅正成長
聯合國
愛滋病毒因性傳播病例減少50%(100年宣言至104年)
104年較100年
20.3%
聯合國
愛滋病毒注射藥癮病例減少50%(100年宣言至104年)
104年較100年
-25.9%
※註：1.資料來源，整理各期計畫書與疾管署答復及UNAIDS網站資料(106年4月造訪)。
附表10：UNAIDS之109年防治目標與我國現行實績比較表
UNAIDS及我國第6期
防治計畫109年辦理目標
我國103年實績
1.90%感染者知道自己病況。
2.90%上述者持續服用藥物。
3.90%上項者其病毒量成功被抑制。
使用世界衛生組織估計愛滋病盛行率之軟體，估計我國當年度感染人口為3萬2,000人：
1.我國當年度掌握之存活感染人口為2萬4,073人，占上述估計感染人口之75%。
2.服用抗病毒藥物者1萬7,647人，占推估人口之55%，占上述存活人口數之73%。
3.測不出病毒者1萬5,298人，占推估人口之48%，占上項人口之87%。
※註：1.資料來源，整理疾管署愛滋感染者醫療利用與防治成果報告(103年)。