目前染患HIV/AIDS尚無療癒藥物，須長期使用之雞尾酒療法藥費昂貴及AIDS患者免疫不全，每人醫療單位成本偏高，近因染病存活人數逐年累增，整體醫療費用大幅增加，97年度至105年度分別為15.34億元、18.27億元、21.99億元、25.5億元、29.59億元、33.4億元、34.74億元、35.33億元及40.17億元，98年度至105年度年增率分別為19%、20%、16%、16%、13%、4%、2%及14%，是以僅以第5期防治計畫期間為例，公務預算應支付健保署之醫療費用即高達173.23億元（詳附表17），金額鉅大，非但排擠該計畫其他業務經費，並使該署無力全額支付該項醫療支出（詳附表18）。
附表17：97年至105年HIV/AIDS患者醫療費用說明表
單位：人、新台幣千元
期別—
年度
住院
門診
醫療費
合計
年度
醫療費用實際金額
患者數
藥費
金額
其他醫療金額
醫療費合計
平均每人支出
患者數
藥費金額
其他醫療金額
醫療費
合計
平均每人支出
4—97
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1,534,329
4—98
879
12,710
132,151
144,861
165
13,108
1,749,000
223,000
1,972,000
150
2,116,861
1,827,372
4—99
976
15,105
153,895
169,000
173
14,458
1,865,009
246,991
2,112,000
146
2,281,000
2,198,563
4—100
1,000
16,419
165,581
182,000
182
14,947
2,234,849
276,151
2,511,000
168
2,693,000
2,550,414
5—101
839
12,309
148,691
161,000
192
17,808
2,563,645
304,283
2,867,928
161
3,028,928
2,959,466
5—102
648
9,393
130,199
139,592
215
19,809
2,854,667
365,075
3,219,742
163
3,359,334
3,340,298
5—103
644
8,209
147,434
155,643
242
21,678
2,932,878
407,449
3,340,327
154
3,495,970
3,473,709
5—104
642
7,050
140,340
147,390
230
23,603
3,081,339
439,017
3,520,356
149
3,667,746
3,532,667
5—105
686
7,389
137,662
145,051
211
25,542
3,488,079
489,085
3,977,164
156
4,122,215
4,016,729
※註：1.資料來源，疾管署提供資料。
附表18：疾管署第5期防治期間公務預算應支付愛滋醫療費用說明表
單位：新台幣千元
年度
歲出總額
愛滋防治計畫
醫療費用
金額
年增率
占歲
出比
金額
年增率
占愛滋防治計畫經費比
101
5,480,985
1,937,575
-
35.4%
2,959,466
152.7%
102
5,579,978
1,987,145
2.6%
35.6%
3,340,298
12.9%
168.1%
103
5,757,529
2,182,970
9.9%
37.9%
3,473,709
4.0%
159.1%
104
5,425,160
1,870,280
-14.3%
34.5%
3,532,667
1.7%
188.9%
105
5,624,044
1,868,407
-0.1%
33.2%
4,016,729
13.7%
215.0%
※註：1.資料來源，整理各年度法定預書及疾管署提供資料。