1.疾管署年度預算不敷支付醫療費用，致迄105年底健保欠費逾百億元
依94年1月14日修正之人類免疫缺乏病毒傳染防治及感染者權益保障條例第7條規定，中央政府衛生主管機關須負擔愛滋病之治療費用(自95年起)，查相關治療費用預算由疾管署於該署防治計畫中編列經費支應，惟自97年度起，相關防治經費即不足償付先委任中央健保署給付之數額，累積至105年底欠款數業達106億元(詳附表19)。
2.106年度公務預算改支應第3年起醫療費用之部分負擔數(前2年仍須支付全額)，惟仍編列不足，預計再增欠費
查因該條例修正故自106年2月起，公務預算改支應醫療前2年全額醫療費用及後續之部分負擔經費，疾管署卻因防治計畫經費隨同減少，預計106年度恐再新增欠款約7億餘元，健保新增支付11個月相關支出約30億元，全年醫療費用推估約45億元。
3.全民健保基金目前呈現經營短絀，疾管署未能償付鉅額欠費，嚴重影響其財務健全
全民健康保險基金近年連年發生短絀且預期未來財務更形困窘下，與日俱增之欠費影響該基金財務健全，查中央健保署曾多次就前揭撥付不足數函文疾管署表達：「嚴重影響健保財務，請積極籌措財源支應。」等。
附表19：疾管署公務預算積欠愛滋醫療費用說明表
單位：新台幣千元
期別—
年度
醫療費合計
年度醫療費用
實際金額(A)
累計(年初)
公務預算
欠健保金額(1)
年度新增公務預算
欠健保金額(2)=(A)-(B)
實付數(B)
年底公務預算
欠費餘額
(3)=(1)+(2)
4—96
-
-
-
- 91,275
-
- 91,275
4—97
-
1,534,329
- 91,275
112,005
1,422,324
20,730
4—98
2,116,861
1,827,372
20,730
449,066
1,378,306
469,796
4—99
2,281,000
2,198,563
469,796
275,563
1,923,000
745,359
4—100
2,693,000
2,550,414
745,359
758,274
1,792,140
1,503,633
5—101
3,028,928
2,959,466
1,503,633
1,344,368
1,615,098
2,848,001
5—102
3,359,334
3,340,298
2,848,001
1,666,557
1,673,741
4,514,558
5—103
3,495,970
3,473,709
4,514,558
1,820,543
1,653,166
6,335,101
5—104
3,667,746
3,532,667
6,335,101
1,891,722
1,640,945
8,226,823
5—105
4,122,215
4,016,729
8,226,823
2,385,957
1,630,772
10,612,780
※註：1.資料來源，疾管署提供資料。