依疾管署資料及審計部人員查核結果，地方防疫業務多有不足：
1.地方政府未能妥編經費，中央補助數日減，資源不足影響防治成效：依人類免疫缺乏病毒傳染防治及感染者權益保障條例第2條規定，地方政府係屬相關防疫業務之地方主管機關，負擔地方之相關防疫責任與義務，其主要辦理業務係依疾管署編製之「地方衛生局辦理傳染病防治計畫作業手冊」訂定年度防治策略及計畫，並報送疾管署核定補助經費及須編列相關自籌數等，惟依審計部人員以往查核結果發現，101年度地方政府之愛滋防治經費總數為8,184萬餘元，其中中央委辦補助占比高達76.6%，顯「未能妥籌防疫經費，配合中央防治工作之推動」，再相較第2期計畫書所列86年度至90年度地方經費分別為9,778萬9千元、1億0,770萬4千元、1億1,859萬元、1億3,055萬7千元及1億4,372萬4千元，均遠高於101年度地方政府自編數，於患病人數劇增下，地方編列經費卻較90年規劃數劇減，影響防治業務推展；復查中央政府因財務困窘，近年補助數額日減，101年度至104年度之決算年平均數為4,350萬9千元、105年度決算及106年度預算分別為3,129萬7千元及2,384萬3千元（詳附表20)，防疫資源明顯減少，影響協力防治成效。
2.依衛福部資料，地方主要權責機關為衛生局處等，惟該等機關負擔繁重、人力常不足、復因流動率高使素質參差，又因前揭經費不足等，均使防疫工作受限。
3.另依審計部人員查核結果，尚有：「未能確實依防治工作手冊落實防治作為」情形，包括：藥癮減害計畫辦理成效欠佳、未能落實愛滋個案通報及接觸者之追蹤管理等、未善用愛滋管理系統辦理稽核、地方衛生局及警察局合作及聯繫不足使相關篩檢及減害計畫成效不如預期等。
附表20：疾管署補助與委辦及各地方政府自籌愛滋防疫經費彙總表
單位：新台幣千元
地區
105年度
第5期-(101-105年度)(採無條件進位)
第6期-(106年度)
人口數(萬)
病例數
每10萬人口盛行率
(人/10萬人)
101-104年疾管署委辦傳染病防治
計畫決算數
105年地方政府愛滋防治自籌款
預算數
105年疾管署補助傳染病防治計畫決算數
地方政府
愛滋防治自籌款預算數
疾管署補助預算數
基隆市
372,100
458
123
5,425
238
950
234
749
台北市
2,695,704
4,067
151
18,374
0
0
0
0
新北市
3,979,208
6,605
166
17,470
1,392
3,800
1,118
2,505
桃園市
2,147,763
2,778
129
12,797
1,191
3,394
1,273
3,054
新竹市
437,337
480
110
5,057
317
950
313
752
新竹縣
547,481
377
69
5,393
238
950
211
675
苗栗縣
559,189
222
40
4,143
106
950
0
960
台中市
2,767,239
3,180
115
18,740
1,267
3,599
1,122
2,694
彰化縣
1,287,146
952
74
8,759
595
1,425
286
1,296
南投縣
505,163420
83
5,118
505
950
603
728
雲林縣
694,873
637
92
6,437
168
950
181
824
嘉義市
269,874
121
45
3,360
150
570
150
416
嘉義縣
515,320
284
55
6,768
1,636
1,330
1,456
968
台南市
1,886,033
1,616
86
15,930
950
3,800
852
2,727
高雄市
2,779,371
3,955
142
18,856
1,000
3,800
758
2,500
屏東縣
835,792
854
102
6,471
132
1,330
181
1,026
台東縣
220,802
144
65
3,184
72
617
65
469
花蓮縣
330,911
297
90
3,749
109
618
68
490
宜蘭縣
457,538
329
72
5,315
176
950
195
792
澎湖縣
103,263
21
20
1,732
21
189
16
112
金門縣
135,114
18
13
445
50
80
50
45
連江縣
12,595
0
0
512
11
95
10
61
合計
23,539,816
27,815
118
174,034
10,323
31,297
9,143
23,843
※註：1.資料來源，疾管署提供資料。
2.疾管署人員表達以上地方政方經費部分僅列相關補助自籌款項。