教育部102年度至105年度對公校之補助金額551億餘元至570億餘元，占各年度總補助金額之86.98%至87.59%；對私校各年度補助金額80億餘元至82億餘元，占12.41%至13.02%；以金額觀之，該部對公校之補助約為私校之7倍。

考量公校係政府設置，爰相關補助金額較私校高，進一步排除以師生為補助單位之國立大學基本需求及私立大學校院校務發展計畫，分析邁向頂尖大學計畫(下稱頂大計畫)、獎勵大學教學卓越計畫(下稱獎勵教卓計畫)及發展典範科技大學計畫(下稱典範科計畫)等3項專案性補助顯示，除獎勵教卓計畫外，餘2項計畫補助對象以公校為主，故公校專案補助之總金額仍高於私校：

(一)頂大計畫：各年度補助金額64億餘元至94億餘元，公校占96.63%至97.89%、私校占2.11%至3.37%。

(二)獎勵教卓計畫：各年度補助金額30億餘元至33億餘元，公校占28.47%至30.85%、私校占69.15%至71.53%。

(三)典範科計畫：以技專校院為補助對象，各年度補助金額11億餘元至13億餘元，公校占75.00%至75.38%、私校占24.62%至25.00%。