106年2月5日國內證實第一例H5N6亞型高病原禽流感病毒入侵後，農委會成立緊急應變小組，啟動大範圍管制監測措施並撲殺遭感染之禽場、禽隻；之後台南禽場確診，即通報行政院提升一級成立「禽流感中央災害緊急應變中心」，啟動跨部會合作機制，以共同防堵疫情傳播。謹說明各權責單位防疫措施如下(詳附圖1)：

(一）中央災害應變中心：整合跨部會資源，依疫情現況即時啟動應變機制，協助地方政府執行防疫處置。

(二)農委會：負責禽鳥疫情監測、督導管理禽場落實防治措施、提供符合規定之業者補償金及低利貸款，於疫情嚴竣時宣布採行全國家禽禁宰禁運措施；宣布解除管制時由所屬檢驗單位負責禽隻病毒檢驗工作，平日並辦理教育宣導民眾之禽鳥衛教知識。

(三)其他部會協助事項

1.衛福部：追蹤國內禽類疫情接觸者之健康情形，並查核市場及攤商是否有販售私宰肉品。

2.環保署：加強高潛勢棄置斃死禽重點熱區之巡查、支援垃圾焚化廠處理禽流感事業廢棄物及執行公共區域環境消毒。

3.內政部：所屬警力負責棄置死禽之來源追查、協助違法私宰及違法家禽移動管制及禁運禁宰期間運禽車攔查工作。

4.國防部：動員國軍人力協助搬運動物屍體。

附圖1：中央災害應變中心分工規劃

※註：1.資料來源，行政院農業委員會動植物防疫檢疫局「禽流感資訊專區」。