106年2月起各縣市陸續爆發禽流感疫情後，農委會公告全國鴨隻自2月24日起至5月31日止應經中央動物防疫機關指定之檢驗單位檢驗其家禽流行性感冒為陰性者，並檢附報告始得送往屠宰場；惟執行過程中，地方政府卻頻頻反映人力不足。

根據農委會防檢局106年5月份統計資料，全台(含離島)各縣市22間動物保護防疫處(所)尚不足78名獸醫師；其中連江縣無獸醫師、臺中市及新北市亦分別短缺10名以上，無法發揮防疫所應有功能。洽詢表示因近年來國內動物保護意識高張，各縣市政府抽調近4成以上獸醫師辦理動保相關業務；農委會表示疫情結束後，將審視整體防疫人力結構。揆諸國內禽流感疫情數月未止，倘基層防疫人員不足問題遲未獲解決，恐導致低病原性病毒因處置不當而轉變為高病原性，甚至病原快速傳播，農政主管機關允宜正視衍生之問題。