為因應禽流感對家禽產業衝擊並協助受影響業者辦理重建工作之需，農委會(含所屬)每年度編列預算辦理養畜禽場輔導、購置防疫物資、提供撲殺補償、禁運禁宰補償及調整家禽產業結構等。謹擇要就推動計畫所編列預算問題，說明如下：

(一)預算編列與實際需求未允合，衍生整體計畫資源之配置及運用妥適性問題

農發基金每年度於「家禽流行性感冒防疫計畫」項下編列1億餘元，辦理製播宣導短片、養畜禽場生物安全輔導及購置儲備用家禽用疫苗物資等防疫工作；其中儲備用家禽用疫苗每年購入後均未使用，101年度至104年度累計銷毀6,500萬劑疫苗，103年度購入1,500萬劑疫苗亦已屆效期，合計虛擲4,800萬餘元公帑，迭遭外界批評並經本院審議106年度預算案時決議刪除是項預算。農委會表示經邀集專家學者、產業團體代表等評估後，咸認儲備疫苗已難以發揮原有功能，因此決議階段停止購買儲備緊急防疫用禽流感疫苗。除凸顯防疫決策規劃失當，並排擠防疫人力及撲殺補償費等其他防疫支出，102年度及104年度預算執行後均大幅超支，整體計畫資源之規劃、配置及運用難稱妥適。

(二)近年撲殺補償措施乃常態性業務計畫，每年度預算均未編列，而以申請第二備金或由中央特別統籌分配稅款支應

101年度農委會向行政院申請動支第二預備金，以支應發放因高病原性禽流感確診而撲殺養禽場(不含屠宰場)之撲殺補償費15億6,789萬8千元；104年度及105年度再向行政院申請中央特別統籌分配稅款，支應15億6,789萬8千元撲殺補償費；106年度為提高防疫成效，凡主動通報案例並經確診為H5N6者，農委會提高撲殺補償金為評價額之8成(倘鑑定為其他型禽流感者仍維持6成補償金)，截至106年6月18日止經確診撲殺禽場(不含屠宰場)已達140餘處(場)，且尚有禁運、禁宰補償金統計中，農委會表示金額龐大，擬再向行政院申請第二備金支應。

我國位處候鳥遷徒頻繁區域，按「防範 H5N1、H7N9 及其他新興亞型等高或低病原性禽流感入侵我國，建立完善之監控與防疫體系，以及早因應，有效降低傳染病爆發對社會經濟所造成之整體危害…。」及「增強動植物防疫檢疫與檢驗效能，建立疫情事前預警機制，持續高病原性禽流感防疫與疫情監控…。」乃農委會所屬動植物防疫檢疫局及農業發展基金之施政重點及每年度常態性辦理工作計畫項目，渠等單位卻無編列執行家禽禁宰、禁運及撲殺補償相關經費，每年常態性業務計畫均向行政院申請由第二備金或中央特別統籌分配稅款支應，允非妥適。

(三)白肉雞產業結構調整計畫

因應區域貿易自由化，畜牧產業近年來面臨進口產品（主要為雞肉）及重大動物疫病之影響，加速產業結構轉型以提升競爭力，乃當務之急。106年度「財團法人中央畜產會」於家禽產業結構調整計畫項下編列400萬元辦理白肉雞產業結構調整工作，製作宣導摺頁分送各縣市政府及家禽產業團體，以輔導家禽業者導入非開放式禽舍飼養家禽，並表示視情形赴案例場輔導。鑑於網路及各種資訊管道發達，本計畫金額不多，究能達成多少實質成效令人質疑。另查農業特別收入基金每年度於「調整產業或防範措施計畫」項下編列1~2億元辦理家畜、家禽產業結構調整之輔導工作，二者業務雷同，資源未予統整辦理，難彰顯計畫全貌及成效。