近年來禽流感疫情變化多端，以往候鳥被視為感染源，惟觀之室內養殖場爆發禽流感案例件數不斷攀升，學者憂心病毒已在地化，不斷呼籲政府應公布完整八段病毒基因序列，讓國內風險評估單位可以與國際合作，及早因應未來病毒演變。監察院於104年度糾正文亦指出農委會缺失略以：「…，近年來每年均有禽隻遭受傳染，撲殺之對象為『禽隻』而非『病毒』，應記取殷鑑，防止此次疫情傳染之新型病毒在地化，畜衛所允應建立國內本土禽流感病毒基因庫。…。農委會疫情調查系統未臻完善，對於新型H5N2、H5N3及H5N8亞型HPAI如何傳入國內，究係候鳥或包含走私禽鳥等其他可能因素，以及在不同禽場間，如何透過運輸車輛、機具及人員等共通因素，或透過如何之傳染鏈造成疫情蔓延，均乏科學證據進行專業因果分析、論述及釐清，應予檢討改進。」

據查，農委會家畜衛生試驗所於106年2月4日公布新型H5N2、新型H5N3及H5N8亞型禽流感病毒8段基因核酸列序列，資訊置於防檢局禽流感資訊專區；2月15日上傳八段基因之序列至GISAID全球禽流感基因庫，以做為OFFLU與世界衛生組織（WHO）召開疫苗組成會議（Vaccine Composition Meeting）討論疫苗株選擇與發展之參考。 惟後續未持續釋出最新資訊，由於禽流感已全球化，日、韓及已出現禽傳人病例之中國大陸，皆頻繁更新病毒序列公開資料；我國亦屬同一候鳥遷徒區，倘以人力物力為由未即時將最新病毒序列資料置於公開資料庫，將不利各國隨時掌握病毒重組狀況及來源，恐形成國際防疫漏洞。