行政院雖訂有「中央政府附屬單位預算執行要點」以管控國營事業之預算執行，要求各基金核實編造分期實施計畫及收支估計表陳報主管機關核定；惟固定資產建設改良擴充之專案計畫中，截至106年4月底之預算執行情形，存有執行率較低等疑義（詳附表3），說明如下：
(一)計畫期間已過，尚未執行完畢而保留繼續執行者：例如台灣自來水公司「無自來水地區供水改善計畫(101-105年)」，計畫期間至105年12月，截至106年4月底累計執行9.35億元，投資總額16.79億元之55.69%，其預算保留以後年度繼續執行。
(二)計畫期間將於106年度或107年度屆期，而累計執行數相較於累計預算數或投資總額之比率相對較低者：例如台灣電力公司「大潭電廠增建燃氣複循環機組發電計畫之第7號機組-第一階段燃氣單循環機組」投資總額95億元，計畫預計於106年12月完工，惟截至106年4月底計畫累計執行數占投資總額比率23.51%。台灣自來水公司「板新地區供水改善計畫二期」投資總額120.18億元，預計106年6月完工，惟截至106年4月底計畫累計執行數占投資總額比率33.47%。
(三)因執行率較低而需修正計畫調整投資總額或展延工期，甚至申請緩辦或停辦者：例如台灣中油公司「M9504煉製事業部桃園廠第三重油加氫脫硫工場投資計畫」投資總額384.62億元，原應於104年6月完工，惟計畫期間已過仍持續緩辦中。台灣電力公司「彰工火力第一、二號機發電計畫」投資總額505.20億元，原訂102年12月完工，惟因環評等因素，106年核定停辦。
附表3：106年度專案計畫預算執行情形偏低概況表
單位：新臺幣億元；%
事業別
計畫名稱
投資總額(A)
計畫期間
截至106年度累計預算數(B)
截至106年4月累計執行數(C)
截至106年4月累計執行數占截至106年度累計預算數%(C/B)
截至106年4月累計執行數占投資總額%(C/A)
備註
台灣中油公司
M9504煉製事業部桃園廠第三重油加氫脫硫工場投資計畫
384.62
95.01-
104.06
13.62
4.29
31.50%
1.12%
105年申請第4次緩辦。
M10001煉製事業部大林廠蒸餾暨相關工場更新投資計畫
205.02
100.07-
106.11
204.95
130.84
63.84%
63.82%
106年3月展延工期至106年11月，節餘款2億元(106年5月月報表達)。
L10101天然氣事業部台中廠二期投資計畫
184.82
101.07-
107.12
156.96
86.88
55.35%
47.01%
M10101煉製事業部大林廠第三重油加氫脫硫工場產能提升投資計畫
45.34
101.07-
106.03
45.34
35.27
77.79%
77.79%
103年展延工期至106年3月。(106年4月月報列報節餘款3.10億元)
台灣電力公司
彰工火力第一、二號機發電計畫
505.20
94.01-
102.12
0.57
0.07
12.28%
0.01%
行政院102年1月核定緩辦4年(因環評審查通過時程未定)、106年1月核定停辦(因經濟部駁回開發行為許可之申請)。
深澳電廠更新擴建計畫
580.46
95.01-
103.12
11.39
10.21
89.64%
1.76%
行政院103年10月核定緩辦2年，106年重新修正計畫報核中。
大甲溪發電廠青山分廠復建計畫
173.34
97.07-
105.12
149.12
148.33
99.47%
85.57%
預算保留繼續執行。
澎湖低碳島風力發電計畫
27.55
102.01-
108.06
14.12
9.30
65.86%
33.76%
台中發電廠第2階段煤灰填海工程計畫
79.26
99.07-
105.12
1.92
1.53
79.69%
1.93%
經濟部105年9月核定再緩辦2年(因環境差異分析作業等因素)。大潭電廠增建燃氣複循環機組發電計畫之第7號機組-第一階段燃氣單循環機組
95.00
105.11-
106.12
94.66
22.33
23.59%
23.51%
106年4月由原「大潭燃氣單循環緊急發電計畫」更名。
台灣自來水公司
板新地區供水改善計畫二期
120.18
93.01-
106.06
54.29
40.22
74.08%
33.47%
101年已第2次修正計畫展延至106年6月(106年5月間核定展延)。
穩定供水設施及幹管改善
83.66
95.01-
104.12
71.71
71.56
99.79%
85.54%
預算保留繼續執行。
離島地區供水改善計畫-馬公增建4,000噸海水淡化廠
11.38
100.01-
107.12
11.53
5.77
50.04%
50.70%
106年2月第3次修正計畫總額與期間。
加速辦理降低自來水漏水率及穩定供水計畫
166.54
98.01-
104.12
136.63
136.63
100.00%
82.04%
預算保留繼續執行。
高屏地區原有水井抽水量復抽工程
14.20
100.01-
105.05
10.98
9.35
85.15%
65.85%
預算保留繼續執行。
水庫設施更新改善計畫
44.66
100.01-
107.12
34.48
26.40
76.57%
59.11%
調度及備援系統提升計畫
20.64
100.01-
105.12
18.18
17.89
98.40%
86.68%
預算保留繼續執行。
湖山水庫下游自來水工程計畫
130.00
101.01-
106.06
130.00
81.65
62.81%
62.81%
大肚、龍井高地區一帶供水計畫
7.86
100.01-
107.12
6.94
2.83
40.78%
36.01%
豐原場新設初沉池工程(食水嵙溪右岸)
7.99
101.01-
107.12
5.52
4.20
76.09%
52.57%
無自來水地區供水改善計畫(101-105年)
16.79
101.01-
105.12
12.66
9.35
73.85%
55.69%
預算保留繼續執行。
大安大甲溪水源聯合運用輸水工程計畫-大甲溪輸水管路及周邊自來水幹管埋設工程
16.00
102.01-
106.12
0.22
-
0.00%
0.00%
經濟部105年3月核定緩辦。
蘭潭淨水場擴建工程計畫
2.76
105.01-
107.12
1.19
0.47
39.50%
17.03%
中華郵政公司
自動化機器設備購置計畫
7.13
102.01-
106.12
7.08
4.24
59.89%
59.47%
臺灣港務公司
台中港優質港區及綠色港埠發展建設計畫
32.10
101.01-
105.12
32.10
21.11
65.76%
65.76%
預算保留繼續執行。
桃園國際機場公司
臺灣桃園國際機場WC滑行道遷建及雙線化工程計畫
36.08
103.01-
106.12
24.30
14.54
59.84%
40.30%
修正展延至107年。
第二航廈擴建工程
20.47
104.01-
106.12
10.00
5.64
56.40%
27.55%
修正展延至108年。
※註：1.資料來源，106年5月間各事業填列截至106年4月底執行表，本中心彙整。
2.表內投資總額、計畫期間、累計預算數、累計執行數，係106年5月間調查各事業固定資產建設改良擴充計畫預算編列與執行統計，按各事業所填106年度計畫截至4月底執行情形，可能與106年度預算案所列有差異，部分原因係計畫修正。