由101年度至106年度中央政府規費總收入觀之(詳附表8)，101年度專款專用規費實際收入368.37億元，占中央政府規費總收入比率38.47﹪，至105年度已增為412.51億元、40.86﹪，106年度預估403.05億元、40.95﹪，約4成中央政府規費收入係納入非營業基金專款專用。
(一)專款專用分配問題
非營業基金之規費收入，多以專款專用方式運用，惟其分配方式仍存有爭議，例如機場服務費係依「出境航空旅客機場服務費收費及作業辦法」規定，由航空公司對出國民眾隨機票代收 (2 歲以下免付)，並自104年4月29日起由每人300元調高為500 元。然由機場服務費101年度至105年度實際分配情形觀之(詳附表9)， 超過半數機場服務費係分配於觀光發展基金，作為國內各國家風景特定區提供服務所用。換言之，出境旅客未必使用國內各國家風景特定區所提供服務，卻要求共同分擔風景特定區相關費用，恐有違使用者付費與成本回收原則。而隨機場服務費調高，但服務品質卻未調升，尤以近來桃園國際機場遭逢大雨淹水、漏水等負面新聞，機場服務費分配方式恐易引發爭議。
附表8：101年度至106年度統收統支及專款專用規費收入統計表
單位：新臺幣千元
年度
統收統支
專款專用
合計數
金額
比率
金額
比率
101
58,925,063
61.53%
36,837,842
38.47%
95,762,905
102
57,135,276
60.57%
37,195,274
39.43%
94,330,550
103
59,889,744
61.52%
37,463,311
38.48%
97,353,055
104
63,728,720
61.84%
39,331,248
38.16%
103,059,968
105
59,696,686
59.14%
41,251,002
40.86%
100,947,688
106
58,116,422
59.05%
40,305,014
40.95%
98,421,436
※註：1.資料來源，各單位提供，本報告彙整。
2.101年度至105年度為決算數，106年度統收統支為法定預算數，專款專用為預算案數。
附表9：101年度至105年度機場服務費收取及分配明細統計表
單位：新臺幣千元
年度
收取
分配
人次
單價
金額
觀光發展基金
民航基金
桃園國際機場公司
合計
101
16,315,042
300
4,894,513
2,936,708
411,032
1,546,773
4,894,513
102
17,908,266
300
5,372,480
3,223,514
448,881
1,700,111
5,372,506
103
20,261,335
300
6,078,401
3,647,040
534,324
1,897,036
6,078,400
104
9,193,824
300
2,758,147
4,782,307
250,114
917,827
9,142,349
12,768,402
500
6,384,201
730,793
2,461,308
105
44,413
300
13,324
5,889,281
823
5,839
11,775,271
23,517,311
500
11,758,656
1,251,590
4,627,738
※註：1.資料來源，交通部提供，本報告彙整。
2.據交通部表示，101年度至105年度之分配數係依決算數查填，與收取數存有尾差及分配時間點差異。
3.機場服務費分配方式，係依「國際機場園區發展條例施行細則」第7條規定辦理，於104年4月29日修正發布「出境航空旅客機場服務費收費及作業辦法」時，同時調整觀光基金與機場公司之分配比例，由60%：40%調整為各占50%。而民航局所屬航空站分配比例，則依行政院104年2月4日院臺交字第1040005084號函核示辦理。
4.機場公司分配之服務費除臺灣桃園國際機場公司為國營事業而獨立分配外，其餘如臺北國際航空站(松山機場)、臺中國際航空站(清泉崗機場)、臺南國際航空站(臺南機場)及高雄國際航空站(小港機場)等所分配之服務費皆納入民航基金。
5.據交通部表示，機場服務費雖自104年4月29日起由每人300元調高為500 元，然航空公司販售之機位年票使用期限為一年，致105年度仍有部分300元機場服務費之分配。
(二) 部分專款專用基金之整體營運效能仍待改善
規費收入統收統支有利於歲入穩定和國庫資金調度，並可將收入分配於最迫切需要之處。專款專用優點則為收支緊密相關，可抑制支出擴張，並使民眾瞭解規費之用途，減少抗拒繳納規費。此外，公務預算受限公共債務法舉債上限之規定，基金則可靈活操作，然若基金營運績效不佳或閒置資金龐鉅，實不利國家整體資源配置與運用。
有關前揭16個規費專款專用之非營業基金營運及財務運用效能，由最近2年度(103-104)審計部中央政府總決算審核報告觀之，國道基金、航港建設基金、水資源作業基金、文化作業基金、產業園區開發管理基金、觀光發展基金、就業安定基金、考選業務基金、農業生物科技園區作業基金等9個基金皆列有營運缺失(詳附表10)，此9個基金105年度規費收入合計323億0,516萬9千元，占該年度專款專用規費收入78.31﹪，專款專用規費收入之運用效能仍待改善。
附表10：部分規費專款專用之非營業基金103年度及104年度審計部中央政府總決算審核報告所載之營運缺失統計表
項目
營運缺失摘要
104年度
整體
1.非營業特種基金數量與模逐年擴增，部分基金雖已檢討整併或裁撤，惟未研訂具體作業期程(甲-63)
2.部分非營業特種基金計畫項目執行率未達3成(航港建設基金及水資源作業基金，甲-65頁)
國道基金
1.國道電子計程收費制度對國道基金之財務挹注仍有不足，亟待通盤檢討費率方案，以維持基金永續發展(乙-437)
2.通行費之清理成效有限，尚待研改善機制(乙-438)
文化作業基金
1.辦理國家文化設施升級計畫，具體展現我國多元文化精髓，惟計畫執行未臻周妥，且基金設立尚乏法源，亟待檢討妥處(乙-639)
103年度
整體
部分非營業特種基金債務餘額仍屬龐鉅，財務負擔沉重(國道公路建設管理基金，甲-62)
部分非營業特種基金被占用或閒置不動產面積乃龐鉅(航港建設基金，甲-63)
部分非營業特種基金辦理逾期欠款債權催收及帳務處理作業，仍有未臻周妥情事(產業園區開發管理基金，甲-63)
國道採行計程電子收費後，相關監督管理機制未盡周妥(國道公路建設管理基金，甲-64)
基金辦理產業政策性專案貸款計畫，間有貸放成效欠佳，管考作業亦未臻周妥（觀光發展基金、就業安定基金，乙-81)
考選業務基金
基金虧損情形已有改善，惟基金相關試務收入仍不敷支應支出，致發生業務短絀，亟待持續研謀善策因應(乙-99)
國道基金
1.國道高速公路車輛通行資料之監督管理，僅採隨機或事後查核模式，尚乏國際通用主動同步即時監控機制，正確性及安全性存有疑慮，有強化監理品質(乙-354)
2.民眾繳納之通行費預儲金及補繳之欠費，部分未直接存入政府之信託帳戶，金流控制未盡妥適(乙-354)
3.國道肇事案件及傷亡人數呈成長趨勢，又重型輛肇事比率及嚴重性有偏高情事，亟待分析肇事原因並強化各項管制作為，以提升行車安全(乙-355)
4.國道各路段環境及車流特性不同，致事故特性各異，允宜結合地理空間料庫建立分析系統，針對轄區內事故密集路段，分析肇事原因並強化防制作為，減少國道事故衍生之社會成本(乙-356)
航港建設基金
商港服務費之收取作業未臻完善，亟待檢討改善，以確保基金權益(乙-359)
農業生物科技園區作業基金
農委會配合自由經濟示範區計畫，選定屏東農業生物科技園區推動農業加值及農業轉型升級，惟對園區進駐廠商之輔導管理規範仍未臻完備，亟待審慎檢討建置，以提升示範區之經濟產值(乙-432)
※註：1.資料來源，各年中央政府總決算審核報告-決算審核結果重要審核意見，本報告彙整。