(一) 大多數業務主管機關對規費徵收未依規定定期檢討
依規費法第11條規定：「規費之收費基準，業務主管機關應考量下列情形，定期檢討：一、辦理費用或成本變動趨勢。二、消費者物價指數變動情形。三、其他影響因素。」、「前項定期檢討，每三年至少應辦理一次」。然由各機關提供資料顯示(詳附表11)，現行29個業務主管機關計訂立367項相關規費收費基準，其中以內政部主管66項最多，其次為農委會45項、經濟部42項。然367項收費基準中，落實規費法第11條規定定期檢討者僅有29項，除僑務委員會與金管會外，大多數機關皆未依規定定期檢討。截至106年3月底，已逾3年未定期檢討收費基準仍有85項(詳附錄1)，分屬國立故宮博物院(下稱故宮)、國家發展委員會（下稱國發會）等16機關，其中以交通部15項最多，其次為農委會14項、內政部11項。此外，中央規費主管機關財政部亦有3項，而作為各機關資料使用收費參考基準之國發會檔案閱覽抄錄複製收費標準亦已逾3年未檢討。
附表11：各機關現行主管規費之收費基準，依規費法第10條及第11條規定辦理情形統計表
機關名稱
主管規費收費基準數量
依規定定期檢討
截至106年3月底，已逾3年未定期檢討
未經財政部同意且未送立法院備查
經財政部同意，但未送立法院備查
總統府主管
5
1
0
0
0
主計總處
1
0
0
0
0
國立故宮博物院
3
0
1
0
0
國家發展委員會
2
0
1
0
0
客家委員會
3
2
0
0
0
原住民族委員會
1
0
0
0
0
國家通訊傳播委員會
18
1
9
0
0
大陸委員會
1
0
1
0
0
公共工程委員會
5
0
0
0
0
司法院主管
3
0
1
1
0
考試院主管
5
1
2
0
0
內政部主管
66
6
11
15
10
外交部主管
4
0
0
0
0
國防部主管
1
0
-
1
0
財政部主管
7
0
3
0
0
教育部主管
27
4
7
11
0
法務部主管
6
0
1
0
0
經濟部主管
42
4
3
4
4
交通部主管
36
0
15
1
4
勞動部主管
6
1
0
0
0
僑務委員會主管
1
1
0
0
0
原子能委員會主管
7
0
1
0
0
農業委員會主管
45
1
14
7
8
衛生福利部主管
25
2
8
0
0
環境保護署主管
15
1
7
1
1
文化部主管
27
2
0
2
6
科技部主管
0
0
0
0
0
金融監督管理委員會主管
1
1
0
0
0
國軍退除役官兵輔導委員會主管
4
1
0
0
0
合計
367
29
85
43
33
※註：1.資料來源，各單位提供，本報告彙整。
2.規費收費基準係以各機關所訂立收費基準行政命令為統計單位,一項標準可能包含數項規費，例如行政院原子能委員會核能研究所規費收費標準之收費項目包含241項。
3.據科技部表示，現行係依環保署和經濟部所訂立相關規費收費基準計收規費，該部並無主管相關收費基準。
(二)部分機關收費基準未依規定經財政部同意及送立法院備查
依規費法第10條第1項規定：「業務主管機關應依下列原則，訂定或調整規費基準，並檢附成本資料，洽商該級政府規費主管機同意，並送該級民意機備查公告之…。」另據財政部於92年2月11日「研商規費法徵收規定相關事宜」會議對有關規費法施行前已開徵規費所作成二項決議：一、所收取之規費係依據法律或法規命令之規定辦理，且其收費基準已報奉核定或核備有案者，仍照案實施，至檢討調整時，再依規定辦理；二、所收取之規費非依據法律或法規命令規定徵收，或收費基準未報奉核定或核備在案者，仍應依規定辦理。
依各機關提供資料顯示，計有司法院及內政部等9個機關（詳附表11）之43項收費基準(詳附錄2)未經財政部同意且未送立法院備查，其中以內政部15項最多，其次為教育部11項及農委會7項，大多數為規費法施行前已開徵，而未依前揭規定程序辦理。此外，內政部及經濟部等6機關所主管之33項收費標準，雖依規定報經財政部同意，卻未送立法院備查，其中以內政部10項最高，其次為農委會8項與文化部6項。
(三)部分機關現行辦理業務，仍存有應收而未徵收之規費
依各機關所提供資料，現行辦理各項業務，仍有依規費法第7條及第8條規定應徵收而未徵收之規費，包括交通部主管之國道橫向通行費、車輛型式安全審驗合格證書及檢測機構認可證書費；原住民族委員會之原住民族工藝精品、語言能力審查及認證相關費用；及勞動部依職業安全衛生法規定辦理監測機構、醫療機構、安全衛生教育訓練單位、顧問服務機構之認可等相關費用（詳附表12）。
附表12：截至106年3月底，各機關依規費法第7條及第8條規定應徵收而未徵收之規費之統計表
單位
辦理業務內容
所屬規費別
未徵收之原因
國道基金
橫向國道通行費
道路使用費
橫向國道於計次收費階段因未達設站距離等因素，故不納入收費。實施計程收費後，因考量該國道係作為國道1號、3號之轉向連絡道路外，同時兼負偏鄉地區對外主要聯絡幹線之功能(如旗山、國姓等)，且因該地區公共運輸服務相對縱向國道較為不足，目前亦無適當之替代性道路，故基於城鄉發展需要，現階段暫不考量將橫向國道納入收費。
目前仍持續蒐集相關交通資料，待公共運輸達一定服務水準後再予整體評估。
公路總局
車輛型式安全審驗合格證書及檢測機構認可證書
證照費
已規劃自106年第4季起開徵
原住民族委員會
依「行政院原住民族委員會原住民族工藝精品認證作業要點」、「行政院原住民族委員會原住民族工藝師甄選作業要點」及「原住民族工藝師及工藝精品標章管理須知」規定辦理工藝精品及工藝師之審查、授予證書、標章，以及辦理標章使用期限展延之審查、頒與授權證書等事項，及依「原住民族語言能力認證辦法」授予族語能力認證合格者證明書等事項。
行政規費
財政部103年5月訪查該會發現並於103年11月25日以台財庫字第10303769230號函請該機關依規費法收費。
勞動部職業安全衛生署
依「職業安全衛生法」規定辦理監測機構、醫療機構、安全衛生教育訓練單位、顧問服務機構之認可，以及職業安全衛生管理系統績效認可等事項。
行政規費
財政部105年4月訪查該署發現並於105年11月21日以台財庫字第10503770340號函請該機關依規費法收費。
※註：1.資料來源，財政部及各單位提供(僅交通部有填列)，本報告彙整。
(四)中央政府各業務主管機關對所屬單位遵循規費法之行政監督流於形式
依規費法第21條第2項規定：「各機關學校違反第7條或第8條規定有應徵收之規費而不徵收，或違反第11條規定未定期檢討者，經各該上級主管機關限期通知其改正；屆期未改正者，得對該機關學校首長予以懲處。」然前揭各機關未定期檢討及應徵收而未徵收規費等諸多未符規費法規定之情事，僅內政部及原能會曾各1次函請所屬單位限期改正 （詳附表13），各業務主管機關對所屬單位遵循規費法之行政監督顯流於形式，仍存有應收未收或收費不合理之問題。
附表13：自91年規費法施行以來，中央政府各業務主管機關依規費法第21條第2項規定對所屬單位之行政監督統計表
主管機關別
所屬單位別
限期通知其改正
對其首長予以懲處
日期及文號
違反規定
結果
內政部
戶政司
102年09月30日
台財庫字第10203739900號
規費法第11條第2項未定期檢討者
已立即檢討於102年10月14日台內戶字第1020322168號函回復財政部
無
行政院原子能委員會
核能研究所
105年5月19日會計字第1050006984號函104年6月起即開始進行2百餘項收費項目清查檢核。已於106年3月14修正發布
無
※註：1.資料來源，各單位提供(僅內政部及原能會有填列)，本報告彙整。