依規費法第12條及第13條分別規定業務主管機關及規費主管機關得免徵、減徵或停徵應徵收之規費，據財政部表示，並無依第13條規定予以免徵、減徵或停徵案件，惟曾於97年依該規定函釋各機關學校員工停車使用費減、免徵原則。另由各機關所提供現行規費相關免徵、減徵或停徵優惠措施觀之（詳附錄3），大部分優惠措施並未明定優惠之適用期間，係隨收費基準施行期間長久予以減免，復以前述大多數機關並未定期檢討規費之收費基準，相關減、免徵與停徵之適用期間、範圍及對象之合理性與公平性仍待商榷，說明如下：
(一)大部分機關並未統計規費收入減、免、停徵優惠措施之數量及金額，恐難評估(檢討)優惠措施之效益及適當性
由各機關提供資料顯示，大多數機關並未統計規費減、免徵優惠措施之數量及金額，如通傳會、財政部、農委會、衛福部、教育部社教機構作業基金之國立自然科學博物館、國立科學工藝博物館等，恐難評估(檢討)優惠措施之效益及適當性。
另由提供統計數據機關之近3(103-105)年度減、免、停徵次數及金額觀之（詳附表14），公務預算統收統支優惠金額103年度尚僅6億6,175萬3千元，至 105年度已增為10億9,563萬6千元，優惠規模呈逐年擴大趨勢。由個別機關105年度規費減、免、停徵觀之，數量以故宮減免25萬8,948人次參觀門票最多，金額則以內政部測量儀器校正服務、軟體授權使用費、圖文掃描服務免徵9億6,118萬7千元最高。
非營業基金專款專用部分，優惠金額由103年度之13億5,705萬6千元，減為105年度之10億5,616萬5千元，主要係占比超過8成之國道通行費免、停徵優惠呈逐年減少所致，然個別基金如考選業務基金、社教機構作業基金及水資源作業基金之減免優惠金額皆呈擴大趨勢。
(二) 部分機關減、免、停徵優惠措施，非以規費法及其他法律已明定者為限
依財政部92年3月31函釋，有關免徵、減徵或停徵規費，仍應以規費法及其他法律已明定者為限。惟部分機關對軍、警優惠(如原住民族委員會原住民族文化發展中心門票、教育部國立自然科學博物館、陽明山中山樓參觀門票、農委會水產試驗所台東分所水族生態展示館門票、文化部國立臺灣博物館門票等)、對設籍當地民眾優惠（如故宮南院對設籍嘉義縣、市民眾限期免費參觀、內政部對試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航入出境許可證件規費免收、農委會水產試驗所台東分所水族生態展示館對台東縣成功鎮鎮民免費等）、對其他特定對象優惠（如農委會水產試驗所台東分所水族生態展示館有導遊證人員免費、國立臺灣交響樂團演奏廳對藝文團體、團員及臺中市霧峰區國民中、小學使用場地費減免等）與前揭規定未符，部分業務主管雖援引規費法第12條第1款規定，以辦理業務或教育宣導為由，惟宣導應有期限，長久給予部分未依法律明定身分別優惠，恐使規費優惠範圍及對象面臨不合理擴大風險。
(三) 部分機關對身分別優惠之適用對象範圍，存有差異
按各機關規費收入免徵、減徵或停徵優惠措施，以規費法第12條第5款老人、身心障礙者、低收入戶、學生證明身分及第7款參照兒童及少年福利與權益保障法第33條提供兒童等身分別之優惠最常見，惟同一業務主管機關對身分別優惠之適用對象範圍，存有差異。以對兒童之門票優惠為例，大多數機關針對「6歲以下兒童」給予免費優惠，惟農委會水產試驗所台東分所水族生態展示館則以「身高110公分以下幼童」免費；另特有生研究保育中心則以「未就讀小學前之兒童」為免費標準，與其臺灣蠶蜂昆蟲教育園區及屏東農業生物技術園區籌備處亞太水族中心觀賞水族動物展示廳以「6歲以下兒童」免費之標準存有差異。
此外，學生身分證明文件係105年5月25日修正規費法第12條時所新增，惟隨著教育多元化，在職進修普遍，僅以學生證明文件作為規費減、免徵優惠條件，恐難謂合理或符合善用國家資源培育學子之初衷，可參酌國外博物館併入年齡限制之優惠措施。
附表14：103年度至105年度中央政府規費減、免徵或停徵統計表
單位：次；人；本；新臺幣千元
機關
規費名稱
減、免或停徵
103年度
104年度
105年度
次數
金額
次數
金額
次數
金額
中研院
公用儀器設施、場地設備使用及研究服務
減免
187
4,822
293
12,890
330
13,396
考試院
考試及格證書費
免徵
989
169
330
165
360
180
國發會
檔案閱覽抄錄複製收費標準
免徵
28
41
2626
28
34
客委會
場地設施使用費
免徵
1
10
4
64
9
122
故宮
參觀門票
減免
0
0
110,963
11,096
258,948
4,506
內政部
測量儀器校正服務、軟體授權使用費、圖文掃描服務
減徵
-
-
-
-
3
237
免徵
489
603,074
976
767,459
2,890
961,187
戶口統計資料使用費
減徵
4
14
9
31
4
12
免徵
32
32
19
29
20
21
環境敏感地區查詢費用
免徵
-
-
-
-
16
0
臺灣警察專科學校場地設施使用規費
免徵
2
103
5
388
3
193
臺灣警察專科學校招生考試規費
停徵
13,195
660
13,830
692
15,193
760
入出國及移民許可證費
免徵
1
0.4
0
0
2
0.8
外交部
中華民國普通護照規費
免徵
1,507
無
1,568
無
1,594
無
教育部
公費留學考試報名費
免徵
3
3
6
6
7
7
留學獎學金報名費
免徵
0
0
3
3
3
3
對外華語教學能力認證考試報名費
免徵
2
3
3
3
6
10
閩南語語言能力認證考試報名費
減徵
994
99
1,127
113
1,576
158
身心障礙學生升學大專校院甄試報名費
免徵
251
193
266
196
263
189
法務部
場地設施使用費
免徵
1
4
1
11
3
34
服務費
免徵
68
900
67
756
72
798
經濟部
預查審查費之
減免
4,176
752
4,037
722
4,566
794
登記費
免徵
-
-
-
-
73,039
73,039
辦理臺灣製MIT微笑產品驗證規費收入
免徵
4,664
899
4,664
882
4,664
791
經濟部水利署提供水文資訊費
減徵
19
121
9
28
11
64
發明專利各項申請費
減徵
27,634
18,129
31,051
20,871
39,269
9,074
專利許可費
減免
29,365
23,492
28,570
22,856
27,708
22,166
專利資料使用費
減半
10
794
11
1,103
許可費(礦業權費)
核減
71
5,866
104
6,236
93
5,723
文化部
國立彰化生活美學館場地使用要點
免徵9
80
8
115
10
188
國立臺南生活美學館場地使用規費收費標準
免徵
106
731
96
667
97
709
國立臺灣博物館
- 門票
半票
67,362
757
93,997
1,300
81,030
1,175
免票
226,843
-
234,620
-
258,437
-
- 設備使用費
免徵
6
5
3
3
15
65
- 審查費
免徵
-
-
-
-
11
-
公務預算統收統支合計
378,019
661,753
526,666
848,711
770,280
1,095,636
考選業務基金
公務人員考試報名費
免徵
294,326
1,573
328,724
2,085
339,600
2,137
國道基金
國道通行費
免徵
441,319,826
655,334
436,455,299
648,089
429,929,454
638,445
停徵
402,258,454
495,931
306,800,858
373,072
323,601,364
392,957
民航基金
國內航線降落費
免徵
-
184,261
-
151,319
-
-
文化機構作業基金
國立國父紀念館規費收費標準
減徵
1
516
1
355
1
490
免徵
1
584
1
613
1
685
社教機構作業基金
國立臺灣科學教育館門票
優惠
287,812
18,839
320,589
21,986
341,105
21,377
金融監督管理基金
證照費
免繳
0
0
1
1
0
0
登記費
免繳
0
0
1
2
0
0
水資源作業基金
場地使用費
免徵
8
17
7
26
7
74
非營業基金專款專用合計
844,160,428
1,357,056
743,905,481
1,197,546
754,211,532
1,056,165
※註：1.資料來源，各單位提供，本報告彙整。
2.據交通部表示，免徵通行費係指公務車、國道客運及國軍車輛。停徵通行費係指國道連續假期及重大民俗節日實施交通管理措施之暫停收費政策。