87年度中央政府設有非營業特種基金108單位(含分預算74單位)，嗣後或由公務移入、依法設立、配合政策新設、精省接收、檢討整併性質相近或業務單純規模過小之基金等因素而有所增減，除於88年下半年及89年度配合精省作業、各國立大專院校分別單獨設立校務基金，致設立數量驟增外，餘各年度變動不大，惟仍以增加者為多數，截至106年度非營業特種基金數量已高達208單位(含分預算102單位)，顯示近20年非營業特種基金之數量大幅增加100單位(增幅達92.59%)，其中附屬單位預算及其分預算各增加72單位及28單位(詳附表2-1、附圖1)。
附表2-1：87年度至106年度非營業特種基金設置數量一覽表
預算年度
非營業特種基金數量
附屬單位預算
附屬單位預算分預算
合計
較前一年度
增減
87
34
74
108
-
88
30
80
110
+2
88下及89
98
84
182
+72
90
97
91
188
+6
91
97
89
186
-2
92
97
86
183
-3
93
98
82
180
-3
94
97
76
173
-7
95
95
80
175
+2
96
98
83
181
+6
97
100
84
184
+3
98
100
84
184
0
99
105
88
193
+9
100
105
101
206
+13
101
105
100
205
-1
102
105
99
204
-1
103
105
93
198
-6
104
105
94
199
+1
105
105
99
204
+5
106
106
102
208
+4
※註：1.資料來源，整理自各年度中央政府總預算案附屬單位預算及綜計表(非營業部分)、行政院主計總處基金預算處(2014年5月，「強化特種基金設置及管理」，主計月刊第701期，第24頁)。
附圖1：87年度至106年度非營業特種基金設置數量及趨勢圖
※註：1.資料來源，依附表2-1繪製。
又以年度編製附屬單位預算之非營業特種基金觀之，106年度計有106單位，較105年度增加1單位，其中作業基金79單位、債務基金1單位、特別收入基金25單位及資本計畫基金1單位；如以設置依據來區分，依法律規定設置者計88單位(占比83.02%)，而依行政命令設置者有18單位(詳附表2-2)。另其所轄編製分預算之非營業特種基金計有102單位，較105年度增加3單位。
附表2-2：106年度編製附屬單位預算之非營業特種基金設置依據概況表
主管機關別
依法律規定設置
依行政命令設置
小計
行政院
5
0
5
內政部
4
1
5
國防部
1
2
3
財政部
1
2
3
經濟部
4
1
5
教育部
52
6
58
衛生福利部
3
2
5
其他府院部會
18
4
22
合 計
88
18
106
※註：1.資料來源，整理自黃厚輯(2015年10月，「中央政府非營業特種基金整併及裁撤之檢討」，主計月刊第718期，第10頁)、104年度至106年度新設與整併裁撤之非營業特種基金預算書等資料。