按中央政府總預算案附屬單位預算非營業部分，自90年度起因未併同單位預算進行審查，皆未能於法定期限內完成審議，少則延遲6個月以上，甚者如102年度並未審竣，106年度部分，迄至106年7月底止亦仍未完成審議程序。謹析述如下：
(一)附屬單位預算依法應比照總預算案於會計年度開始前1個月完成審議
按中華民國憲法第63條規定：「立法院有議決法律案、預算案、戒嚴案、大赦案、宣戰案、媾和案、條約案及國家其他重要事項之權。」審議預算乃本院之法定職權，且依預算法第51條規定：「總預算案應於會計年度開始1個月前由立法院議決，並於會計年度開始15日前由總統公布之；預算中有應守秘密之部分，不予公布。」及同法第90條規定：「附屬單位預算之編製、審議及執行，本章未規定者，準用本法其他各章之有關規定。」可悉附屬單位預算應比照總預算案於會計年度開始前1個月由本院議決，亦即本院依法應於每年11月底前完成中央政府總預算案(含附屬單位預算)之審議事宜。
又依預算法第45條及第46條之規定，行政院主計總處應就各非營業部分之附屬單位預算，彙案編成綜計表，隨同中央政府總預算案，提報行政院會議通過後，送請本院審議。以行政院於105年8月31日函請本院審議之「106年度年度中央政府總預算案(含附屬單位預算及綜計表─營業及非營業部分)」為例，計附送7項書件資料，包括：1.總說明及主要附表壹冊。2.歲出機關別預算表壹冊。3.歲入來源別歲出政事別預算表及參考表壹冊。4.外交國防機密歲出政事別機關別預算表及相關參考表壹冊。5.附屬單位預算及綜計表－營業部分壹冊。6.附屬單位預算及綜計表－非營業部分壹冊。7.行政院年度施政計畫。
(二)附屬單位預算非營業部分，原依例併同單位預算案進行審查工作，惟自90年度起，改為比照營業部分另行獨立審查
90年度以前中央政府總預算案附屬單位預算非營業部分，原依例併同單位預算案審查，據本院89年12月27日、29日及30日總預算協商結論，關於「90年度中央政府總預算案及附屬單位預算及綜計表(非營業部分)案審查案」之決定事項，自此開始改為比照營業部分另行獨立審查，其後各年度中央政府總預算案，採先行審議單位預算，而涉及附屬單位預算營業及非營業部分均暫照列，俟附屬單位預算專案審議確定後再行調整；茲將前述89年間協商結論之決定事項摘略如下：
1.本會期已審議通過之校務基金等附屬單位預算，其預算仍列入90年度中央政府總預算案附屬單位預算及綜計表(非營業部分)內，但下會期院會不再審議之。
2.除校務基金、中正文化中心作業基金、台灣大學附設醫院作業基金、成功大學附設醫院作業基金、台北護理醫學附設醫院作業基金、九二一震災社區重建更新基金、離島建設基金外，本年度總預算案內有關作業賸餘及營業盈餘與附屬單位預算及綜計表(營業及非營業部分)，均暫照列，專案定期審定後再行調整。
(三)自90年度起，附屬單位預算非營業部分均未於法定期限內完成審議，至少延宕6個月，允宜回歸併同總預算案進行審議
如前開說明，自90年度起，因附屬單位預算非營業部分未併同單位預算案進行審查程序，導致審議期程更為延宕，與法定期限相較，至少延遲6個月以上，其中102年度並未審竣，106年度至106年7月底止亦仍未完成審議程序(詳附表3-1)。
按「中央政府總預算案附屬單位預算及綜計表(非營業部分)」乃係行政院函送本院審議中央政府總預算案所附書件之一，如回歸併同單位預算審議，尚無行政作業之困難。又部分公民團體亦曾提出本院應檢討預算延宕之結構性問題，建議從預算審議日程之安排等，強化對預算之監督及審議。
附表3-1：90年度至106年度中央政府總預算案審議完成時間表
年度
行政院函送日期註2
本院三讀通過日期
中央政府總預算案
附屬單位預算(營業及非營業部分)
90
89年8月31日
90年1月3日
90年6月6日
91
90年8月28日
91年1月18日
91年6月14日
92
91年8月29日
92年1月10日
92年5月30日
93
92年8月28日
93年1月13日
93年6月10日
94
93年8月30日
94年1月21日
94年5月27日
95
94年8月30日
95年1月12日
95年6月30日
96
95年8月30日
96年6月15日
96年7月20日
97
96年8月30日
96年12月20日
97年7月18日
98
97年8月28日
98年1月15日
98年6月15日
99
98年8月31日
99年1月12日
99年6月8日
100
99年8月31日
100年1月12日
100年6月13日
101
100年8月31日
100年12月13日
101年12月14日
102
101年8月31日
102年1月15日
(尚未完成)
103
102年8月31日
103年1月14日
104年1月13日
104
103年8月29日
104年1月23日
104年6月15日
105
104年8月31日
104年12月18日
105年12月30日
106
105年8月31日
106年1月19日
(尚未完成)
※註：1.資料來源，整理自本院公報及各年度中央政府總預算案、附屬單位審查總報告等資料。
2.90年度、95年度及99年度中央政府總預算案，行政院曾以內閣改組、配合老年農民福利津貼暫行條例修正等因素，嗣後重新修正函送本院，併予敘明。