按105年度附屬單位決算及綜計表非營業部分，經審計部審定結果，短絀者有56單位，共計短絀約192億元，且各基金226項主要營運(業務)計畫執行結果，未達預計目標者146項，比率高達64.60%，且近年非營業特種基金之運作，屢經審計部提出已影響基金設立目的達成之意見。經查：
(一)近5年決算短絀之非營業特種基金以作業基金占多數，部分基金之預算執行成效欠佳
101年度至105年度非營業特種基金中，經審定短絀者介於56單位至60單位之間，短絀總額各約493億元、342億元、234億元、213億元及192億元，其中以作業基金占多數，同期間短絀金額占比由56.59%增為105年度之75.52%(詳附表3-5-1)。以105年度審計部評核各作業基金之預算餘絀達成情形為例，短絀較預算數增加之前3名分別為：國軍老舊眷村改建基金、國立清華大學校務基金及水資源作業基金(分預算單位)。此外，已連續5年短絀者，包括營建建設基金、國立大學校院校務基金、國立社教機構作業基金、國立高級中等學校校務基金及國軍老舊眷村改建基金等。
附表3-5-1：101年度至105年度非營業特種基金審定短絀概況
單位：新臺幣億元
年度
短絀單位數
短絀總金額(
作業基金短絀
金額(
占比(=(/()
101
58單位
493
279
56.59%
102
60單位
342
235
68.71%
103
58單位
234
181
77.35%
104
59單位
213
175
82.16%
105
56單位
192
145
75.52%
※註：1.資料來源，整理自審計部101年度至105年度中央政府總決算審核報告。
(二)近5年整體非營業特種基金有高達6成餘之營運(業務)計畫未達預計目標，且部分基金連年計畫預算執行率偏低，甚或未執行
以近5年非營業特種基金營運(業務)計畫執行情形觀之(詳附表3-5-2)，101年度至105年度各基金主要營運(業務)計畫各有220項、220項、222項、221項及226項，經執行結果，未達預計目標分別有137項、152項、152項、150項及146項，雖所占比率自102年度起逐年略為下降，惟仍有高達64.60%計畫未達預計目標。
附表3-5-2：101年度至105年度非營業特種基金營運(業務)計畫執行情形概況表
年度
計畫項數(
未達預期目標項數
未執行
較預期目標減少
小計(
占比(=(/()
101
220
6
131
137
62.27%
102
220
6
146
152
69.09%
103
222
6
146
152
68.47%
104
221
4
146
150
67.87%
105
226
7
139
146
64.60%
※註：1.資料來源，同附表3-5-1。
又以近5年非營業特種基金之營運(業務)計畫執行率低於一成資料觀之(詳附表3-5-3)，101年度至105年度各有8項、10項、8項、7項及7項計畫，其中未執行計畫分別達6項、6項、6項、4項及7項，更有連續5年度預算均未執行者，如：離島建設基金之「離島地區開發建設貸款業務計畫」及警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金之「因公執行勤務生活急難救助計畫」等2項，顯見部分非營業特種基金之營運(業務)計畫預算執行率實屬過低，甚或有連年未執行之情事，均有待切實檢討無法執行或執行率低落之原因並妥謀改善。
附表3-5-3：101年度至105年度非營業特種基金之營運(業務)計畫執行率低於一成彙總表
執行率
101年度
102年度
103年度
104年度
105年度
0
(離島建設基金【離島地區開發建設貸款計畫】
(警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金【因公執行勤務生活急難救助計畫】
(環境保護基金【水污染防治計畫】
-
(花東地區永續發展基金【花東地區永續發展貸款計畫】
-
-
-
(花東地區永續發展基金【花東地區永續發展投資計畫】-
-
(原住民族綜合發展基金【原住民族經濟產業貸款信用保證業務】
-
(原住民族綜合發展基金【原住民族經濟產業貸款信用保證業務】
(原住民族綜合發展基金【天然災害原住民族住宅重建專案貸款】
-
-
-
-
-
-
(運動發展基金【建立區域運動人才培育體系計畫】
-
(高速鐵路相關建設基金【高鐵永續經營投資計畫】
(航港建設基金【臺北港物流倉儲區第二期工程收土計畫】
(醫療發展基金【醫院醫療品質提升計畫】
(醫療發展基金【提升醫療機構臨床試驗品質與藥事照護計畫】
低於10%
(花東地區永續發展基金【花東地區永續發展相關計畫】
(就業安定基金【保障勞工權益暨協助產業發展計畫】
-
-
-
-
(營建建設基金【土地開發】
(有線廣播電視事業發展基金【全民公平近用公用頻道計畫】
(航港建設基金【臺灣國內商港未來發展及建設計畫-澎湖港埠建設計畫】
(中央研究院科學研究基金【培育科技菁英計畫】
(營建建設基金【貸款目標】
(航港建設基金【臺灣國內商港未來發展及建設計畫-布袋港埠建設計畫】
(健康照護基金【醫院醫療品質提升計畫】
-
計畫數
8
10
8
7
7
※註：1.資料來源，同附表3-5-1。又表內【】係營運或業務計畫名稱。
(三)近年審計部對部分非營業特種基金均提出影響基金設立目的達成之意見
關於非營業特種基金主要營運(業務)計畫之執行，審計部於中央政府總決算審核報告均有列述其評核結果，該部於101年度至105年度審核報告中，針對部分非營業特種基金營運(業務)計畫預算執行率未達三成者，均提出「已影響各該基金設立目的之達成」之意見。