(一)原由健保支出之孕婦產檢、兒童預防保健、子宮頸抹片及乳房攝影，因健保財務危機，95年度改由國健署公務預算支應
84年開辦全民健保，衛福部依全民健康保險法而訂定全民健康保險預防保健實施辦法，由健保署提供孕婦產檢、兒童預防保健、子宮頸抹片檢查及成人預防保健，93年7月起增加乳房攝影及兒童牙齒塗氟。嗣因健保財務危機，95年起孕婦產檢、兒童預防保健、子宮頸抹片及乳房攝影改列於國健署公務預算；96年1月起，成人預防保健及牙齒塗氟改納入國健署公務預算(詳附表3)。
附表3：我國預防保健計畫原編列單位及改編列之機關或基金一覽表
編列於國健署公務預算之項目及時間
原編列(黃色網底)或改編列為公務預算或基金預算
公務
基金
95.1.1孕婦產前檢查
103年超音波檢查改列菸害防制及衛生保健基金
95.1.1兒童預防保健
-
-
95.1.1子宮頸抹片檢查
103年改列菸害防制及衛生保健基金
96.1.1成人預防保健
-
-
95.1.1乳房攝影檢查
95年-98.12.31(國健署，50-69歲婦女)
98.11.1-98.12.31菸害防制及衛生保健基金(45-49歲婦女)
99-102年50-69歲婦女(國健署)
99-102年菸害防制及衛生保健基金(40-44歲高危險婦女及45-49歲婦女)
103年改編於菸害防制及衛生保健基金
96.1.1兒童牙齒塗氟
96.1.1-102.12.31未滿5歲兒童(國健署)
102.6.1-102.12.31菸害防制及衛生保健基金(滿5歲至未滿6歲兒童及未滿12歲弱勢兒童)
103年度由國健署公務預算支應
104年改衛福部心口司
-
99.1.1定量免疫法糞便潛血檢查，編列於菸害防制及衛生保健基金
99.1.1口腔黏膜檢查，編列於菸害防制及衛生保健基金
99.1.1經濟弱勢新生兒聽力篩檢服務方案(暨後續新生兒聽力篩檢補助方案) ，編列於菸害防制及衛生保健基金
99.1.1弱勢兒童窩溝封填(暨後續擴大方案)，編列於菸害防制及衛生保健基金
99.1.1「孕婦乙型鏈球菌篩檢補助方案」暨後續由菸害防制及衛生保健基金支應
102.7.1兒童衛教指導服務方案，由菸害防制及衛生保健基金支應
103.11.1，2次孕婦產前健康照護衛教指導，由菸害防制及衛生保健基金支應
※註：1.資料來源，衛福部提供及參考國民健康署2014年至2016年報。
2.綠色網底項目原係健保署辦理並由健保支應經費，後改編於國健署公務預算。黃色網底項目係開辦迄今均由菸害基金支應。
(二)97年度起預防保健實際執行經費大於預算數，國健署已累積巨額欠款，致應由公務預算編列之歲出改由非營業基金負擔
預防保健經費97年度起原列預算已不敷實需，致原列於國健署公務預算之孕婦超音波檢查及子宮頸抹片檢查，於103年度改列於菸害防制及衛生保健基金(以下簡稱菸害基金)。另原列於國健署公務預算之乳房攝影檢查，93至97年度適用對象為50-69歲婦女，因98年11月起增列45-49歲婦女為受檢對象，惟增列對象之檢查經費則由菸害基金支應，公務預算仍負擔原50-69歲婦女經費，形成同一檢查項目分由公務預算及基金支應之現象，至103年度全數檢查均改由該基金支應(詳附表3)。
此外，多項新增預防保健及癌症篩檢均由菸害基金負擔，例如99年起大腸癌及口腔癌篩、101年度以後陸續提供之新生兒聽力篩檢服務、臼齒窩溝封填、兒童衛教及孕婦產前衛教等。其中金額較大之乳篩、子宮頸抹片及孕婦超音波，103年度菸害基金負擔原公務支應之孕婦超音波0.7億元、乳癌篩檢6.46億元及子宮頸抹片檢查8.95億元，爰推估103年度至105年度該基金合計至少負擔原由公務預算支應之48億餘元(詳附表4)。
附表4：普通基金編列改由非營業基金負擔經費簡表 單位：新臺幣億元
癌篩名稱
預算編列
101
102
103
104
105
孕婦產檢—超音波
公務
0.80
0.70
-
-
-
基金
-
-
0.700.70
0.70
合計
0.80
0.70
0.70
0.70
0.70
子宮頸抹片檢查
公務
8.69
8.83
-
-
-
基金
-
-
8.95
9.09
8.96
合計
8.69
8.83
8.95
9.09
8.96
乳癌篩檢
公務
6.12
6.46
-
-
-
基金
2.09
2.08
9.19
9.57
9.86
合計
8.21
8.54
9.19
9.57
9.86
※註：1.資料來源，孕婦超音波檢查經費係自行推估，子宮頸抹片及乳癌篩檢係國健署於103年9月及106年7月提供。
2.以孕婦超音波檢查給付醫界1次350元(最高)，乘以101年度、102年度、103年度、104年度及105年度之新生兒人數234,575人、195,251人、211,733人、213,598人及208,440人，推估同年度孕婦超音波檢查費約8,210萬元、6,834萬元、7,411萬元、7,476萬元及7,295萬元。
3.本表僅列舉金額較大項目，非以所列項目為限。另因百萬元以下四捨五入之故，存有尾差。