國健署95年度陸續承接健保署預防保健業務後，即委託全民健康保險基金辦理預防保健之申報、審查及核付事宜，並由健保基金每半年結報費用。惟國健署多未於當年足額撥付，97年底即短撥全民健康保險基金1.4億元，104年度累積短撥數高達24.14億元(詳附表6)。
雖行政院函示預防保健服務以前年度撥付不足部分，檢討由菸害基金支應，國健署爰自106年度起分年編列該基金攤還歷年不足額，106年度業編列4.8億餘元，並因請求權將屆而規劃於107年度全數清償。然國健署既累積健保基金巨額欠款，卻大幅增加預防保健項目而膨脹支出，恐因財源不足而必須終止或縮減計畫。
附表6：預防保健積欠健保基金實際短撥數簡表 單位：新臺幣百萬元
年度
欠款公務機關或基金名稱
累計應撥補款項
當年度(至年底)實際撥補數
累計實際短撥數
97
國健署公務預算
2,865
2,725
140
98
國健署公務預算
3,192
2,709
483
99
國健署公務預算
3,661
2,710
951
100
國健署公務預算
4,360
2,814
1,546
101
國健署公務預算
5,210
2,673
2,537
102
國健署公務預算
6,286
2,705
3,581
103
國健署公務預算
5,992
2,709
3,283
菸害防制及衛生保健基金
55
35
20
合計
6,047
2,744
3,303
104
國健署公務預算
4,682
2,268
2,414
菸害防制及衛生保健基金
111
91
20
合計
4,793
2,359
2,434
105
國健署公務預算
4,381
2,045
2,336
菸害防制及衛生保健基金
148
97
51
合計
4,529
2,142
2,387
※1.97年度至104年度為決算數，105年度為預估數。累計應撥補款項包括以前年度實際短撥數及當年度應負擔數，為預估數。
2.預防保健服務委由健保署代支代付，國健署依當年度編列之預算預先撥付該署，該署於下一年向國健署核銷費用。菸害基金積欠健保基金費用為「國小學童臼齒窩溝封填補助服務」，該業務104年移由衛生福利部心理及口腔健康司辦理。
3.國健署公務預算係積欠預防保健費用。