我國高等教育部門研發經費95年度為375億餘元，逐年成長至104年度為481億餘元，成長28.27%。研發經費來源主要來自政府部門，占全部研發經費比率介於82.18%至85.91%間；其次為來自企業部門及高等教育部門，分別占全部研發經費比率介於5.31%至9.84%間及7.53%至8.59%間（詳附表2-1）。
高等教育部門95年度至104年度研發經費投入研究類型以基礎研究占比最高，介於46.99%至49.49%；其次為應用研究，介於36.95%至39.76%；技術發展則介於11.31%至13.76%間(詳附表2-2)。
由上顯示，高等教育部門研發經費8成來自政府部門，並以基礎研究為主，約近5成，其次為應用研究，約近4成。
附表2-1：高等教育部門研發經費來源表 單位：新台幣百萬元
年度
總計
企業部門
政府部門
高等教育部門
NGO
國外
金額
%
金額
%
金額
%
金額
%
金額
%
金額
%
95
37,565
100.00
2,088
5.56
31,817
84.70
3,228
8.59
405
1.08
27
0.07
96
40,400
100.00
2,146
5.31
34,706
85.91
3,133
7.75
392
0.97
23
0.06
97
42,905
100.00
2,575
6.00
36,465
84.99
3,412
7.95
389
0.91
64
0.15
98
46,823
100.00
2,930
6.26
39,835
85.08
3,626
7.74
357
0.76
75
0.16
99
47,970
100.00
3,198
6.67
40,580
84.59
3,707
7.73
397
0.83
88
0.18
100
48,978
100.00
3,650
7.45
41,084
83.88
3,842
7.84
325
0.66
77
0.16
101
48,898
100.00
3,905
7.99
40,802
83.44
3,920
8.02
202
0.41
69
0.14
102
48,987
100.00
3,832
7.82
40,989
83.67
3,887
7.94
159
0.32
121
0.25
103
48,131
100.00
4,167
8.66
39,982
83.07
3,780
7.85
113
0.23
90
0.19
104
48,108
100.00
4,736
9.84
39,533
82.18
3,622
7.53
93
0.19
124
0.26
※註1：資料來源，科學技術統計要覽(2016年版)。
附表2-2：高等教育部門研發經費之研發類型表 單位：新台幣百萬元
研發類型
總計
基礎研究
應用研究
技術發展
金額
%
金額
%
金額
%
金額
%
95年度
37,565
100.00
17,650
46.99
14,935
39.76
4,980
13.26
96年度40,400
100.00
19,948
49.38
15,230
37.70
5,222
12.93
97年度
42,905
100.00
21,096
49.17
16,492
38.44
5,318
12.39
98年度
46,823
100.00
23,058
49.25
18,471
39.45
5,294
11.31
99年度
47,970
100.00
23,401
48.78
18,558
38.69
6,012
12.53
100年度
48,978
100.00
23,868
48.73
19,030
38.85
6,080
12.41
101年度
48,898
100.00
23,621
48.31
18,549
37.93
6,729
13.76
102年度
48,987
100.00
23,647
48.27
18,664
38.10
6,677
13.63
103年度
48,131
100.00
23,820
49.49
17,782
36.95
6,529
13.56
104年度
48,108
100.00
23,554
48.96
18,221
37.87
6,333
13.16
※註1：資料來源，科學技術統計要覽(2016年版)。