財團法人之董事會為最高決策中心，其組成攸關董事會職能之發揮，惟查部分財團法人董事會之組成，未盡妥適，謹分述如下：
(一)部分政府捐助金額累計逾50％之財團法人官派董事未達半數以上，與本院決議未盡相合
1.本院審議98年度中央政府總預算案通案決議（十一）：「為免政府捐助金額累計超過50％之財團法人及日本撤退台灣接收其所遺留財產而成立之財團法人，其財產由『公共性』變為『私有性』並避免逃避政府及立法院監督之可能。建請主管之各機關，應要求上述財團法人於半年內修改章程，明訂董監事人員必須有半數以上人員由政府特定公務人員擔任之。」
2.截至106年4月30日止，政府捐助金額累計超過50％之財團法人官派董事未達半數以上者計16家（詳附表3.1.1），不利政府發揮對該等財團法人重大決策之影響力，且與本院決議未盡相合。其中部分財團法人係因捐助章程選任董監事規範與主管機關規定未合所致，以台灣營建研究院為例，該財團法人係政府100％捐助設立，惟財團法人台灣營建研究院捐助章程第6條規定：「本院設董事會，…。第2屆以後之董事由董事會遴聘之。」與內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點第5點第1項規定：「政府捐助之財團法人，捐助機關應指派若干董事；其所占全體董事名額之比例，依捐助機關捐助基金占第1次登記財產總額時之基金總額比例為之，並不得少於全體董事名額1/2。」未合，且13名董事均非政府遴派，恐缺乏政府監督。
附表3.1.1：政府累計捐助逾50％財團法人官派董事席次未達半數情形彙總表
主管機關
財團法人
內政部
臺灣營建研究院
陸委會
海峽交流基金會
經濟部
自行車暨健康科技工業研究發展中心
衛福部
惠眾醫療救濟基金會
農委會
中華民國對外漁業合作發展協會
台灣地區遠洋魷魚類產銷發展基金會
台灣區遠洋鮪魚類產銷發展基金會
中正農業科技社會公益基金會
農業工程研究中心
維謙基金會
七星農業發展基金會
桃園農田水利研究發展基金會
臺中環境綠化基金會
水利研究發展中心
曹公農業水利研究發展基金會
七星環境綠化基金會
※註：1.資料來源，各部會提供，本研究彙整。
(二)部分財團法人多位董事連任多次，未能適度新陳代謝
1.目前民法未明定財團法人之董事連任次數限制。依行政院就政府捐助基金累計超過50％之財團法人所定之行政命令規定，董事任期以連任2次為限，但因業務特殊需要而報請行政院核准，或由公務人員兼任，隨本職異動等，不受任期限制。
2.各主管機關提供之資料顯示，部分財團法人半數以上董事連任3次以上（詳附表3.1.2），恐有萬年董事會之虞，例如：農委會主管之政府捐助比率100％之財團法人維謙基金會全部董事席次11人，其中3人連任5次。衛福部主管財團法人兼善醫學基金會董事席次11人，其中7人連任7次；毒藥物防治基金會董事席次13人，其中高達10人連任8次；寄生蟲防治會董事席次9人，其中1人連任10次；另微窗醫學基金會及鄭德齡醫學發展基金會董事席次分別為11人及15人，連任3次以上者均為10人，其中連任6次者均高達7人。前揭連任多次之董事雖非屬「政府捐助之財團法人董監事報院遴聘派作業規定」之政府遴派董事，惟連任次數過多，恐影響法人治理效能，允宜考量適度替換之可行性。
3.政府捐助成立之財團法人，係為特定政策目的，咸具公益性之本質，允應有適當之監督。而董事會為財團法人之最高決策中心，其組成結構影響運作之良窳，宜定期適度替換成員，以活絡董事會對財團法人之監督管理機制，避免組織僵化及職能弱化。是以，部分財團法人存有多位董事連任次數過多之情形，主管機關允宜督促財團法人檢討改善。
附表3.1.2：財團法人半數董事連任3次以上者彙總表
主管機關
連任3次以上人數
政府捐助比率
原始比率
105年度累計比率
農
委
會
維謙基金會(全部席次11人，連任3次以上計6人：連任3次1人、4次2人、5次3人)
100%
100%
衛
福
部
兼善醫學基金會(全部席次11人，連任3次以上計9人：連任4次2人、7次7人)
40%
33.52%
毒藥物防治基金會(全部席次13人，連任3次以上計12人：連任6次2人、8次10人)31.07%
31.07%
寄生蟲防治會(全部席次9人，連任3次以上計6人：連任3次1人、4次2人、5次1人、6次1人、10次1人)
35%
35%
微窗醫學基金會(全部席次11人，連任3次以上計10人：連任3次1人、4次1人、5次1人、6次7人)
1.2%
1.2%
鄭德齡醫學發展基金會(全部席次15人，連任3次以上計10人：連任3次1人、4次2人、6次7人)
13.33%
13.33%
※註：1.資料來源，各部會提供，本研究彙整。
綜上，部分政府捐助之財團法人官派董事席次未達半數，不利政府監督；或多位董事連任多次，恐有萬年董事會之虞，不利董事會職能之發揮。各主管機關允宜參據本院決議，杜絕政府捐助財團法人財產面臨私有化之可能性；另宜研謀最適之董事會規模及組成，建置適度之董事成員替換機制，俾使董事會職能有效發揮，財團法人之治理益臻健全。