政府捐助之財團法人係基於公益目的而設置，為促進社會發展並發揮扶助功能，辦理捐助、補助、獎助、贊助等捐補助(下稱捐補助)情形甚為普遍。據各部會提供資料，除臺灣經濟科技發展研究院未提供外，該等法人104年度及105年度捐補助決算數(不含代辦部分)合計達8億2,153萬6千元及9億948萬2千元，金額龐鉅，惟查部分財團法人辦理捐補助業務，有下列待檢討事項：
(一)部分財團法人捐補助項目未訂作業規範，亟待改進
針對政府捐助財團法人提供之捐補助資源，社會具申請意願者不在少數，若無標準或適當程序即依所請發放，恐生浪費浮濫之弊，以國營事業為例，本院即曾針對不當會費、捐補助及分擔費用等浪費公帑情事，要求檢討改善。爰此，政府捐助之財團法人辦理捐補助，應以章程所定業務範圍為限，並有內部作業規範以為準據，客觀嚴謹審核後發放，以避免寬濫。惟據各部會提供資料顯示，104年度及105年度辦理捐補助者，卻有14家財團法人之部分捐補助項目，未能訂定作業規範(詳附表3.6.1)，亟待主管機關促其檢討研訂。
附表3.6.1：部分捐補助項目未訂定作業規範之財團法人一覽表
主管機關
財團法人
主管機關
財團法人
內政部
消防發展基金會
科技部
國家實驗研究院
文化部
臺灣美術基金會
教育部
社教文化基金會
交通部
中華顧問工程司
蔣經國國際學術交流基金會
中華航空事業發展基金會
陸委會
海峽交流基金會
金管會
臺灣金融研訓院
農委會
中央畜產會
聯合信用卡處理中心
曹公農業水利研究發展基金會
原能會
中華民國輻射防護協會
僑委會
海華文教基金會
※註：1.資料來源，各部會提供，本研究彙整。
2.本表包括財團法人所有捐補助項目均未訂定作業規範者、部分捐補助項目訂有作業規範，而部分無者及依捐助章程辦理而未訂定作業規範者。
3.詢據蔣經國國際學術交流基金會表示，該會網頁列有各地區補助款申請之條件與標準，惟其內部未訂定相關作業規範，故本表仍將其列入。
(二)部分財團法人捐補助對象為董事之本職單位，宜加強內部控制機制
以政府捐助比率超過50%之財團法人而言，經檢視105年度捐補助金額前5名情形，查有部分捐補助對象為董事之本職單位，而中華航空事業發展基金會、台灣區雜糧發展基金會及中央畜產會對該等對象之捐補助金額，甚至達百萬元以上且有部分占105年度捐補助決算數比率10%以上(詳附表3.6.2)，金額重大；另其中亦有捐補助項目未訂定作業規範之財團法人，如中華顧問工程司、中華航空事業發展基金會、國家實驗研究院、中央畜產會等（詳附表3.6.1）。
鑒於是類捐補助對象涉及關係人，允應依更嚴謹之程序審核，以避免浮濫發放，或發生長期補助高額款項而形同盈餘分配等流弊。故此，關係人受助項目除應切合捐助章程所定業務範圍外，宜於作業規範中增訂防弊機制，諸如參酌證券交易法第14條之3第3款與公開發行公司董事會議事辦法第7條第1項及第16條等規定，將累積一定金額以上之關係人捐補助申請列為董事會決議事項，相關人員於討論、表決或申請流程中利益迴避，並設定年度最高捐補助關係人金額或限縮申請範圍等，另主管機關亦宜將該類捐補助列為查核事項，俾使內部控制機制及外部監督更臻完備。
附表3.6.2：部分財團法人105年度捐補助對象為董事之本職單位情形 單位：新臺幣千元
主管
機關
財團法人
捐補助
決算數A
捐補助對象名稱
捐補助
金額B
所占比率
B/A
文化部
臺灣生活美學基金會
397
國立新竹生活美學館
100
25.19%
國立臺東生活美學館
100
25.19%
國立臺南生活美學館
99
24.93%
國立彰化生活美學館
98
24.69%
中法文化教育基金會
85
師範大學漢學論文獎補助款
35
41.17%
師範大學法語中心法國美酒及乳酪之入門
10
11.76%
交通部
中華顧問工程司
167
中國工程師學會
45
27.02%中華航空事業發展基金會
18,324
中華航空公司
1,660
9.06%
科技部
國家實驗研究院
2,612
國立清華大學
200
7.66%
經濟部
台灣區雜糧發展基金會
24,019
台灣飼料工業同業公會
5,234
21.79%
中華民國農會
4,000
16.65%
台灣區植物油製煉工業同業公會
2,778
11.57%
台灣區麵粉工業同業公會
1,673
6.97%
中興工程顧問社
921
中國工程師學會
320
34.74%
農委會
中央畜產會
5,150
中華民國養雞協會
1,763
34.23%
中華民國養豬協會
1,299
25.22%
中華民國養羊協會
350
6.80%
中華民國養鴨協會
280
5.44%
※註：1.資料來源，各部會提供，本研究彙整。
2.部分比率差異為進位或以元為單位計算所致。
3.本表捐補助項目包括捐助、補助、獎助及贊助。
綜上，政府捐助之財團法人所掌資源係集結公眾或政府資源而得，所辦業務當力求審慎周延，捐補助款項亦應依客觀標準及審核程序發放，避免寬濫。惟查部分財團法人辦理捐助、補助、獎助、贊助之項目並未訂定作業規範，且亦有捐補助予董事之本職單位情事，亟待主管機關促其研訂並加強內部控制機制，且允宜將關係人捐補助列為查核項目，以杜爭議與流弊。