依行政法人法第2條第2項規定之意旨，我國推動設立行政法人執行特定公共事務所應具備之事務特性，概可歸納為下列3點：

(一)具有專業需求或須強化成本效益及經營效能者。

(二)不適合由政府機關推動，亦不宜交由民間辦理者。

(三)所涉公權力行使程度較低者。

在該等原則下，行政院擇定適合由行政法人執行之公共事務以研究、實驗、教育服務、文化設施、科學、訓練、醫療等為主，目的在於使部分經評估適合由政府體制外且具公法人性質組織執行之公共事務，藉由人事、預算之鬆綁，引進企業化之效率經營及考評制度，使該等公共事務之推行更具彈性、專業及效能，然仍受業務主管機關一定程度之監督。經考量行政法人為我國全新之公共服務組織型態，且在行政法人法制定公布實施前，僅有國立中正文化中心之例，行政院為確保行政法人制度之運作順遂及長遠發展，並遵循本報告「壹、前言」段內所揭立法院作成之附帶決議，在「秉持『求穩健、不躁進』之務實方式推動」下、「經行政院組織改造推動小組與各部會審慎評估後，選定5個優先推動行政法人個案，分別為國家中山科學研究院（國防部）、國家運動訓練中心（教育部，現由行政院體育委員會推動）、國家表演藝術中心（文化部，現由行政院文化建設委員會推動）、臺灣電影文化中心（文化部，現由行政院新聞局推動）、國家災害防救科技中心（科技部，現由行政院國家科學委員會推動）；…」。上揭行政院規劃設置之行政法人，其設置條例草案除臺灣電影文化中心外，各已先於99年3月及100年1月間函送立法院審議，並均於103年1月完成立法程序。

在上述4個行政法人完成設置後，行政院又陸續函送數個行政法人設置法案請立法院審議，包括103年8月19日之「國家資通安全科技中心設置條例草案」、104年4月16日之「行政法人放射性廢棄物管理中心設置條例草案」及106年2月2日之「國家藥物審查中心設置條例草案」，期分別專責辦理國家資通安全業務、核廢料處理事務、藥物藥品及醫療器材之審查業務等。其中「國家資通安全科技中心設置條例」104年12月30日制定公布、105年1月20日施行後，嗣又於105年5月25日廢止，餘行政法人放射性廢棄物管理中心及國家藥物審查中心等2個設置條例草案則尚在立法院審查中；另106年6月1日行政院院會業已通過內政部所報「國家住宅及都市更新中心設置條例」草案，計畫籌設具興辦社會住宅及推動都市更新專業且具公信力之行政法人，俾支援政府興辦社會住宅、執行公辦都市更新，並協助民間具公益性都市更新案之推動。在地方政府方面，高雄市在經文化部核可及市議會通過「高雄市專業文化機構設置自治條例」後，原高雄市立歷史博物館及高雄市電影館業於106年1月1日改制為行政法人；另臺南市政府亦已於106年2月9日公告施行「臺南市美術館設置自治條例」，將現正興建中之臺南市美術館定位為行政法人，預計107年7月完工，同年年底正式啟用運作。