各監督機關經依其所訂評鑑辦法對所屬行政法人實施績效評鑑後，迄105年底止，除國訓中心因其設置條例係自104年1月1日施行，該中心於該日始正式成立運作，爰103年度未實施績效評鑑而僅有104年度績效評鑑報告辦理公告外，餘中科院、災防中心、表藝中心等3行政法人皆已公告103年度及104年度2個年度之績效評鑑報告。經彙總各行政法人103年度、104年度績效評鑑進行方式及其結果（詳附表2、3），可歸納其間存有以下各點所述現象：
(一)評鑑委員人數多寡差距頗大
各監督機關所聘請執行年度績效評鑑之人士及其人數多寡是否恰當，影響評鑑結果甚鉅，監督機關當權衡行政法人之業務性質、範圍、組織規模及營運量體等，遴選合宜且適量之評鑑委員辦理之。其中有關評鑑委員如何遴選問題，屬各監督機關專業上之職權，尚難以置評，惟在評鑑委員人數多寡方面，依各監督機關所訂評鑑辦法，最高可至15人(國訓中心)，最少可僅有7人(表藝中心)。實際執行結果，國訓中心以上限之15人辦理；表藝中心則為8人或9人；中科院及災防中心亦均以所訂上限13人辦理，其間人數最高者可逾最低者近倍數(7人)之多，顯示各監督機關辦理行政法人績效評鑑所聘評鑑委員之人數多寡差距頗大，如以相對過偏少數之評鑑委員為之，是否易致外界對其評鑑結果是否具足夠代表性及公信力有所質疑，當值省思。
(二)評鑑進行方式皆以書面審查為主
現行各監督機關對行政法人實施績效評鑑之程序，概皆係由受評鑑之行政法人先行自評，再交評鑑委員會複評，最後由監督機關就複評結果予以核定。由於行政法人之自評恐過偏主觀且易文過飾非，爰績效評鑑之功能核心即落在由政府機關代表、學者專家及社會公正人士所組成之評鑑委員會複評。然綜觀各行政法人評鑑委員會所進行之複評，皆係以書面審查為主，認為必要時始行部分現場之實地查證(訪視)，此對於營運計畫眾多、規模龐大(如中科院)或多場館(如表藝中心)之行政法人，不易窺見其實際運作真貌，而由行政法人之自評數據及書面說明所主導，如此形式重於實質之結果，恐不利年度績效評鑑意欲對行政法人各項目標任務達成途徑及程度是否周妥之確實檢視，以及協助振衰起弊功能之發揮。
(三)評鑑項目及權重分配差異甚大
行政法人年度績效評鑑之評鑑項目及其權重分配方式，對評鑑結果具有關鍵性影響。雖各行政法人由於業務性質互有差異，其評鑑項目及合適配賦權重或有不同，惟如相同項目存有過大差異，恐生爭議。如各以文化部及教育部為監督機關之表藝中心及國訓中心，104年度績效評鑑就相同評鑑項目「營運目標及營運計畫」評分權重係分別配置為25%及50%，達25個百分點之倍數差距。另一方面，有關評鑑內容項目及其權重如何配置，各監督機關多委由績效評鑑會決定，僅中科院係依國防部訂頒之「國防部辦理中山科學研究院績效評鑑作業規定」辦理，其客觀公正性亦易受質疑。如檢視國防部103、104年度對中科院實施績效評鑑之辦理情形，其將評鑑辦法所訂「年度執行成果之考核」、「業務績效及目標達成率之評量」等4項評鑑內容，轉化為實務面之「研究發展」、「生產委製」等6個評鑑項目配置權重評分，惟103年度就其中「研究發展」、「生產委製」及「財務管理」各配置30%、30%及15%；104年度即修正為25%、40%及10%，並將103年度原列之「軍種滿意(10%)」評鑑項目改為「支援演訓(10%)」，其監督機關國防部顯主導評鑑項目及其權重配置方式，迥異於其他監督機關交由績效評鑑會客觀決定之作法，是否有當，容值檢討。
(四)評鑑得分等第定義紊亂
各行政法人績效評鑑綜合評分結果即代表其表現優劣程度，係依各評鑑項目得分及其配置權重乘算加總後所得。針對該最終綜合評分，各監督機關皆以分數高低劃分級距訂定等第標準，其中僅國訓中心劃分4級，餘中科院、災防中心及表藝中心均為5級，惟不同監督機關所訂之各級等第定義各異，致有相同優劣程度名詞定義者，實為不同得分等級之情事，彼此間難以比對辨識。如於中科院及災防中心定義總評分為90分以上者為「優」等，表藝中心及國訓中心則以之為「特優」等，稱「優」等或「優良」等級係指80分以上、不滿90分者。又如總評分在70分以上、不滿80分者，於中科院係列為「可」級；於災防中心則列為「乙」等；於表藝中心稱之為「如常」；於國訓中心則定為「佳」等。可悉各監督機關對於行政法人評鑑綜合得分等第之定義頗為紊亂，不利比較辨識，允有協調為一致性作法之必要。
(五)評鑑分析報告之提出方式及送立法院備查時間各行其是
行政法人法第38條第2項前段規定：「前項年度績效評鑑報告，應由監督機關提交分析報告，送立法院備查。」條文中所稱「分析報告」顯須另行製作而有別於年度績效評鑑報告，然其中僅科技部以災防中心年度績效評鑑為附件另提出分析報告送立法院，餘雖亦均檢送「分析報告」予立法院，惟其內容與年度績效評鑑報告皆同。又該分析報告送立法院備查時間，國防部及科技部就所屬中科院及災防中心皆明訂為每年8月31日前，然文化部與教育部對於表藝中心及國訓中心均未訂有明確期限，致有表藝中心104年度績效評鑑報告於105年8月始提出、分析報告遲至105年9月10日始送立法院之情事，各監督機關就同一規定事項各行其是，恐非所宜。
附表2：各行政法人103年度績效評鑑進行方式及其結果彙總表
行政法人 項目 名稱
國家中山
科學研究院
國家災害
防救科技中心
國家表演
藝術中心
國家運動(註2)
訓練中心
評鑑報告提出
時間(年月)
104.06
104.05
104.06
-
分析報告送
立法院時間
104.08.20
104.08.31
104.07.16
-
監督機關有無另行製作送立法院備查之評鑑分析報告
無
(與評鑑分析報告內容約同，僅稍作修飾)
有
(係以績效評鑑報告為附件函送)
無
(評鑑分析報告內容同績效評鑑報告)
-
評鑑委員人數
13
13
8
-
評鑑進行方式
書面審查、綜合研討及實地訪視某單一計畫辦理成果(註3)
書面審查及會議審議
書面資料檢閱、綜合座談及實地訪視
-
評鑑項目及權重
1.研究發展：30%
2.生產委製：30%
3.財務管理：15%
4.軍種滿意：10%
5.安全管理：10%
6.人力資源管理： 5%
1.年度執行成果之考核：60%
2.營運績效及目標達成率之評量：35%
3.年度自籌款比率達成率：5%
國家兩廳院：
1.營運目標及營運計畫：20%
2.顧客及專業服務：30%
3.創新及成長：25%
4.財務構面：25%
國家交響樂團：
1.營運目標及營運計畫：15%
2.顧客及專業服務：30%
3.創新及成長：30%
4.財務構面：25%
-
評鑑得分及等第
89.49，B(良)等
89.8，甲等
國家兩廳院：87，B等
國家交響樂團：86，B等
-
※註：1.資料來源，各行政法人103年度績效評鑑報告。
2.國家運動訓練中心設置條例雖於103年1月22日公布，惟行政院定自104年1月1日施行，該中心於該日始正式成立運作，爰無103年度之績效評鑑報告。
3.中科院績效評鑑會辦理實地訪視係赴蘇澳中正軍港訪察中科院執行之「沱江艦戰鬥系統整合成果」案。
4.國家表演藝術中心所屬臺中國家歌劇院及衛武營國家藝術中心103年度因尚未納入表藝中心營運，爰未予評鑑。
附表3：各行政法人104年度績效評鑑進行方式及其結果彙總表
行政法人 項目 名稱
國家中山
科學研究院
國家災害
防救科技中心
國家表演
藝術中心
國家運動
訓練中心
評鑑報告提出
時間(年月)
105.06
105.05
105.08
105.06
分析報告送
立法院時間
105.08.18
105.08.30
105.09.10
105.06.15
監督機關有無另行製作送立法院備查之評鑑分析報告
無
(與評鑑分析報告內容約同，僅稍作修飾)
有
(係以績效評鑑報告為附件函送)
無
(評鑑分析報告內容同績效評鑑報告)
無
(評鑑分析報告內容同績效評鑑報告)
評鑑委員人數
13
13
9
15
評鑑進行方式
書面審查、綜合研討及實地查證某單一計畫辦理成果(註2)
書面審查及會議審議
書面資料檢閱、綜合座談及實地訪視
書面資料閱覽、實地訪視及會議討論
評鑑項目及權重
1.研究發展：25%
2.生產委製：40%
3.財務管理：10%
4.支援演訓：10%
5.安全管理：10%
6.人力資源： 5%
1.年度執行成果之考核：60%
2.營運績效及目標達成率之評量：35%
3.年度自籌款比率達成率：5%
國家兩廳院：
1.營運目標及營運計畫：25%
2.顧客及專業服務：25%
3.創新及成長：25%
4.財務構面：25%
其他3個受評鑑單位：
國家交響樂團、臺中國家歌劇院營運推動小組、衛武營營運推動小組：
(均同國家兩廳院)
1.營運目標及營運計畫：50%
2.教練選手服務：20%
3.創新及成長：20%
4.財務構面：10%
評鑑得分及等第
90.13，優等
91，優等
1.國家兩廳院：85.8，優良
2.國家交響樂團：86.1，優良
3.臺中國家歌劇院營運推動小組：86.1，優良
4.衛武營營運推動小組：84.5，優良
83.7，優等
※註：1.資料來源，各行政法人104年度績效評鑑報告。
2.中科院績效評鑑會辦理實地查證係訪察中科院執行之「動中通衛星通訊系統成果」案。