各監督機關於其所訂行政法人績效評鑑辦法中，均訂有對所屬行政法人實施年度績效評鑑之評鑑內容，從而據以擬訂具體評鑑項目並配置評分權重執行之，其主要評鑑內容多同列有行政法人法第17條所定之原則性項目，如「年度執行成果之考核」、「業務績效及目標達成率之評量」、「經費核撥之建議」等，惟經轉為實際評鑑項目後彼此差異頗大，如中科院係「研究發展」、「生產委製」等6項；表藝中心係「營運目標及營運計畫」、「顧客及專業服務」等4項；災防中心則維持原評鑑辦法所訂項目不變(詳附表2、3)。雖各行政法人業務性質互異，其評鑑項目適性而訂而有所不同誠屬合理，然各類型行政法人究應納入哪些評鑑項目為妥卻漫無準據。又各行政法人評鑑項目配分權重之高低雖多由其績效評鑑會議定，惟卻有相同項目權重配置差異甚大現象。如同為104年度績效評鑑主要項目之「營運目標及營運計畫」，表藝中心評分權重配置僅25%，國訓中心則達50%，形成倍數差距。由此可悉，各行政法人績效評鑑項目之訂定及其權重之配置差異頗大，是否均為合理妥適，容存疑慮。