依現行作法，各行政法人之監督機關中，僅科技部就災防中心年度績效評鑑報告確實依行政法人法第38條第2項前段規定，另行製作「分析報告」送立法院，餘均以績效評鑑報告即視同「分析報告」送立法院，顯示多數監督機關對於所監督行政法人於實施年度績效評鑑後之檢討分析並未投以高度重視。為落實執行該項規定，行政院允宜函令各監督機關應確實依法辦理並訂定相關管考機制。另一方面，鑑於政府捐助之財團法人(以下簡稱公設財團法人)眾多，其中頗多係接受政府經費委託辦理各項公共性事務(如內政部主管之「國土規劃及不動產資訊中心」、經濟部主管之「台灣電子檢驗中心」、衛生福利部主管之「國家衛生研究院」等)，雖行政院亦訂有「政府捐助之財團法人績效評估作業原則」規定各主管機關應於每年5月31日前完成所主管公設財團法人之績效評估作業，然該項評估僅在衡量各財團法人所訂年度目標之達成情形，且概由其主管機關人員兼辦、每1財團法人每3年至少辦理1次實地查核即可。由實施以來各年度皆有達約9成受評者被評定為90分以上之「良好」等級以觀，其績效評估之實質監督檢討效果恐相當有限。為使現有具特定公共服務性質之公設財團法人得以更有效率地發揮其功能，協助政府實現政策目標，各主管機關宜通盤檢視所主管公設財團法人之設置目的及業務性質，研議其改制為行政法人之可行性，俾接受較周全之績效評鑑及政府較高密度之監督。