科學園區之開發、擴充、改良及維護需要大量資金，尤其在初期建設階段，單靠政府預算撥補及園區本身收入（如租金、管理費等）往往無法即時支應龐大之資本支出，因此必須透過舉債方式籌措資金。經查：
(一)109至114年度基金債務總額增加612.94億元，其中以竹科增加246.36億元最多，預計115年度以後再增加逾1,400億元債務
園區作業基金財務計畫之自償率約九成左右，僅有一成由國庫撥補，國庫對園區作業基金之撥補比率有限，且因應園區持續開發或擴建，為避免資金壓力過大，基金以短期或中長期借款靈活調度，以舉債補足資金缺口，待園區完工營運後，透過向進駐廠商收取房地租金及管理費等，逐步償還借款本息。109至113年度園區作業基金債務總額自993.50億元增加至1,221.41億元，114年度預算案再增加至1,606.44億元， 109至114年度6年期間共增加612.94億元，同期間竹科債務自0元增加至246.36億元，中科債務自645.50億元增加至878.53億元(增加233.03億元)，南科債務自348億元增加至481.55億元(增加133.55億元)，其中債務增加金額以竹科增加246.36億元最多，而債務金額以中科878.53億元最高 (詳表6)。
表6 109至114年度園區作業基金債務統計表 單位：新臺幣億元
項目
年度
短期債務
長期債務
債務總額
短期借款
長期
借款
其他長期負債
合計
竹科
中科
南科
109
993.50
0
0
993.50
0
645.50
348.00
110
977.70
0
24.16
1,001.86
24.16
633.00
344.70
111
838.30
200.00
22.41
1,060.71
61.71
632.00
367.00
112
905.70
200.00
20.66
1,126.36
110.86
625.50
390.00
113
1,202.50
0
18.91
1,221.41
158.91
659.00
403.50
114
1,589.28
0
17.16
1,606.44
246.36
878.53
481.55
109至114年度增加
612.94
246.36
233.03
133.55
說 明：1.據科學園區管理局表示，111及112年度長期借款200億元係中科之借款，中科每年辦理授信公開招標，依決標利率高低彈性調度資金，110年度時辦理3年期固定利率招標，111年央行升息致短期借款機動利率上升高於長期借款，旋即調度長期借款償還短期借款，以節省利息支出。
2.110至114年度長期債務中「其他長期負債」，係依行政院109年3月27日院臺科字第1090008939號暨109年5月22日院授主基營字第1090200493號函同意「新竹生物醫學園區第二生技大樓」由園區作業基金以價購方式取得，價購金額27.66億元，採16年無息分期付款方式，自110年至125年每年償還1.75億元。
3.109至113年度係決算審定數，114年度為預算案數。
資料來源：國科會提供。
(二)109至114年度借款金額增加595.78億元，利息增幅5.42倍，114年度預計平均每月利息支出2.09億元，允宜留意長短期借貸利率變化趨勢，妥為規劃債務配置及強化管理措施，俾減輕債息負擔
園區作業基金債務中除「其他長期負債」係新竹生物醫學園區第二生技大樓價購經費外，其餘皆為向金融機構借款，借款金額自109年度993.50億元成長至113年度1,202.50億元，114年度預算案再增加至1,589.28億元， 109至114年度6年間共增加595.78億元，且同期間平均借貸利率亦自0.39%上升至1.58%，致利息負擔攀升，109年度利息為3.90億元，113年度增加至17.12億元，114年度預算案已達25.05億元，6年間利息支出大幅增加21.15億元(增幅542.31%)，以114年度預計利息費用25.05億元為例，平均每月利息支出為2.09億元(詳表7)。該基金主要以短期借款支應長期建設所需資金，允宜留意長短期借貸利率變化趨勢，妥為規劃債務配置及強化管理措施，俾減輕債息負擔。
表7 109至114年度各科學園區借款及利息統計表
單位：新臺幣億元；%
項目
年度
借款(A)
利息
平均利率
(B/A)
竹科
中科
南科
合計(B)
109
993.50
0
2.60
1.30
3.90
0.39
110
977.70
0
3.04
1.52
4.56
0.47
111
1,038.30
0.13
4.13
2.59
6.85
0.66
112
1,105.70
0.80
7.12
5.06
12.98
1.17
113
1,202.50
1.52
8.79
6.81
17.12
1.42
114
1,589.28
2.95
14.05
8.05
25.05
1.58
說 明：1.109至113年度為決算審定數，114年度為預算案數。
2.113及114年度利息金額已包含利息資本化之金額。
資料來源：國科會提供。
(三)近年債務清償所需時程略見下降趨勢，惟預計115年度以後將新增債務逾1,400億元，經推估整體債務清償所需時程將大幅增加
若以當年度園區作業基金收支賸餘數全數撥充基金計算債務清償所需時程，自109年度24.43年縮短至113年度15.59年，惟114年度預算案數編列債務增加及收支賸餘數減少，致債務清償所需時程將增加至33.03年，再依該基金114年度預算書所載，115年度以後中科及南科預計分別再增加370.35及1,073.99億元債務，合計1,444.34億元，加計114年度預算案數後整體債務為3,050.78億元，若以113及114年度收支賸餘數分別計算，債務清償所需時程分別為38.93及62.73年(詳表8)。
表8 109至114年度各科學園區借款及利息統計表
單位：新臺幣億元；年
年度
債務總額
(A)
收支賸餘數
(B)
債務清償
所需時程(A/B)
109
993.5
40.67
24.43
110
1,001.86
53.98
18.56
111
1,060.71
58.87
18.02
112
1,126.36
53.16
21.19
113
1,221.41
78.37
15.59
114
1,606.44
48.63
33.03
115以後
3,050.78
78.37(113年度)
48.63(114年度)
38.93
62.73
說 明：1.109至113年度為決算審定數，114年度為預算案數。
2.115年度以後係依114年度預算書載列預估增加債務1,444.34億元，加上114年度預算案數1,606.44億元，債務總額為3,050.78億元。
資料來源：114年度以前為國科會提供，115年度係摘自園區作業基金114年度預算書所載資料。