為推動特定公共政策，確保資金專款專用及提升財政運作效率，政府設置諸多非營業特種基金，隨著規模膨脹益增，總預算與併計特別預算後之整體預算規模及歲計餘絀無法完整呈現政府財政全貌，加以執行上較為彈性，易生政府收支移由非營業特種基金編列或增設基金之流弊。謹說明如下：
(一)非營業特種基金預算總收入及總支出大幅膨脹，且超逾總預算規模，總預算與整體預算規模及歲計餘絀難以呈現財政全貌
如表4-1-1所示，105至114年度間編列附屬單位預算之非營業特種基金介於101至106個，同期間總收入預算規模自2兆6,037億元增長至3兆7,087億元，總支出自2兆5,692億元增長至3兆6,592億元，超逾總預算規模2兆9,250億元。依預算法第86條第1項規定略以，非營業基金僅須將由庫撥補額或應繳庫額編入總預算，並非納編整體收支，又行政機關僅以總預算加計特別預算之整體預算為基礎，設算歲出、歲計餘絀數據及其占GDP比率，以分析我國財政狀況並進行國際比較，無法完整呈現政府運作收支全貌，不利整體管控。
表4-1-1 105至114年度編列附屬單位預算之非營業特種基金與總預算概況表 單位：個；新臺幣億元
類別
年度
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
非營業特種基金
個數
105
106
104
102
101
102
103
104
104
105
總收入
26,037
26,109
26,603
28,236
28,918
29,881
30,915
33,181
34,924
37,087
總支出
25,692
25,712
26,200
27,787
28,356
29,018
30,422
32,780
34,710
36,592
總預算
歲入
18,224
18,415
19,194
19,926
21,070
20,535
22,670
25,796
27,255
31,648
歲出
19,759
19,740
19,669
19,980
20,776
21,359
22,511
26,891
28,519
29,250
說 明：114年度非營業特種基金為預算案數，其餘為法定預算數；不含追加預算及信託基金。
資料來源：整理自各年度中央政府總預算及附屬單位預算資料。
(二)部分公務預算收支移由非營業特種基金編列，規模大為成長，明細未能完整呈現於公務或總預算，增加預算審議複雜性
政府除設置非營業特種基金，將鉅額財源交其執行事務外，據各部會填復資料顯示，中央研究院、內政部國土管理署、金融監督管理委員會、海洋委員會海洋保育署、國家科學及技術委員會中部科學園區管理局、教育部體育署、勞動部勞工保險局、勞動部、經濟部能源署、農業部農糧署、農業部漁業署、農業部農業金融署、農業部農業科技園區管理中心、衛生福利部中央健康保險署等機關亦將部分公務預算計畫或業務移由非營業特種基金執行，規模概自移列前公務預算編列之歲入5,663萬8千元大幅成長至113年度非營業基金收入自編決算數111億7,517萬9千元及114年度預算案數126億1,898萬6千元；歲出自移列前公務預算編列之36億6,213萬8千元大幅成長至113年度非營業基金支出自編決算數120億7,515萬3千元及114年度預算案數139億700萬3千元，部分機關計畫項目因執行期程屆滿或政策調整，近期未再續編相關預算，其中大部分支出約占9成，係由公庫撥款支應，尚無自主財源(詳表4-1-2)；按前開收支規模大幅擴增，雖部分係因農業部農糧署移列前資料年代久遠未能提供所致，惟明細未能完整呈現於公務或總預算，增加預算審議複雜性。
表4-1-2 各機關計畫或業務移列非營業特種基金一覽表 單位：新臺幣千元
公務預算原編情形
移列情形
基金
名稱
移列年度
近期收入(基金來源)
近期支出(基金用途)
機關
計畫/業務
歲入數
歲出數
113年度
自編決算數
114年度
預算案數
113年度
自編決算數
114年度
預算案數
中央研究院
場地設施使用費-育成中心
28,425
-
中央研究院科學研究基金
103
164,444
145,206
-
-
學術審議及研究獎助-學術發展及交流合作-與國內外大學及研究機構合作辦理學程及研究進修計畫
-
6,700
-
-
5,531
4,860
學術審議及研究獎助-學術發展及交流合作-技術移轉及智慧財產權
-
18,997
-
-
33,348
45,036
數理科學研究
-
3,377
生命科學研究
-
19,606
主題研究與人才培育-跨所(處)新領域之開發及研究環境之改善-育成中心
-
47,069
-
-
2,152
3,278
主題研究與人才培育-臺灣人體生物資料庫計畫
-
342,672
-
-
243,318
254,775
主題研究與人才培育-農業生物技術創新研發計畫
-
113,410
104
-
-
-
-
營建工程-國家生技研究園區
-
2,356,303
-
-
466,556
437,507
內政部國土管理署
非都市土地開發許可審查費
4,200
-
國土永續發展基金
111
7,813
3,000
-
-
環境敏感地區單一窗口查詢費
10,213
-
111
40,541
40,140
-
-
金融監督管理委員會
一般行政
-
750
金融監督管理基金
112
-
-
745
750
海洋委員會海洋保育署
海洋棄置費收入
12,000
-
海洋污染防治基金
114
-
24,000
-
-
污染防治潔淨海洋計畫(113年-116年)
-
294,372
114
-
-
-
137,220
國家科學及技術委員會中部科學園區管理局
投資推廣-業務推展-業務費-中科簡訊委外編印案
-
1,880
科學園區管理局作業基金
114
-
-
-
2,060
教育部體育署
補助國訓中心基本維運及管理
-
159,800
運動發展基金
112
-
-
303,766
323,700
勞動部勞工保險局
保險業務/職業災害給付業務/辦理失能給付案件之受理、審核及行政救濟、訴追等業務之醫療單位審查費
-
1,400
勞工保險局作業基金
111
-
-
291
308
保險業務/職業災害給付業務/辦理傷病給付、失能給付、死亡給付案件之受理、審核及行政救濟、訴追等業務之查調病歷費
-
10,374
111
-
-
11,735
8,000
保險業務/職業災害給付業務/辦理傷病給付、失能給付、死亡給付、醫療給付案件之受理、審核及行政救濟、訴追等業務之醫師審查費
-
10,728
111
-
-
8,265
8,689
勞動部
勞動條件及就業平等業務/促進職場平權，落實就業平等/補助性別平等工作訴訟法律扶助費用
-
150
就業安定基金
114
-
-
445
23,920
經濟部能源署
能源規劃與國際交流-業務費-國內組織會費
-
15
經濟特別收入基金
112
-
-
16
16
能源規劃與國際交流-業務費-國內組織會費
-
15
能源研究發展基金
112
-
-
16
16
農業部農糧署
農糧管理
-
73,979
農業發展基金
111
486,341
525,521
525,695
525,521
農業部漁業署
漁業管理
-
6,274
111
26,000
26,000
4,134
26,000
農業部農業金融署
農業保險推動及輔導相關
-
4,644
111
10,900
12,114
10,668
12,114
農業部農業科技園區管理中心
農業管理/農業生
-
5,950
農業科技園區作業基金
111
4,276
4,000
5,835
6,000
物技術園區管理
-
6,900
111
5,925
7,300
1,800
10,600
112
11,849
9,390
農業部農糧署
稻穀價差補貼及水旱田調整
-
說明3
農業發展基金/農產品受進口損害救助基金
90/
94
10,434,864
11,839,005
10,434,864
11,839,005
衛生福利部中央健康保險署
科技業務-持續提供高品質健保服務-擴大應用醫療科技評估機制及建立多元評估支付模式，強化健保資源合理配置
-
30,183
全民健康保險基金
114
-
-
-
88,000
健保業務-推動醫審及藥材作業-健保藥物收載建議案審查
-
23,000
-
-
-
37,500
健保業務-推動醫審及藥材作業-健保醫療費用總額審查作業
-
112,990
-
-
-
106,038
合計
56,638
3,662,138
非公庫撥款
217,074
216,346
1,099,792
1,504,363
公庫撥款
10,958,105
12,402,640
10,975,361
12,402,640
合計
11,175,179
12,618,986
12,075,153
13,907,003
說 明：1.表列公務預算原編數，均為移列至非營業特種基金前一年度之預算數。
2.國家生技研究園區計畫初期經費含開發費用，113及114年度僅營運費用。
3.稻穀價差補貼及水旱田調整移列前資料久遠，無法提供數據。
4.部分數據四捨五入之故，或與合計有所出入。
資料來源：各部會填復資料。
(三)非營業特種基金預算執行之審核管控恐偏於寬鬆，大幅提升政府將政策及計畫移由基金辦理之運作彈性
非營業特種基金具備財務管理獨立性與較高之執行彈性，得突破年度預算限制與程序約束，可分擔中央預算平衡壓力，常成為政府偏好採行之制度工具。如：
1.政府以國庫撥補或人民其他公法上金錢給付撥入指定用途專款專用之非營業特種基金，支應各項支出，未支用完畢無須統收統支解繳國庫，留存專戶循環使用；本院刪減公務預算，行政機關亦得以特種基金執行，不影響特定政事推動，易形成各項業務增加而總預算數額未膨脹現象，削弱公務預算統收統支之財源調度彈性，降低國家預算透明度及問責性。
2.公務預算與基金會計制度存在帳務處理方式差異，如設備及投資屬公務預算歲出，移列至作業基金後則於採購年度編列平衡表項下固定資產科目，嗣按財產年限分攤於以後各年度，認列支出項下折舊折耗費用，縱使總預算說明併列基金收入及支出，亦難規避同一事項移列以後年度所造成歲出下降之假象。
3.公務預算須嚴格遵守預算程序撥款，經費流用彈性受預算法第62及63條嚴格限制，並禁止預算外支出，符合特定要件方得於額度內動支第一及二預備金，或經本院審議通過始得辦理追加減預算，以因應不可預見之施政需求。反觀非營業特種基金可先行辦理以因應市場或營運變化，僅須辦理超支併決算及重大項目補辦預算，相關經費原則可於預算總額內辦理，不受前開流用、預算外支出、額度及先經本院審議等限制（詳表4-1-3），具營運彈性及動態調整能力，審議管控較寬鬆。
表4-1-3 公務預算與非營業特種基金執行管控主要差異表
項目
預算法條次
公務預算
(單位預算)
非營業特種基金
(附屬單位預算)
基本原則及動支彈性
25、26、27；89準用87、88
預算外支出原則禁止，不得於預算所定外動用公款、處分公有財物、投資或增加債務，大宗動產、不動產買賣交換亦須依預算程序進行。
依分期實施計畫及收支估計執行，配合業務增減需要隨同調整之收支，併入決算辦理；另經營環境重大變遷或業務需要，經行政院核准可先行辦理，惟重大項目需補辦預算。
預備金
22、64、70
單位預算設定第一預備金，數額不得超過經常支出總額1%，總預算設置統籌科目第二預備金，於預算編列額度內支用，本院刪除(減)項目不得動支。
無預備金，透過先行辦理機制應變。
經費
流用
62、63；89準用87；附屬單位預算執行要點第10點(九)、第12點(一)、第17點及第27點(三) 、(八)、(十)、(十一)及（十二）
同一工作計畫內用途別科目可流用，但具流入/流出比例限制(20%)，不得流用為用人經費，本院刪減項目不得流用。
固定資產、無形資產、補助及捐助及政事基金用途執行等於原預算總額內調整容納；收支配合業務增減調整，併決算辦理，不受流用限制(詳說明)，更具彈性。
追加減預算
79、81、82；89準用88
增加業務、新機關或重大事故等情況可補列預算，提出追加預算，比照總預算須經本院審議;歲入特別短收時，由行政院提出追加減預算調整。
補辦預算採備查制及補列於預算，無須先經本院審議通過後動支。
說 明：非營業特種基金不受流用限制管控係依主計總處說明。
資料來源：法源法律網。
爰此，非營業特種基金預算執行之審核管控較公務預算寬鬆，大幅提升政府將政策及計畫移由基金辦理之運作彈性。