(一)教育部主管
教育部主管之醫院作業基金係包含國立陽明交通大學附設醫院作業基金、國立成功大學附設醫院作業基金及國立臺灣大學附設醫院作業基金。上述醫院作業基金皆為我國兼具醫學教育、臨床研究與醫療服務功能之核心單位。為強化其臨床與研究功能，教育部每年編列相關補助經費。揆教育部補助該等醫院作業基金主要項目為臨床教學研究補助收入(詳表2-2-1)，112及113年度之決算數分別為8億6,260萬5千元、8億9,506萬1千元，114年度預算數更達9億2,045萬7千元，較112年度成長6.71%。
進一步檢視近3年度(112至114年度)核撥予個別醫院作業基金之補助經費，亦均呈逐年上升趨勢，其中陽明交通大學附設醫院，由112年度決算1億6,121萬5千元，增至114年度預算之1億7,206萬6千元，增幅6.73%；同期間成功大學附設醫院及所屬，由2億4,039萬1千元，增至2億5,661萬1千元，增幅6.75%；至臺灣大學附設醫院及所屬，則由4億6,099萬9千元，增至4億9,178萬元，增幅6.68%。顯見三個醫院作業基金皆獲得穩定且逐年增加之補助款。
表2-2-1 教育部對所屬醫院之主要補助明細表 單位:新臺幣千元
預算編列項目
工作或業務計畫名稱
補助項目
112年度
決算數
113年度決算數
114年度
預算數
陽明交通大學附設醫院
國立大學校院教學與研究輔助計畫
臨床教學研究補助收入
161,215
167,188
172,066
成功大學附設醫院及所屬
國立大學校院教學與研究輔助計畫
臨床教學研究輔助收入
240,391
249,542
256,611
臺灣大學附設醫院及所屬
國立大學校院教學與研究輔助計畫
臨床教學研究補助收入
460,999
478,331
491,780
合計
862,605
895,061
920,457
資料來源：教育部所屬各醫院作業基金提供；本中心整理。
(二)退輔會主管
退輔會主管之榮民醫療作業基金涵蓋各榮民總醫院及其分院，其主要補助各榮民總醫院及分院項目，係包含三大類，醫學臨床教學、一般行政及榮民醫療照護(詳表2-2-2)。112及113年度之決算數分別為29億9,432萬1千元及31億262萬9千元，114年度預算數則為31億3,746萬2千元，整體呈穩定上升趨勢。其中以醫學臨床教學研究為最大宗，112至114各年度占其年度主要補助總金額比率介於34.23%至35.15%間，逐年增長，顯見政府持續挹注醫療教育；另觀察榮民醫療照護補助內容，涵蓋項目包含社區醫療及居家護理、長照轉介照服人力補助、公共衛生推廣、高齡醫學發展與照護、安寧緩和醫療照護等，與國家政策推動方向具有連結性。
表2-2-2 退輔會對所屬醫院之主要補助明細表 單位:新臺幣千元
預算編列項目
工作或業務計畫名稱
補助項目
112年度
決算數
113年度
決算數
114年度
預算數
醫學臨床教學
臨床教學研究
1,025,034
1,075,034
1,102,687
一般行政
優存利差
82,469
75,462
74,348
榮民醫療照護
社區醫療服務及居家護理
165,728
183,488
183,489
舊制退休及撫卹金
729,307
758,479
758,479
住宿式長照及護家轉健保床照服員
471,122
477,341
489,135
榮民醫療照護
公共衛生補助
237,780
249,942
237,780
高齡醫學發展與照護
207,280
207,282
215,943
安寧緩和醫療照護與推廣
75,601
75,601
75,601
合計
2,994,321
3,102,629
3,137,462
資料來源：榮民醫療作業基金提供；本中心整理。
(三)衛福部主管
衛福部主管之醫療藥品基金包含部立醫院共計26家，係配合國家衛生政策推動，致力於強化醫療資源分配均衡，補足偏鄉、離島及醫療弱勢地區之照護缺口，除提供基本診療服務外，亦承擔公共衛生、傳染病防治、精神病患照護等政策性任務。112及113年度衛福部補助所屬部立醫院之決算數(詳表2-2-3)分別為39億1,039萬2千元及40億2,667萬元，114年度預算數為40億9,896萬元，呈穩定上升趨勢。其中，最主要補助項目為人事費，112及113年度之決算數為25億5,954萬6千元及26億8,468萬6千元，114年度預算數為26億5,217萬元。
表2-2-3 衛福部對所屬醫院之主要補助明細表 單位: 新臺幣千元
預算編列項目
工作或業務計畫名稱
補助項目
112年度
決算數
113年度
決算數
114年度
預算數
醫院營運業務-醫院營運輔導
補助所屬醫院營運所需人事費
2,559,546
2,684,686
2,652,170
公費就養及醫療補助
227,778
214,646
219,703
漢生病巡迴檢診費用
444
444
444
結核及胸腔病防治業務費
444
444
444
醫院營運業務-醫院營運輔導
樂生園區整體發展計畫
9,270
4,804
-
補助所屬醫院原由銓敘部統籌科目支出之早期退休公務人員照護金、公務人員殮葬補助、公務人員舊制年資退休撫卹金、優惠存款利息差額、及依公務人員退休資遣撫卹法與其施行細則規定，所屬醫院因年金改革節省退撫給付挹注公務人員退休退撫卹基金經費等
1,094,322
1,103,029
1,212,880
護理及健康照護業務(強化護理及健康照護量能-離島地區醫院提升優質照護服務計畫)
水費、電費、醫療廢棄物清除處理費、設備維護保養、約用護理人員久任獎金及特殊證照獎金、其他醫療照護品質及支援社區基層醫療照護提升、空中醫療轉送教育訓練課程
18,588
18,617
13,319
合計
3,910,392
4,026,670
4,098,960
說 明：公費就養及醫療補助係包含精神疾病、漢生病及烏腳病之養護床。
資料來源：衛福部提供。
(四)國防部主管
國防部主管之「國軍生產及服務作業基金-醫療事業」，旨在提供國軍官兵、眷屬及一般民眾之醫療服務，並加強醫學研究，以提升國軍醫院整體醫療品質，由國防部軍醫局負責管理，所屬醫療營運單位包括：三軍總醫院(含松山分院、北投分院、基隆分院及澎湖分院)、國軍桃園總醫院(含新竹分院)、國軍臺中總醫院(含中清分院)、國軍高雄總醫院(含屏東分院)、國軍左營總醫院(含岡山分院)、國軍花蓮總醫院。依國防部軍醫局提供資料，112至114年度國防部對該醫療事業基金並無撥付補助經費。