我國預算制度以年度總預算為原則，然因應緊急或重大事件，行政院得依預算法第83條規定提出特別預算，顯示法律已賦予行政部門於年度總預算外提出特別預算之權限。惟回顧近20餘年之實務運作，自90年度九二一震災災後重建特別預算以來，均透過「先制定特別條例，再編列特別預算」之模式運作，已成為行政與立法部門之行政實務與議事慣例，並使歷年總預算與特別預算多呈雙軌並行現象。按此運作模式對於行政部門之施政彈性、立法部門之監督權限，以及財政紀律之維護，均帶來不同影響，爰本文謹就特別預算之法源依據、歷年編列概況及其實務運作情形，綜合探討特別預算之提出，是否應以制定特別條例為前提，並分析其對行政與立法職權之影響，以期提供特別預算制度檢討之參據。