加工出口區管理處110年度於「加工出口區管理--投資貿易業務」編列185萬1千元，辦理輔導廠商轉型宣導、產官學研訓座談、國內出差旅費及國外旅費(國際會議、考察招商)等業務。經查：
(一)加工出口區管理費以廠商營業額及建物面積等作為計算基準
加工處管理全國各加工出口區，負責園區開發、招商引資、單一窗口申辦服務及推動用地效能提升，該處依加工出口區設置管理條例第22條第1項規定設置加工出口區作業基金，其中管理收入為該作業基金最主要之收入來源。復按加工出口區管理費規費及服務費收費標準規定，管理費係按區內事業之營業額、行業別費率及建築物樓地板面積等項目計收；另針對符合特定條件之業者，則訂有每月最低管理費1千元之相關規定。
惟依據108年度中央政府總決算審核報告，截至108年底止10處加工出口區共進駐744家廠商，其中因營運狀況欠佳，繳納最低園區管理費每月1千元者逾20家，繳納期間介於10個月至17年，不利基金穩健營運。
(二)105年以後入區廠商之基本費改按建築物樓地板面積計收
依加工處提供資料，截至109年7月底繳納每月最低管理費1千元之廠商為24家(詳表1)，其中園區支援性產業共17家(區內大廠之協力廠商或關係企業4家、非製造業13家)，廠房低度使用為7家。若檢視上開廠商所在之園區，其中楠梓園區8家、高雄園區5家，高雄臨廣園區7家、臺中園區3家、中港園區1家。截至109年7月底，上開廠商繳納最低管理費每月1千元之月數，介於17個月至217個月(18年)間，且每年僅繳納管理費1.2萬元，遠低於渠等每年繳納予加工處之廠房、辦公廳舍或土地租金2.8萬餘元至107萬餘元。
詢據加工處，該處為改善管理費基本費1千元偏低造成管理支出大於收入狀況，經考量廠商租用土地面積、使用樓地板面積、員工數、水電費等而擬訂多種方案，且與民意代表、區內各公會、廠協會溝通後定案，將基本費計收由1千元改按建築物樓地板面積8元/㎡/月，施行對象為所有加工區新投資廠商，並於104年11月26日公告，105年1月1日施行。至於本案繳納基本費1千元之廠商係為105年以前入區之廠商，基於信賴保護原則，而未適用修正後之收費標準。
表1 加工出口區繳納最低管理費業者名單(截至109年7月底)
單位：新臺幣元；月數
園區名稱
公司名稱
產業別
向加工處承租之每年租金
(不含向企業承租或自有)
繳納最低管理費月數
廠房及辦公廳舍
土地
楠梓
1.亞Ｏ科技有限公司楠梓分公司
製造
313,548
187
2.日Ｏ瑞(股)公司
製造服務
830,976
-
148
3.高Ｏ(股)公司
貿易
服務
-
138
4.美Ｏ創科技(股)公司
貿易
-
101,220
136
5.台灣佐Ｏ(股)公司
製造
-
1,073,388
94
6.百Ｏ貿易有限公司
貿易
-
119,736
66
7.嘉Ｏ電子(股)公司
製造
-
123,396
50
8.人Ｏ人企管顧問(股)公司
製造
貿易
-
24
高雄
高雄
9.逸Ｏ電子(股)公司
貿易
-
171,444
210
10.賢Ｏ實業(股)公司
製造
-
28,860
188
(說明1)
11.億Ｏ精密工業(股)公司高加分公司
貿易
-
477,600
74
12.琳Ｏ科先進科技(股)公司
貿易
-
893,400
44
13.聖Ｏ企業(股)公司高雄分公司
製造
-
166,524
26
高雄（臨廣園區）
14.統Ｏ光訊(股)公司高雄分公司
貿易
-
132,276
153
15.亞Ｏ多生技發展有限公司
服務
-
32,724
96
16.華Ｏ電線電纜(股)公司臨廣分公司
貿易
-
521,112
58
17.星Ｏ企業有限公司
製造
506,268
-
56
(說明1)
18.和Ｏ寬頻(股)公司高雄分公司
服務
-
869,028
54
19.慶Ｏ興企業有限公司
製造
390,984
-
36
20.晴Ｏ生技(股)公司
製造
390,984
-
17
(說明1)
臺中
21.聯Ｏ投資(股)公司
金融保險
-
217
22.利Ｏ投資(股)公司
金融保險
-
200
23.秦Ｏ社國際(股)公司
貿易
-
167,304
28
中港
24.俞Ｏ企業(股)公司
貿易
30
說 明：1.賢Ｏ實業(股)公司109年4月繳費超過1,000元、星Ｏ企業有限公司108年11及12月繳費超過1,000元、晴Ｏ生技(股)公司108年11及12月繳費超過1,000元。
2.表列需支付土地租金之廠商，係廠房或辦公廳舍為該公司自有。
資料來源：加工出口處提供。
(三)公務預算仍編列預算支應加工出口區部分業務，基於使用者付費原則，允宜檢討修改管理費最低收費標準之適用條件
為推展加工出口區相關業務，加工處110年度預算案除編列投資貿易業務185萬1千元，辦理輔導廠商轉型宣導等業務，並於「勞工行政、環境保護及景觀綠化」編列204萬3千元。
考量上開計畫係辦理加工出口區之投資貿易業務、勞工行政等，攸關加工出口區廠商之作業環境，爰編列公務預算支應，惟部分受益之加工出口區廠商持續多年僅繳納每月最低1千元管理費，卻可享受加工出口區之管理服務(含駐區員警)，恐有違使用者付費及比例原則。基此，加工處所稱基於信賴保護原則，針對105年1月1日以前入區廠商，仍可適用最低每月1千元管理費之情形，洵非妥適；況不同時期進入園區廠商，皆對加工出口區營收產生貢獻，不宜採取差別待遇，允宜檢討改善。
綜上，加工處110年度於公務預算編列相關經費辦理加工出口區之管理，近年雖修改管理費基本費收費標準，原則改按建築物樓地板面積計收，惟早期入區之部分廠商仍有多年僅繳交每月最低管理費1千元情形，有欠公允，允宜檢討改善，落實使用者付費原則，俾強化加工出口區管理效能及提升經營績效。