110年度行政院主計總處預算案「中央總預算核編及執行」業務計畫編列376萬1千元，主要係辦理中央政府總預算之審議與編印、預算制度之研究改進及派員實地查核各公務機關預算執行等工作。按中央政府總預算每年補助特別收入基金金額龐鉅，影響財政收入之整體運用，謹說明如下：
(一)特別收入基金應有國庫撥補以外之適足財源
1.預算法第4條第1項第2款第5目規定：「有特定收入來源而供特殊用途者，為特別收入基金。」
2.110年度中央及地方政府預算籌編原則第5點第4款規定：「新設非營業特種基金應依法律或配合重要施政需要，並具備政府既有收入或國庫撥補以外新增適足之財源，且所辦業務未能納入現有基金辦理，始得設立。已設立之基金，應依中央政府非營業特種基金裁撤機制辦法檢討其存續或裁撤事宜，並配合編列有關之預算。」
3.準此，特別收入基金應有國庫撥補以外之特定收入來源，且足供支應其特殊用途，以維持基金運作。
(二)中央政府總預算每年補助特別收入基金逾900億元，其中近8成補助高度仰賴國庫撥款之少數基金
1.依審計部調查106年度至108年度中央政府特別收入基金接受公庫撥款收入總額，分別為990億餘元、907億餘元及927億餘元，占基金來源之比率分別為39.78%、32.97%及33.02%，其中分別有10個、8個及9個基金比率達9成以上，合計接受公庫撥補收入分別為807億餘元、702億餘元及810億餘元，各占當年度總金額之81.52%、77.40%及87.38%；又國土永續發展基金、農村再生基金、農業天然災害救助基金、花東地區永續發展基金、家庭暴力及性侵害防治基金、行政院國家科學技術發展基金及行政院公營事業民營化基金等7個基金連續3年接受公庫撥補收入占比均逾9成(詳表1)。
2.檢視審計部提供108年度計49個特別收入基金及其分基金之接受公庫撥款收入情形(詳表2)，其中僅15個基金接受公庫撥款收入，惟高度仰賴國庫財源者(占比逾9成)達9個基金(占總數之18.37%)，金額最高者為行政院國家科學技術發展基金之349億餘元，農村再生基金之251億餘元居次。有鑑政府每年補助特別收入基金龐鉅，108年度特別收入基金接受公庫撥款收入927億餘元，占基金來源2,810億餘元之比率達33.02%，且仍有毒品防制基金等9個基金高度仰賴國庫撥款，尚乏其他特定收入之適足財源，不僅與特別收入基金精神未盡相符，又隨著法律義務支出逐年增長，可能影響政府其他重要施政計畫，不利整體財政收入之統籌規劃與運用。
綜上，近年中央政府總預算每年補助特別收入基金逾900億元，其中近8成金額補助高度仰賴國庫撥款之少數基金，特別收入基金缺乏特定收入財源而多仰賴國庫撥款，與預算法第4條特別收入基金相關規定未盡相符，允宜檢討落實各該基金應具備國庫撥補以外財源之適足性，俾減輕政府財政負擔，增加可彈性規劃運用資源。
表1 106年度至108年度特別收入基金接受公庫撥款收入占比逾9成明細表
單位：新臺幣千元、%
附屬單位預算
分預算
106年度
107年度
108年度
金額
占比
金額
占比
金額
占比
國土永續發展基金
127,345
100.00
120,168
100.00
97,393
99.99
大專校院轉型及退場基金
2,500,000
100.00
農業特別收入基金
農村再生基金
15,277,212
99.87
22,896,582
99.83
25,116,162
99.78
農業特別收入基金
農業天然災害救助基金
1,994,850
99.86
5,160,783
99.94
2,511,168
99.90
花東地區永續發展基金
1,147,953
99.75
1,044,200
99.29
997,500
98.80
衛生福利特別收入基金
家庭暴力及性侵害防治基金
238,754
99.60
235,624
98.82
235,566
98.81
新住民發展基金
300,000
98.41
300,000
99.14
行政院國家科學技術發展基金
40,886,292
95.29
32,721,696
92.91
34,934,204
94.13
農業特別收入基金
農產品受進口損害救助基金
10,774,306
91.10
8,615,930
90.80
行政院公營事業民營化基金
7,545,811
90.90
7,722,324
96.18
8,161,200
97.34
毒品防制基金
－
－
－
－
361,101
99.99
金額小計
80,792,523
70,201,377
81,030,224
說 明: 1.毒品防制基金係於108年度設立。
2.左斜框線代表該基金該年度或無公庫撥款收入，或公庫撥款收入占基金來源比率未達9成。
3.政府撥入收入含其他政府機關奬補助收入，上表僅計算公庫撥款收入。
資料來源:審計部提供，本報告自行整理。
表2 108年度特別收入基金接受公庫撥款收入一覽表 單位：新臺幣千元、%
附屬單位預算
分預算名稱
公庫撥款收入
基金來源
公庫撥款占比
合計
92,796,250
281,036,231
33.02
毒品防制基金
361,101
361,108
99.99
國土永續發展基金
97,393
97,396
99.99
農業特別收入基金
農業天然災害救助基金
2,511,168
2,513,628
99.90
農業特別收入基金
農村再生基金
25,116,162
25,170,342
99.78
衛生福利特別收入基金
家庭暴力及性侵害防治基金
235,566
238,391
98.81
花東地區永續發展基金
997,500
1,009,590
98.80
行政院公營事業民營化基金
8,161,200
8,384,269
97.34
行政院國家科學技術發展基金
34,934,204
37,113,021
94.13
農業特別收入基金
農產品受進口損害救助基金
8,615,930
9,489,221
90.80
就業安定基金
勞工權益基金
25,000
32,111
77.85
農業特別收入基金
農業發展基金
9,295,127
15,288,297
60.80
中央研究院科學研究基金
1,405,403
4,209,408
33.39
衛生福利特別收入基金
疫苗基金
730,160
3,053,390
23.91
衛生福利特別收入基金
社會福利基金
161,177
3,434,796
4.69
就業安定基金
149,158
23,919,634
0.62
離島建設基金
－
5,045
－
反托拉斯基金
－
8,167
－
新住民發展基金
－
2,426
－
警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金
－
3,759
－
研發及產業訓儲替代役基金
－
750,695
－
環境保護基金
空氣污染防制基金
－
4,904,788
－
環境保護基金
資源回收管理基金
－
1,742,872
－
環境保護基金
土壤及地下水污染整治基金
－
1,177,763
－
環境保護基金
水污染防治基金
－
194,250
－
環境保護基金
環境教育基金
－
413,644
－
環境保護基金
溫室氣體管理基金
－
455,922
－
核子事故緊急應變基金
－
117,109
－
衛生福利特別收入基金
醫療發展基金
－
2,015,931
－
衛生福利特別收入基金
全民健康保險紓困基金
－
667,310
－
衛生福利特別收入基金
藥害救濟基金
－
83,802
－
衛生福利特別收入基金
菸害防制及衛生保健基金
－
7,331,131
－
衛生福利特別收入基金
預防接種受害救濟基金
－
21,221
－
衛生福利特別收入基金
食品安全保護基金
－
224,848
－
衛生福利特別收入基金
生產事故救濟基金
－
225,045
－
衛生福利特別收入基金
長照服務發展基金
－
41,571,708
－
經濟特別收入基金
推廣貿易基金
－
5,257,402
－
經濟特別收入基金
能源研究發展基金
－
2,925,561
－
經濟特別收入基金
石油基金
－
4,965,593
－
經濟特別收入基金
再生能源發展基金
－
7,667,150
－
核能發電後端營運基金
－
19,291,258
－
金融監督管理基金
－
27,330,005
－
航港建設基金
－
9,264,432
－
通訊傳播監督管理基金
－
342,020
－
有線廣播電視事業發展基金
－
343,176
－
大專校院轉型及退場基金
－
102
－
學產基金
－
797,434
－
運動發展基金
－
4,460,374
－
農業特別收入基金
林務發展及造林基金
－
2,158,768
－
農業特別收入基金
漁業發展基金
－
893
－
資料來源:審計部。