110年度行政院主計總處預算案「特種基金預算核編及執行」業務計畫編列217萬2千元，辦理特種基金預算之籌編、編印與執行等所需經費；及於「會計及決算業務」業務計畫編列371萬1千元，係辦理加強督導考核中央政府各機關及各特種基金會計制度之實施狀況等業務。經查：
(一)近年發生短絀之特別收入基金概呈增加，108年度超逾半數，且部分基金連年發生短絀或基金餘額已為負數
依審計部提供106年度至108年度發生短絀之特別收入基金分別計14個、20個及26個，概呈增加趨勢，且108年度計49個特別收入基金及其分基金，其中26個基金發生短絀，已逾半數；其中離島建設基金等10個基金連續3年發生短絀，花東地區永續發展基金等9個基金連續2年發生短絀(詳表1)，另迄108年底行政院公營事業民營化基金、農業發展基金之基金餘額各為負622億餘元、負23億餘元。
(二)行政院公營事業民營化基金及農業發展基金已研議退場或改善，允宜落實執行
1.中央政府非營業特種基金裁撤機制辦法第4條：「特別收入基金、資本計畫基金之基金餘額為負數，或其可用資金不足者，應加強財務控管；如無新增適足財源，其支出不得超出年度預算總額，並由主管機關提出改善計畫，進行專案輔導改善。」
2.洽據主計總處表示，國家發展委員會於107年7月3日召開之研商非營業特種基金退場檢討會議決議（由陳前主任委員美伶主持），同意行政院公營事業民營化基金退場，由財政部研議中；另該總處於109年4月函請農業委員會就農業發展基金依前揭規定提出改善計畫，進行專案輔導。
綜上，部分特別收入基金遲未具國庫撥補以外之適足財源，致近年發生短絀之特別收入基金概呈增加，108年度超逾半數，且部分基金連續2年或3年發生短絀，或108年底基金餘額已為負數，該總處允宜依職權賡續督促研謀改善。
表1 106年度至108年度中央政府特別收入基金短絀概況表
單位：新臺幣千元
序號
附屬單位預算
分預算
106年度
107年度
108年度
1
離島建設基金
-687,176
-786,673
-754,390
2
花東地區永續發展基金
-533,283
-1,151,246
3
反托拉斯基金
-6,680
4
新住民發展基金
-311,852
5
警察消防海巡移民空勤人員及協勤民力安全基金
-12,424
-37,175
-24,814
6
環境保護基金
空氣污染防制基金
-1,212,399
-2,118,674
7
環境保護基金
資源回收管理基金
-141,029
-179,115
-319,483
8
環境保護基金
土壤及地下水污染整治基金
-160,755
-130,620
9
就業安定基金
勞工權益基金
-11,623
-7,071
-18,244
10
中央研究院科學研究基金
-1,093,802
-3,714,909
-256,310
11
衛生福利特別收入基金
醫療發展基金
-1,465,502
-1,785,465
-539,242
12
衛生福利特別收入基金
全民健康保險紓困基金
-429,497
13
衛生福利特別收入基金
菸害防制及衛生保健基金
-3,155,889
-137,660
14
衛生福利特別收入基金
疫苗基金
-165,754
-458,799
15
行政院國家科學技術發展基金
-4,458,394
-1,655,021
16
行政院公營事業民營化基金
-105,796
-2,345
17
經濟特別收入基金
推廣貿易基金
-1,391,691
-1,684,949
-314,407
18
經濟特別收入基金
能源研究發展基金
-56,043
-140,132
-245,808
19
經濟特別收入基金
石油基金
-1,877,869
20
經濟特別收入基金
再生能源發展基金
-2,896,373
21
核能發電後端營運基金
-11,204,438
22
通訊傳播監督管理基金
-10,057
-136,238
23
大專校院轉型及退場基金
-11,307
-27,134
24
學產基金
-220,030
-140,938
25
農業特別收入基金
農業發展基金
-4,543,654
-5,623,690
-7,399,991
26
農業特別收入基金
農業天然災害救助基金
-1,826,304
-172,846
27
農業特別收入基金
漁業發展基金
-19,641
-15,159
-19,347
28
農業特別收入基金
農產品受進口損害救助基金
-1,278,966
-1,865,749
說 明:本表所列欄位以斜線表達者，為該基金該年度未發生短絀。
資料來源:審計部。