110年度監察院於「國家人權業務」業務計畫項下新增編列辦理國家人權委員會各項法定職權事務經費1億2,397萬4千元；另110年度監察院於「一般行政」業務計畫項下之「人員維持」分支計畫，編列人事費7億148萬5千元，較109年度增列國家人權委員會員額26人之人事費等3,766萬4千元。國家人權委員會以監察院內部單位方式設置，與各委員會處於同等位階，不易彰顯其重要性與獨立(特)性，說明如下：

(一)為促進及保障人權，監察院設國家人權委員會，其組織以法律定之

為落實憲法對人民權利之維護，奠定促進及保障人權之基礎條件，確保社會公平正義之實現，並符合國際人權標準建立普世人權之價值及規範，監察院擬規劃設置國家人權委員會。基此，監察院於108年6月11日該院第5屆第62次會議討論通過「監察院國家人權委員會組織法草案」、「監察院組織法部分條文修正草案」及「監察院各委員會組織法部分條文修正草案」等3法案，並於同年月19日送請本院審議，108年12月10日世界人權日三讀通過，總統於109年1月8日制定公布「監察院國家人權委員會組織法」，並經監察院定自109年5月1日施行，嗣國家人權委員會已於109年8月1日起正式掛牌運作。

(二)國家人權委員會以監察院內部單位方式設置，與各委員會處於同等位階，不易彰顯其重要性與獨特性

中央行政機關組織基準法第3條規定：「本法用詞定義如下：一、機關：就法定事務，有決定並表示國家意思於外部，而依組織法律或命令設立，行使公權力之組織。…。四、單位：基於組織之業務分工，於機關內部設立之組織。」對「機關」與「單位」二者，有相當明確之定義及劃分。

依監察院組織法第3條第1項及第2項規定：「監察院得分設委員會，其組織另以法律定之。」、「監察院設國家人權委員會，其組織另以法律定之。」各委員會係監察院之內部單位，國家人權委員會亦是如此定位，與同法第4條規定之監察院設審計部，並以機關型態設計不同，復以監察院國家人權委員會組織法第7條內部單位僅規劃設置研究企劃組、訪查作業組、教育交流組，未有人事、主計、政風等幕僚單位之設置，亦可佐證國家人權委員會係屬監察院之內部單位。由於監察院尚有其他監察權職責，國家人權委員會如僅係內部單位之一，除較難落實成立目的外，亦難彰顯其重要性與獨立性。

綜上，國家人權委員會之組織雖係單獨立法(組織法)設置，惟係定位為監察院之內部單位，與各委員會處於同等位階，除不易彰顯其重要性與獨立(特)性，亦較難落實成立目的。