中研院110年度預算案「南部院區」編列8億7,498萬元，較109年度預算數10億9,942萬7千元減少2億2,444萬7千元(減幅20.41%)。經查：
(一)南部院區計畫因工程標案多次流標及缺工缺料等，業修正計畫完成期程，由110年度展延至111年度
行政院104年8月5日核定南部院區先期規劃報告，研究領域係依南部地區之發展特色及該院之願景進行規劃，並設定前瞻技術、光電綠能、農業生技及考古等四大研究主軸。嗣後該院提報南部院區綜合規劃報告，除納入先期規劃之內容外，經考量學術發展及科學研究，遂將研究方向調整為農業生技、循環永續及臺灣文史，並以基礎創新、探索新方向等，深化、輔助五加二產業及其他創新產業，更可將該院既有之研究能量，在南、北院區進一步擴張、延伸。
南部院區計畫估計總經費55.45億元，包含用地取得15.45億元、先期規劃階段作業費1.12億元及建造工程費38.88億元；原計畫期程係自105年度至110年度，惟因工程標案多次流標及施工期間有缺工缺料等，行政院業於109年9月2日核定修正計畫，將計畫完成期程由110年展延至111年等。
(二)第1棟研究大樓興建工程原定109年9月完工並取得使用執照，惟該使用執照部分尚在臺南市政府審議中
南部院區計畫截至109年度已編列預算數38億9,842萬5千元，109年7月底累計執行數24億8,225萬3千元(詳表1)，累計執行數占截至109年度已編列預算數之63.67%。另依修正計畫之規劃期程，第1棟研究大樓興建工程係定於109年9月完工並取得使用執照；中研院表示已向臺南市政府提出使用執照申請，惟臺南市政府尚在審議中，爰預計109年11月底或12月初始能取得使用執照(詳表2)。爰此，第1棟研究大樓興建工程之完工進度已較預期落後，中研院允宜積極督導工程進度，俾利整體計畫如期如質完工。
綜上，南部院區計畫因工程標案多次流標及缺工缺料等，爰修正計畫期程，致完工期程將由110年度展延至111年度；另第1棟研究大樓興建工程原定109年9月完工並取得使用執照，惟該使用執照部分尚在臺南市政府審議中，允宜積極督導工程進度，俾利整體計畫如期如質完工。
表1 105至109年度南部院區預算執行情形一覽表 單位：新臺幣千元
年度
可支用預算數
本期執行數
以前年度
本年度
合計
實現數
應付數
賸餘數
合 計
105
0
88,000
88,000
88,000
0
0
88,000
106
0
1,487,000
1,487,000
1,461,831
0
0
1,461,831
107
25,169
246,014
271,183
69,938
0
0
69,938
108
201,245
1,090,450
1,291,695
368,338
0
0
368,338
109
923,356
986,961
1,910,317
494,146
0
0
494,146
說 明：109年度為截至7月底止執行數。
資料來源：中研院提供。
表2 南部院區修正計畫之規劃期程與實際期程表
工作項目
細部工程
修正計畫之規劃期程
(年.月)
實際期程
(年.月)
E區整體規劃及第1棟研究大樓建築設計
完成招標
106.09
106.09
完成設計
107.06
107.06
第1棟研究大樓興建工程
完成招標
107.10
107.10
完 工
109.09
預計109.11或109.12
第2、3棟研究大樓建築設計
完成招標
107.11
107.11
完成設計
108.10
108.07
第2、3研究大樓興建工程
完成招標
109.02
109.02
完 工
111.05
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資料來源：中研院提供。