空軍司令部110年度於「一般裝備」業務計畫中，就「愛二性能提升及採購愛三」案續編第15年預算384萬元。揆110年度原係該案辦理期程(96-110年度)結案年度，空軍司令部以「本案…尚有預算待編列，原擬辦理減列，現因最新敵情威脅及戰備需要補足原作需文件核定飛彈數量…。」為由，辦理整體規劃書修訂並將計畫期程延長至116年。然查行政院主計總處前於99年6月11日曾發函國防部：「不應再以預期購案仍有餘款等理由，逕自修訂發價書增購零附件。」且監察院於105年2月就其糾正案公告國防部研議之改善措施亦表示：「國防部禁止再有以總額度不變或尚有款額未用罄為由，逕將軍購個案未支用款項增購其他無關品項或相關零附件等情。」均顯空軍司令部於109年度修訂整體獲得規劃書，俾於預算額度內採購補充彈藥作法之妥適性，有待審酌。經查：
(一)空軍司令部規劃於不增加「愛二性能提升及採購愛三」總經費下，補充原彈藥採購不足數，並將計畫期程延長至116年
鑑於研判中共若意圖犯台，可能採取威懾、癱瘓作戰或斬首行動，然過往僅北部地區具有飛彈防禦能力，陸軍司令部爰於93年度規劃採購愛國者反飛彈系統，建立基本防衛能力。嗣後因飛彈指揮部於95年改隸空軍，全案遂移由空軍司令部繼續辦理。本案係循軍購方式提升愛國者二型飛彈系統3套、採購愛國者三型飛彈系統6套及相關配合工程，總經費1,791億3,973萬7千元，納入96年至110年編列預算。嗣後於109年7月22日再奉國防部核定修正總體獲得規劃書，於不增加總經費下補充原彈藥採購不足數，計畫期程則延長至116年。
揆「愛二性能提升及採購愛三」計畫截至108年度已編列預算1,520億1,391萬7千元，各年度累計繳庫數1億5,168萬5千元，累計可支用數為1,518億6,223萬2千元，惟其實際支用數已達1,604億7,270萬3千元，差額86億1,047萬1千元。依國防部說明，其中78億461萬8千元係歷年先以管制預算支應，餘為103年度及108年度以資源調控方式先行運用陸、海、空三軍「國軍夜視鏡第二階段續購案」6億6,331萬元及空軍「新式高級教練機」1億4,254萬3千元；另該案109年度預算編列數69億6,017萬8千元，截至109年8月底支用數為4,613萬1千元。
(二)行政院主計總處前曾要求國防部不應再以預期購案仍有餘款等理由，逕自修訂發價書增購零附件或作其他用途
審計部前於100年度中央政府總決算審核報告指陳:「國防部所屬陸、海、空軍司令部辦理軍售採購案，將以前年度案款轉用，涉有科目用途不符，及衍生結案時程不斷延後之情事，前經本部函請行政院主計處研酌妥為處理。…。」據此，行政院主計處（101年2月6日更名為行政院主計總處）於99年6月11日處會一字第 0990003570B 號發函國防部略以：「貴部辦理軍售案件經審計部查核結果，核有將以前年度購案餘款轉用，衍生結案時程不斷延宕等欠妥情事，嗣後除因應最新情勢戰備需要等特殊原因須修訂發價書外，不應再以預期購案仍有餘款等理由，逕自修訂發價書增購零附件或作其他用途，應即將該等餘款繳庫。…。」
(三)監察院公告被糾正機關(國防部)研議之改善措施，將禁止再有以總額度不變或尚有款額未用罄為由，逕將軍購個案未支用款項增購相關零附件
監察院前於102年就國防部未結軍購案提出調查亦發現：「國防部所屬各單位有眾多執行已逾20年尚未結案之軍購案，檢視其未結案原因，不乏開案後，美方完成原規劃採購項目之交運，嗣採購單位卻在總額度不變之原則下，修訂發價書，增購相關零附件、可修件服務、技術支援協助…等或因後續尚有款額未用罄，遂增購其他品項，造成案件執行期間加強及案管壓力之情事…。」另依監察院105年2月公告被糾正機關(國防部)改善情形略以：「軍購案結案前，各項待清結案款與計畫修訂若涉及原建案計畫籌建範圍之變更，國防部已要求須符合行政院主計總處 99年6月11日函示之條件並依『國軍軍事投資計畫建案作業規定』及『軍事機關採購作業規定』等規範與程序，於奉核定後辦理。」、「國防部禁止再有以總額度不變或尚有款額未用罄為由，逕將軍購個案未支用款項增購其他無關品項或相關零附件等情。」
(四)空軍司令部運用專案內可用金額增購不足彈數，是否合乎主計總處函示及國防部回復監察院改善措施之意旨，有待釐清
空軍司令部「愛二性能提升及採購愛三」案原規劃於110年度結案，依空軍司令部說明原購案計畫辦理情形略以：「本案尚在執行階段，主要裝備、彈藥及後勤支援裝備已完成解繳…。」顯示原規劃購置品項及數量目前均已獲得，並無延長辦理期程之必要。經請空軍司令部就本案延長辦理期程說明略以：「…原預劃執行期程至110年，尚有預算待編列，原擬辦理減列，現因最新敵情威脅及戰備需要補足原作需文件核定飛彈數量，並延長執行期程至116年，待編列預算於後續年度籌編支應。」該作法雖係在不增加全案總經費原則下，增購所需飛彈數量，然此與行政院主計總處函示：「不應再以預期購案仍有餘款等理由，逕自修訂發價書增購零附件」，及國防部前函復監察院所稱：「國防部禁止再有以總額度不變或尚有款額未用罄為由，逕將軍購個案未支用款項增購其他無關品項或相關零附件等情。」是否相符，有待釐清。
綜上，110年度原係空軍司令部「愛二性能提升及採購愛三」結案年度，然該司令部卻以最新敵情威脅及戰備需要為由，修訂整體獲得規劃書延長辦理期程，俾在原預算額度內，利用餘款增加採購補充彈藥之作法，是否合乎行政院主計總處函示及國防部前回復監察院糾正案改善措施之意旨，尚待國防部妥予釐清。