農田水利會原依農田水利會組織通則屬公法人，以秉持推行農田水利事業為其宗旨，惟為提升國家農業用水效率，爰制定農田水利法，依該法第22條規定，將17個農田水利會改制設置農田水利事業作業基金。謹說明如次:
(一)農田水利事業作業基金會計制度尚未完成訂定，允宜加速辦理，以利後續營運
農田水利事業作業基金為預算法第4條第1項第2款第4目規定：「凡經付出仍可收回，而非用於營業者，為作業基金。」依同法第21條規定：「政府設立之特種基金，除其預算編製程序依本法規定辦理外，其收支保管辦法，由行政院定之，並送立法院。」經查該基金收支保管及運用辦法於109年8月14日公告預定訂定，於同月28日預告中止，並於同年10月29日完成訂定。
復依會計法第18條第3項規定：「各機關之會計制度，由各該機關之會計機構設計，簽報所在機關長官後，呈請各該政府之主計機關核定頒行。」詢據農田水利事業作業基金說明，該基金之會計制度亦將於109年底完成訂定，茲因會計制度為各機關(基金)會計處理之依據，為利該基金運作，允宜儘速完備會計制度之研訂，並送請行政院主計總處核定頒行。
(二)農田水利事業作業基金部分人事管理制度尚待通盤檢視調整，允宜加速規劃辦理
依據農田水利法第18條第1項規定略以，主管機關為辦理農田水利事業區域之灌溉管理，得於所屬機關內設置灌溉管理組織，參據農田水利署針對農田水利會改制後人事制度Q&A及詢據農田水利署，原17個農田水利會於改制後，即納入農田水利署之17個管理處，其農田水利事業人員進用、升遷、退休及薪資等事項，由農委會參酌原農田水利會人事管理辦法訂定農田水利事業人員人事管理辦法辦理，現行制度包含退休(一次退)、升遷、福利待遇將不更動，另服務於農田水利署之公務人員則依其法定職掌辦理農田水利事務，係採雙軌方式管理。
復查原農田水利會早期為照顧退休員工，各依其財務狀況針對84年度以前年資之退休金補貼5%至12%不等之優惠存款，補貼年限由5年至無年限(詳表1)，每年度需補貼利息金額約為1.5億元，雖該補貼僅針對84年度以前之年資，對於新進員工不再適用，且過去原農田水利會均編列經費辦理，惟衡酌部分農田水利事業作業基金財務情形仍待改善，是否應持續優惠存款措施，允宜審慎評估並通盤考量，以維護員工權益及基金收支營運狀況。
表1 各農田水利會退休金優惠存款利息補貼概況 單位：%；年
會別
補貼
會別
補貼
會別
補貼
利率
年限
利率
年限
利率
年限
宜蘭
7
5
新竹
7
未限
嘉南
7
未限
北基
5
5
苗栗
7
未限
高雄
7
未限
七星
12
未限
臺中
7
未限
屏東
5
5
瑠公
12
未限
南投
7
7
臺東
5
7
桃園
12
未限
彰化
7
15
花蓮
5
7
石門
7
17
雲林
7
15
資料來源：農田水利事業作業基金提供。
綜上，農田水利事業作業基金自農田水利會改制後，仍有會計制度亟待完成訂定，另各項人事管理業務亦須通盤檢視，允宜加速辦理，俾利後續經營。