為利農田水利事業作業基金營運，農田水利署編列預算補助農田水利事業作業基金，該基金110年度於其他業務收入項下編列其他補助收入30億1,512萬元。經查：
(一)農田水利會改制前，會費收入係由政府補助支應，七星、瑠公及桃園未接受補助，其中僅有桃園近年度呈現收支短絀
農田水利會於改制前，依照農田水利會財務處理辦法第3條規定收入來源包括會費收入、事業收入、財務收入、政府補助收入、捐款及贈與收入與其他依法令之收入，按農田水利會費用徵收辦法第4條略以，會費每年每公頃徵收500元以上7,500元以下；為降低農民生產成本，確保農民之灌溉排水權益，農委會自83年度起編列預算繳交農民全額會費並適當補助工程經費予農田水利會。
檢視近年度農委會補助農田水利會情形(詳表1)，桃園、七星及瑠公接受政府補助金額相對少或無，其中瑠公及七星主要係因近年收支為賸餘，且其灌溉面積較少，以108年農田水利會灌溉排水受益面積觀之(詳表2)，瑠公及七星實際耕種面積及灌溉排水受益地面積均為各農田水利會之最少及次少，至桃園近年度均為收支短絀，108年度實際耕種面積及灌溉排水受益地面積分別占全臺實際耕種面積及灌溉排水受益地面積5.27%及6.01%，其實際耕種面積及灌溉排水受益地面積於各農田水利會排名均為第6，與七星及瑠公狀況全然不同，惟桃園農田水利會為增加其財務自主性，104年間經該會務委員會決議通過不再接受農委會會費等補助，故其補助收入相對低。
表1 近年度農田水利會接受政府補助及收支餘絀概況單位：新臺幣千元
名稱
107年度
108年度
109年8月底
110年度
補助收入
收支餘絀
補助收入
收支餘絀
補助收入
收支餘絀
補助收入
宜蘭
110,593
37,754
109,841
-92,669
80,394
39,732
105,641
北基
55,890
-16,679
71,035
10,726
22,351
-43,377
55,947
桃園
684
-427,397
776
-379,467
-
-181,159
1,000
石門
56,575
13,446
59,353
300,809
45,646
85,496
57,220
新竹
40,107
-30,836
37,012
-29,814
19,078
97,161
37,012
苗栗
71,603
-185,601
82,075
-34,577
42,344
20,637
54,454
臺中
144,355
-555,487
142,073
-372,076
106,555
-211,491
142,073
南投
184,750
121,605
167,854
177,133
67,863
-96,051
127,022
彰化
421,567
166‚922
381,833
65,006
238,541
193‚264
356,187
雲林
667,107
-341,646
646,942
33,158
239,037
-127,811
666,783
嘉南
552,204
-553,049
539,574
-313,656
381,617
69,459
723,392
高雄
117,042
216,798
112,583
6,294
83,837
234,891
110,000
屏東
263,514
21,951
272,909
17,816
146,433
329,666
264,114
臺東
212,319
-73,571
205,488
56,891
78,717
-152,299
160,353
花蓮
181,803
25,045
200,386
49,655
7,132
-71,170
152,790
七星
-
12,929
1,122
7,663
-
149,023
1,132
瑠公
-
577,653
-
454,246
-
688,793
-
合計
3,080,113
-990,153
3,030,856
-42,862
1,559,545
1,095,934
3,015,120
說 明：107年度至109年8月底數據為各農田水利會實際執行情形，110年度為預算案數。
資料來源：農田水利事業作業基金提供。
表2 108年度農田水利會灌溉面積 單位：公頃
名稱
實際耕種面積
灌溉排水受益地面積
合計
灌溉專用
灌排兼用
排水受益
宜蘭
11,632
17,774
17,774
-
-
北基
9,606
5,299
5,299
-
-
瑠公
476
526
380
146
-
七星
1,260
630
-
630
-
桃園
33,662
22,677
-
22,677
-
石門
16,767
12,085
12,085
-
-
新竹
9,387
6,047
-
6,047
-
苗栗
13,104
9,504
-
9,504
-
臺中
72,025
26,016
1,083
24,933
-
南投
26,318
13,159
9,644
3,515
-
彰化
107,503
43,950
43,950
-
-
雲林
96,477
63,491
58,999
-
4,492
嘉南
121,160
81,317
73,888
-
7,429
高雄
27,656
20,041
-
20,041
-
屏東
43,250
25,202
6,119
19,083
-
臺東
23,042
15,040
15,040
-
-
花蓮
25,652
14,806
385
14,421
-
總計
638,977
377,564
244,646
120,997
11,920
資料來源：農委會網站農業統計資料查詢－108年農田水利會灌溉排水受益面積。
(二)允宜重新檢視補助款分配情形，以利各農田水利事業作業基金永續經營
自農田水利會改制後，各農田水利事業作業基金收入來源依據其金收支保管及運用辦法第3條規定為政府循預算程序之撥款、農田水利設施範圍內依農田水利法相關規定收取之規費等、租金及利息收入、資產處分或活化收益收入及其他收入，其中政府補助部分依政府撥款農田水利事業作業基金計算標準第2條規定：「主管機關年度預算撥款至農田水利事業作業基金之運作，以農田水利事業區域每公頃補助新臺幣6千元至1萬2千元為原則，並得參考下列因素酌予調整：一、灌溉區域變化、操作維護成本及管理需求。二、基金年度收支短絀數。」查110年度補助各農田水利事業作業基金預算，除七星、瑠公及桃園，其餘每公頃補助金額約4,700元至1萬1,000元間。茲因各農田水利會改制後，依農田水利法第23條規定，其資產及負債由政府概括承受，為利各農田水利事業作業基金永續經營，允宜審慎研酌各農田水利事業作業基金之財務狀況及其灌溉區域變化等因素，依據各農田水利事業作業基金經營績效並兼顧公平性，重新檢視及適時調整補助款預算分配情形。
綜上，農田水利事業作業基金改制後，其收入來源較改制前已有所不同，又政府需概括承受所有資產及負債，為使各農田水利事業作業基金永續發展，允宜於兼顧公平性下，適時檢討調整補助款分配情形。