離島建設基金110年度預計短絀8億9,348萬2千元，較109年度預算增加短絀17萬9千元，增幅0.02%。經查：
(一)基金來源主要仰賴國庫撥款
離島基金自90年度成立，預計至110年度止，基金來源總額313億8,376萬9千元，主要收入係國庫撥款收入300億元，占比95.59%，其次為利息收入-基金孳息8億6,566萬5千元及雜項收入（主要係收回補助計畫結餘款）4億5,697萬6千元，占比分別為2.76%及1.46%，其他收入金額及占比均微（詳表1）。
表1 離島基金歷年基金來源明細表 單位：新臺幣千元
年度
國庫撥款
收入
利息收入－
基金孳息
雜項收入
違約罰款
收入
利息收入－
貸款
合計
90-99
30,000,000
466,276
390,556
22,049
6
30,878,887
100
0
74,106
25,739
0
4
99,849
101
0
71,677
6,199
6,632
3
84,511
102
0
66,019
6,521
2,471
3
75,014
103
0
58,165
2,442
10,025
2
70,634
104
0
47,594
1,556
4,381
2
53,533
105
0
35,623
4,500
9,803
2
49,928
106
0
26,673
5,075
713
1
32,462
107
0
18,142
752
976
1
19,871
108
0
798
356
3,892
0
5,046
109
0
402
6,640
0
98
7,140
110
0
190
6,640
0
64
6,894
合計
30,000,000
865,665
456,976
60,942
186
31,383,769
說 明：108年度以前為決算數，109年度為法定預算數，110年度為預算案數。
資料來源：離島基金提供資料及110年度預算書。
(二)離島基金連年短絀，110年底預計基金餘額僅餘18.6億元
國庫依離島建設條例於90至99年度撥足基金額度300億元，自100年度起不再撥補，離島基金之基金來源逐年減少，無法支應各項業務計畫所需經費，致連年發生短絀，基金餘額由100年度97億4,781萬3千元逐年縮減，預計至110年底基金餘額僅餘18億5,962萬4千元（詳表2）。
表2 離島基金100年至110年基金來源、用途及餘絀一覽表
單位：新臺幣千元
年度
基金來源
基金用途
本期賸餘(短絀-)
期末基金餘額
100
99,849
1,088,345
-988,497
9,747,813
101
84,511
965,491
-880,980
8,866,832
102
75,014
1,175,673
-1,100,658
7,766,174
103
70,634
892,080
-821,445
6,944,728
104
53,533
509,121
-455,588
6,489,140
105
49,928
664,419
-614,491
5,874,649
106
32,462
719,638
-687,176
5,187,473
107
19,871
806,544
-786,673
4,400,799
108
5,046
759,436
-754,391
3,646,409109
7,140
900,443
-893,303
2,614,264
110
6,894
900,376
-893,482
1,859,624
說 明：108年度以前為決算數，109年度為法定預算數，110年度為預算案數。
資料來源：離島基金歷年預、決算書。
(三)以目前收支水準估算約可維持營運2年餘
倘國庫不再撥補，以該基金108年度決算、109年度預算及110年度預算案之基金來源平均數0.06億元，估列未來年度收入，並以同期間基金用途平均數約8.53億元，估計未來支出規模，收支相抵後，估算平均年度短絀約8.47億元，以110年底預估基金餘額18.60億元，僅可再支應離島建設業務經費需求2.2年，允宜妥為籌謀，俾利基金之永續經營。
綜上，離島基金成立迄今主要財源為國庫撥款，自100年度起不再撥補，離島基金之基金來源逐年減少，連年發生短絀，基金餘額逐年降低，110年底預計基金餘額尚不足20億元，允宜妥為籌謀，以協助離島地區永續發展。