該基金醫療事業110年度於「固定資產之建設、改良與擴充」計畫(詳該基金所附各事業明細資料第2-3頁)編列22億7,581萬3千元，其中5億2,777萬5千元係該事業辦理「醫學中心質子治療系統整備」計畫之第2年預算。該基金醫療事業為提升三軍總醫院質子治療能量，於該基金110年度預算案中提出「醫學中心質子治療系統整備」專案計畫，期程為109年度至113年度，總經費25億元。本案原規劃以公務預算支應，然經行政院函示後，改由作業基金支應，惟該基金醫療事業卻未依作業基金固定資產投資計畫預算籌編相關規定，完備成本效益評估作業，恐難謂妥適。經查：

(一)關於作業基金固定資產建設改良擴充計畫預算籌編之相關規定

1.110年度中央及地方政府預算籌編原則第五、(七)點規定：「特種基金固定資產建設改良擴充專案計畫、…應妥作可行性評估，核實成本效益分析，擬具計畫依規定程序報核，並建立計畫管控及風險管理機制；…。重要公共工程建設及重大新興計畫，應先行製作選擇方案與替代方案及其成本效益分析，且應確實評估未來營運、維修成本等財務之可行性，並提供財源籌措及資金運用之說明。…。」附屬單位預算共同項目編列作業規範就作業基金有關購建固定資產方面亦規定，除特定事項外，「比照營業基金之規定及標準編列。」

2.國營事業固定資產投資計畫編製評估要點第1點、第3點及第10點分別規定：「投資計畫之效益分析，應以現值報酬率法及淨現值法為主，收回年限法為輔，…。」、「投資計畫應以資金成本為基礎，並決定一可接受之合理報酬率，作為取捨之標準。其現值報酬率大於資金成本率且淨現值為正者方可投資，…。」、「投資計畫，應考慮機會成本、社會效益及社會成本，…。」

(二)該基金醫療事業規劃於三軍總醫院興建質子放射治療中心並購置質子放射治療系統 ，案經行政院函示應編列於作業基金

該基金110年度預算案醫療事業於「固定資產之建設、改良與擴充」計畫中，提出「醫學中心質子治療系統整備」專案計畫，規劃於三軍總醫院興建「質子放射治療中心」(地上2層、地下三層，樓地板面積6,916平方公尺)，並購置「質子放射治療系統」一套，辦理期程為109年至113年，投資總經費25億元，均將由自有營運資金支應。揆本案國防部原係規劃以國防預算支應並依軍事投資建案規定擬具整體獲得規劃書，惟經函送行政院審查提出意見略以，考量近年國軍各醫院醫療大樓興建均係由國軍生產及服務作業基金支應，「質子放射治療中心」興建經費宜援例辦理；另「質子放射治療系統」純粹係為提供較優質醫療服務，似與軍事任務、國家政策(防疫)及國家緊急災害等使用用途無涉，且該設備未來亦可提供一般民眾使用，將為三軍總醫院帶來相關營運收益及提升業務績效，行政院爰於108年8月28日函復國防部，本案經費全數由國軍生產及服務作業基金項下支應。

(三)本案所需經費既以作業基金支應，卻未依規定比照營業基金規定及標準完備成本效益分析，恐難謂妥適

按該基金醫療事業前為三軍總醫院、三軍總醫院松山分院、桃園總醫院及台中總醫院等4家醫院新建醫療大樓，均於興建規劃書中擬具財務計畫分析，並以淨現值法(NPV)、內部現值報酬率法(IRR)及回收年限等多項財務指標，評估固定資產投資之可行性。而本案經費既經行政院函示應編列於作業基金，自非屬軍事投資建案，當宜依規定比照營業基金固定資產投資計畫辦理成本效益評估分析，惟醫療事業於該基金110年度預算書中並未述明所採效益評估指標及評估結果，經請該事業提供資料亦說明略以：「本案三軍總醫院刻正辦理…委託設計監造作業，並由承商轉請專業會計事務所，針對相關參數，精算本案改採基金籌建後之相關財務評估資料。」有關該項投資計畫之成本效益評估資訊似欠完備，難謂妥適。

綜上，三軍總醫院辦理「醫學中心質子治療系統整備」計畫經行政院函示應編列於作業基金，自應依規定比照營業基金固定資產投資計畫辦理成本效益分析，然該基金醫療事業迄未能提出所採成本效益評估指標及評估結果，致計畫辦理之可行性難明，恐難謂妥適。